연합국이 코스모 랜드 전쟁에서 회복 중일 때, 블랙 홀 군대는 이미 회복하여 매크로 랜드에 대한 대규모 침공을 결정했습니다. 원래 블랙 홀 군대의 지휘관들과 함께, 네 명의 새로운 지휘관들이 슈름의 지휘 아래 모집되었습니다. 슈름은 각 블랙 홀 지휘관에게 원래 게임의 네 개 대륙을 침공하고 점령하라고 명령합니다: 오렌지 스타는 플락이, 블루 문은 래시가, 옐로우 코멧은 애더가, 그린 어스는 호크가 차지하게 됩니다. 래시는 블랙 캐논과 미니 캐논과 같은 여러 새로운 전쟁 무기를 발명하여 이번 침공에 사용될 예정입니다. 네 개의 연합 군대는 이제 블랙 홀을 그들의 세계에서 영원히 몰아내기 위해 협력해야 합니다.
연합국의 대륙에서 블랙 홀 군대가 몰아내진 후, 그들의 지휘관들은 블랙 홀의 작전 기지 근처에서 회의합니다. 여기서 그들은 침공의 배후인 슈름과 싸웁니다. 최종 전투는 미사일 입구를 지키고 있는 강력한 새로운 무기인 데스 레이 앞에서 벌어집니다. 만약 제때 제압하지 못하면 전쟁 세계의 절반을 파괴할 것입니다.
결국 데스 레이는 연합국의 지휘관들에 의해 파괴되고, 그들은 미사일의 무장을 해제하고 슈름을 몰아냅니다. 절망적인 상황에서 슈름은 기지를 폭파하고 전쟁 세계에 피해를 주기 위해 미사일을 자폭하려고 합니다. 앤디는 슈름을 막으려 하지만 실패합니다. 그러나 놀라운 전개로, 슈름의 부관인 호크가 자폭이 시작되기 전에 블랙 스톰으로 그의 리더를 배신하여 죽입니다. 호크는 블랙 홀의 리더가 되고, 플락, 래시, 애더와 함께 매크로 랜드를 떠납니다.
While the Allied Nations were still recovering from the war in Cosmo Land, the Black Hole Army had already recovered and has decided to launch a large-scale invasion on Macro Land. Along with the original Black Hole army's commanding officers (COs), four new COs were recruited, under the command of Sturm. Sturm orders each Black Hole CO to invade and capture each of the four continents controlled by the four other armies from the original game: Orange Star was to be taken by Flak, Blue Moon by Lash, Yellow Comet by Adder, and Green Earth by Hawke. Lash also invented several new war weapons like the Black Cannon and the Mini Cannons that were to be put to use in this invasion. The four allied armies must now work together to drive Black Hole out of their world once and for all.
Once the Black Hole troops are driven from the Allied Nations' continents, their COs convene in Black Hole territory, near Black Hole's base of operations. Here they fight Sturm, the mastermind behind the invasion. The final battle takes place in front of the Death Ray, a powerful new weapon guarding the entrance to a missile, which, if not subdued in time, would destroy half of Wars World.
The Death Ray is eventually destroyed by the COs of the Allied Nations, who manage to disarm the missile and corner Sturm. In an act of desperation, Sturm attempts to blow up the base and inflict damage on Wars World by self-destructing the missile. Andy attempts to stop Sturm to no avail. However, in a surprising turn of events, Hawke, second in command to Sturm, betrays his leader by killing him with Black Storm before the self-destruct is triggered. Hawke takes over as leader of Black Hole, and along with Flak, Lash, and Adder, leaves Macro Land with the few troops he has left.