1944년 10월, 미국 특수부대가 일본해의 한 섬에 침투하여 전쟁의 운명을 좌우할 정보를 가진 일본 과학자를 구출하려 합니다. 그들은 비밀 무기 "블랙 웨폰" (스칼라 무기) 개발에 참여했던 일본 과학자를 성공적으로 확보하고, 도난당한 잠수함을 타고 섬을 탈출하려 합니다. 그러나 과학자의 반복적인 경고 후, 특수부대는 블랙 웨폰의 힘을 목격하고 결국 전멸하게 되며, 이는 오로라 작전에서 실제로 무슨 일이 일어났는지에 대한 신화를 불러일으킵니다.
현재, 배드 컴퍼니는 러시아의 적진 뒤에서 고위 군 관계자와 스칼라 무기와 관련된 장비를 확보하기 위한 반정보 작전을 수행하고 있습니다. 러시아 군인들을 피해 탈출하고 B-컴퍼니에서 마지막 임무를 완료했지만, 장비가 가짜라는 사실이 밝혀집니다. 이전 활동에 감명을 받은 브레이드우드 장군은 그들을 특별 활동 부서에 배치하고 아구아이어 요원에게 정보를 전달하는 임무를 부여하지만, 레드포드 병장은 실망하게 됩니다.
부대는 아구아이어를 찾기 위해 볼리비아로 이동합니다. 준군사조직과의 여러 전투를 통해 그들은 러시아 군인이 아구아이어를 미-24 힌드 헬리콥터로 끌고 가기 직전에 그를 구출합니다. 아구아이어의 연구 결과가 러시아에 의해 도난당했다는 사실을 알게 된 아구아이어는 부대에게 위성에서 스칼라 무기에 대한 모든 정보를 확보해 달라고 요청합니다. 부대는 조종사 플린과 그의 UH-60 블랙 호크의 도움을 받아 산으로 올라갑니다. 위성 기지를 장악한 후, 스위트워터는 위성을 추락시키도록 코딩하고, 부대는 이를 찾기 위해 오프로드를 달리며 보드닉과 쿼드바이크와 싸웁니다. 위성에 도착한 부대는 위성을 파괴하려는 러시아의 반격을 성공적으로 저지하지만, 곧 악천후가 몰려옵니다. 레드포드와 해거드는 교통수단을 찾으러 가고, 스위트워터가 뒤따르며, 말로우는 데이터 저장 장치를 발견하고 눈보라 속에서 산을 내려가며 러시아 순찰대와 싸우고, 곧 플린의 헬리콥터에 의해 구조됩니다.
구출 중, 아구아이어는 부대에게 스칼라 무기를 개발한 책임자인 아르카디 키릴렌코에 대해 브리핑합니다. 그는 부대가 추코트카에서 제거하지 못한 러시아 군 대령으로, 칠레에 숨어 있을 것으로 추정됩니다. 말로우와 부대는 칠레로 이동하여, 미 육군의 기갑 부대와 해병대의 도움을 받아 키릴렌코를 찾지만, 미국 사령부가 키릴렌코의 위치를 포격하기 시작하자 그는 곧 도망칩니다. 키릴렌코의 사무실에서 발견한 서류만 남은 스위트워터는 "상그레 델 토로"라는 잃어버린 배의 선적 목록을 발견합니다. 나머지 부대가 좌표를 확보하는 데 도움을 주자, 말로우는 배를 찾아 무기의 사용에 필수적인 이름 없는 화합물을 회수하고 오로라 작전의 진실을 알게 됩니다.
콜롬비아에서 아구아이어를 만나려던 중, 부대의 헬리콥터가 자벨린에 의해 격추되고 그들은 분리됩니다. 스위트워터와 말로우가 먼저 재결합하여 민병대의 반격에 맞서 싸우고, 곧 나머지 부대를 찾습니다. 방어가 철저한 러시아 기지를 뚫고 싸운 후, 부대는 플린을 찾고 쿼드바이크를 타고 헬리콥터 기지로 달려갑니다. 구출된 블랙 호크를 타고 러시아 영토를 통과한 부대는 아구아이어와의 약속 장소에 도착하고, 말로우는 아구아이어에게 화합물을 전달하며 레드포드는 무슨 일이 일어나고 있는지 묻습니다. 그러나 아구아이어는 스칼라 무기를 둘러싼 경쟁자인 키릴렌코와 동맹을 맺으며 부대를 배신합니다. 아구아이어는 일본에서의 원래 습격에서 사망한 그의 아버지에게 복수하고 싶어 했습니다. 말로우가 미국 군대가 그들을 죽음으로 내몰았다고 밝히자, 키릴렌코는 아구아이어를 배신하고 그를 죽입니다. 플린이 개입하여 부대를 구하지만 자신의 목숨을 잃고, 그의 헬리콥터는 RPG에 의해 격추됩니다.
플린의 상실에 슬퍼하는 동안, 부대는 러시아 군인의 라디오를 엿듣고 이를 통해 자신의 위치를 파악합니다. 그들은 도시를 향해 이동하기 시작하지만, 키릴렌코가 스칼라 무기의 폭발을 시작합니다. 부대는 베네수엘라의 도시를 지나며 러시아 군대와 민병대의 공격을 받습니다. 그러나 그들이 큰 강의 입구에 도착했을 때, 미국 군대와 러시아 군대 간의 대규모 전투를 목격합니다. 전투가 절정에 이르렀을 때, 스칼라 무기가 폭발하여 미국 군대를 전멸시키고 "모든 기술이 죽었다"고 전해집니다. 부대는 키릴렌코를 추격하며 폭발 지역을 통과하지만, 비행기에 도착했을 때, An-124 루슬란이 이륙하고 있다는 것을 깨닫습니다. 부대는 비행기를 납치하기로 만장일치로 결정하고, 하수도 터널을 통해 그쪽으로 향합니다. 무기를 버려야 했지만, 그들은 하부를 통해 비행기에 올라타고 새벽을 기다립니다.
부대는 비행기를 통해 진행하며 여러 경비원을 처치한 후, 스칼라 무기가 강화 유리로 보호된 곳에 도달합니다. 해거드는 이를 뚫기 위해 "신의 행위나 많은 C4가 필요하다"고 말합니다. 부대는 비행기의 조종석으로 향하지만, 조종석이 비어 있다는 것을 발견하고 키릴렌코가 스칼라 방에 있다는 것을 깨닫습니다. 유리를 뚫기 위해 C4를 폭파한 후, 부대는 스칼라 무기를 파괴하고 비행기에서 탈출합니다. 그러나 스위트워터가 말로우에게 마지막 낙하산을 주려 할 때, 키릴렌코가 그를 덮치고 말로우는 비행기에서 뛰어내리게 되며, 자유 낙하 중 MP-443으로 키릴렌코를 죽입니다. 스위트워터는 공중에서 말로우에게 낙하산을 건네고, 두 사람은 나머지 부대와 함께 텍사스에 안전하게 착륙합니다. 그러나 그들이 축하를 시작하려 할 때, 브레이드우드 장군은 그들에게 HMMVW를 따라오라고 지시하며 러시아가 알래스를 통해 침공하고 있다고 알립니다.
마지막 컷신에서는 러시아 군대가 알래스카와 캐나다를 휩쓸며 미국 국경으로 빠르게 진격하는 모습을 담은 지도가 나타납니다.
In October 1944, a group of US commandos infiltrate an island in the Sea of Japan to extract a Japanese scientist with war decisive information. They successfully secure the defecting Japanese scientist who was working on a secret weapon codenamed "The Black Weapon" (a scalar weapon), and attempt to escape the island on a stolen submarine. But after repeated warnings by the scientist, the commandos witness the effects of Black Weapon's power and subsequently perish, sparking a myth about what really happened in Operation Aurora.
In the present day, Bad Company is on a counter-intelligence operation behind enemy lines in Russia in attempt to secure a high value individual of the US military, and a device related to a scalar weapon. Despite escaping Russian soldiers, and completing what they thought was their final mission in B-company, the device is discovered to be a fake. Being impressed with their previous activities, Army General Braidwood assigns them to the Special Activities Division, and tasks them with delivering information to Agent Aguire, much to the disappointment of Sgt. Redford.
The squad travels to Bolivia in search of Aguire. Through many firefights with paramilitaries, they manage to save Aguire just before a Russian hauls him onto a waiting Mi-24 Hind. After discovering that Aguire's findings were stolen by the Russians, Aguire requests the squad to get all his intelligence detailing the scalar weapon from a satellite. The squad moves up to take the mountain with assistance from their pilot Flynn and his UH-60 Black Hawk. After taking over the satellite station, Sweetwater codes the satellite to crash, with the squad driving over cross country to find it, taking on Vodniks and Quad Bikes along the way. After reaching the satellite, the squad successfully defeat a Russian counterattack aimed at destroying the satellite, but soon bad weather rolls in. While Redford and Haggard go to find transport, with Sweetwater following, Marlowe soon finds the data storage unit and proceeds to go down the mountain during a blizzard, taking on Russian patrols, and is soon extracted by the others in Flynn's helicopter.
During extraction, Aguire briefs the squad about the man responsible for building a scalar weapon named Arkady Kirilenko; the Russian Army colonel the squad failed to eliminate in Chukotka, who is believed to be hiding in Chile. Marlowe and the squad travel to Chile, where they, aided by US Armoured forces and Marines, find Kirilenko, though he soon escapes after US Command starts shelling Kirilenko's position. Left only with papers from Kirilenko's office, Sweetwater discovers there is a shipping manifest for a lost ship called the "Sangre del Toro." Aided by the rest of the squad getting the coordinates, Marlowe finds the ship and retrieves an unnamed compound essential to the use of the weapon, and finds out the truth behind Operation Aurora.
While attempting to meet Aguire in Colombia, the squad's helicopter is shot down by a Javelin and they become separated. Sweetwater and Marlowe regroup first, taking on a militia counter-attack, and they soon find the rest of the squad. After fighting through heavily defended Russian bases, the squad find Flynn, and then race to a helicopter base on Quad Bikes. After fighting through Russian territories in a salvaged Black Hawk, the squad reach the rendezvous with Aguire, and Marlowe gives Aguire the compound, while Redford demands to know what's happening. However, Aguire double-crossed the squad by allying with Kirilenko, his rival in the quest for the scalar weapon. Aguire wanted revenge against the United States for what happened to his father, one of the commandos in original raid on Japan, after Marlowe revealed that the US military callously sent them to their deaths. Despite the alliance, Kirilenko betrays Aguire and kills him. Flynn intervenes and saves the squad at the cost of his own life, his helicopter shot down by an RPG.
While still mourning after Flynn's loss, the squad overhear a Russian soldier's radio, which the squad use to find their position. They begin to move towards a city, but then Kirlienko begins the detonation of the scalar weapon. The squad begin advancing through a Venezuelan city, being attacked by Russian and militia troops, along with mortars. However, as they reach the mouth of a large river, they witness a huge firefight between US and Russian troops. However, as the fight reaches a climax, the scalar weapon detonates, annihilating the US forces and sending "all tech dead." The squad then fight through the blast zone in pursuit of Kirilenko, but, as the squad reach the plane, an An-124 Ruslan (Which Haggard mistakenly identifies as an An-225 Mriya), they realize it's taking off. The squad unanimously vote that they should hijack the plane, and set off through sewer tunnels towards it. Though they had to discard their weapons, they climb on board through the undercarriage, and await dawn.
The squad begins to progress through the plane, taking out multiple guards before reaching the scalar weapon, which is protected by a reinforced pane of glass, which Haggard says will "take an act of God to get through, or a lot of C4." The squad then fight towards the cockpit of the plane, but realize that Kirilenko is in the Scalar chamber itself when they discover that the cockpit is empty. After detonating C4 to get through the glass, the squad destroy the Scalar weapon, and then proceed to bail out of the plane. However, as Sweetwater tries to give Marlowe the last parachute, Kirilenko tackles him, and Marlowe is forced to dive out of the plane, killing Kirilenko in a free fall with an MP-443. Sweetwater passes Marlowe a parachute in midair, and the pair land safely in Texas alongside the rest of the squad. However, as they begin to celebrate, General Braidwood tells them to follow him in a HMMVW, as the Russians are invading through Alaska.
The last cutscene shows a map of Russian forces swarming through Alaska and Canada, quickly advancing on the US border.
