이야기는 배틀투즈가 북부 티베트의 기아충라 요새를 방문하는 것으로 시작됩니다. T. 버드 교수는 그들을 초대하여 사이코네 코퍼레이션의 새로운 가상 현실 게임 시스템 T.R.I.P.S (Total Reality Integrated Playing System)의 첫 시연을 보게 합니다. 시스템의 인공 세계인 "게임스케이프"를 보여주는 도중, 종말의 돼지가 화면에서 튀어나와 사이코네 코퍼레이션 CEO 유리코 타쇼쿠의 딸 미치코 타쇼쿠를 납치합니다. 지츠는 그녀를 구출하려 하지만 돼지에게 기절하고 잡히게 됩니다. 돼지는 다시 게임스케이프 속으로 도망가고, 실라스 볼크마이어가 화면에 나타나 현실 세계를 자신의 게임스케이프로 바꾸려는 계획을 발표하며, 미치코와 지츠가 악의 다크 퀸에게 포로로 잡혀 있다고 알립니다. 잃을 것이 없는 라쉬와 핌플은 친구들을 구하고 볼크마이어와 다크 퀸의 계획을 저지하기 위해 게임스케이프에 들어갑니다.
그 과정에서 그들은 거대한 돌 돼지 록키와 싸우고, 마지막 레벨 내내 그들을 도전하는 쥐 스커즈와 경주를 합니다. 배틀투즈는 마침내 다크 퀸의 탑에 도착해 그녀를 물리치지만, 그녀는 다시 도망칩니다. 버드는 스캐너에서 볼크마이어를 발견하고 그가 텔레포터를 이용해 도망치려 한다는 것을 알게 되어, 배틀투즈는 게임스케이프를 떠나 배틀콥터에 탑승해 그를 추격합니다.
이 마지막 게임 플레이 세그먼트에서 플레이어의 행동에 따라 두 가지 가능한 결말이 발생할 수 있습니다. 플레이어가 볼크마이어의 텔레포터에 세 발의 미사일을 쏘지 못하면 그는 도망가고, 배틀투즈는 볼크마이어가 자유로워졌고 다크 퀸이 복수를 원한다는 사실에 실망하게 됩니다. 플레이어가 볼크마이어의 텔레포터에 세 발의 미사일을 성공적으로 쏘면, 배틀콥터는 히말라야에 추락하고 회수되지만, 볼크마이어는 어디에도 없습니다. 첫 번째 결말과 유사하게, 볼크마이어와 다크 퀸이 복수를 원할 것이라는 암시가 주어집니다.
The story begins with the Battletoads visiting the Gyachung-La fortress in northern Tibet. Professor T. Bird has invited them there to witness the Psicone Corporation's first demonstration of their new virtual reality game system, T.R.I.P.S (Total Reality Integrated Playing System). While showing off the system's artificial world (entitled "The Gamescape"), a pig of the apocalypse leaps out of the screen and kidnaps Michiko Tashoku (daughter of Psicone Corporation's CEO, Yuriko Tashoku). Zitz attempts to rescue her, but gets knocked out by the pig and captured as well. The pig escapes back into the Gamescape and Silas Volkmire appears on the screen, announcing his plans to turn the real world into his own Gamescape, and that Michiko and Zitz are being held captive under the evil Dark Queen. With nothing left to lose, Rash and Pimple enter the Gamescape to rescue their friends and stop Volkmire and the Dark Queen from fulfilling their plans.
Along the way, they fight Rocky, a giant stone pig, and race against Scuzz, a rat that challenges them all throughout the final level. The Battletoads finally reach the Dark Queen in her tower and defeat her, but she manages to escape again. Bird picks up Volkmire on his scanners and finds out that he is trying to escape using a teleporter, so the Battletoads leave the Gamescape and hop into the Battlecopter to chase after him.
Depending on the player's actions during this final gameplay segment, there are two possible endings that may occur. If the player is unable to shoot three missiles at Volkmire's teleporter, he gets away, and the Battletoads feel dejected knowing that Volkmire is free and the Dark Queen wants revenge. If the player successfully shoots three missiles at Volkmire's teleporter, the ship crashes in the Himalayas and is recovered, but Volkmire is nowhere to be found. Similarly to the first ending, it is alluded to that Volkmire and the Dark Queen will want revenge.