플레이어 캐릭터는 어떻게 그곳에 오게 되었는지 기억이 없는 채 동굴에서 깨어납니다. 그는 의사에게 박해받고 있는 미미가 마을을 발견합니다. 의사의 하인인 미제리와 발로그는 미미가로 변한 소녀 스즈 사카모토를 찾고 있습니다. 그녀를 찾지 못한 그들은 실수로 또 다른 미미가인 토로코를 납치합니다. 플레이어는 에그 코리더에서 스즈를 발견하고, 그녀는 부화하면 떠 있는 섬에서 탈출할 수 있는 하늘 드래곤의 알을 발견합니다. 스즈는 자신의 형 카즈마를 구하려고 하지만, 미미가 마을의 리더인 킹이 그녀를 붙잡고 토로코 납치에 대한 책임을 묻습니다. 스즈는 플레이어에게 카즈마를 그라스타운에서 구해오도록 부탁합니다. 그를 구한 후, 그들은 부스터 교수와 만나 의사가 미미가에게 붉은 꽃을 사용해 지상 세계를 정복할 군대를 만들 계획이라는 것을 알게 됩니다. 부스터는 플레이어에게 의사가 붉은 꽃을 찾기 전에 그것들을 파괴하기 위해 샌드 존으로 가라고 보냅니다. 그곳에서 플레이어는 과거에 대한 기억이 없는 여성 로봇 커리 브레이스와 미제리의 어머니이자 붉은 꽃의 수호자인 노파 젠카를 만납니다. 젠카는 플레이어 캐릭터를 "지상에서 온 전사"라고 부르며, 미미가를 학살하기 위해 섬으로 보내진 많은 전사 중 한 명이라고 말합니다.
미제리는 플레이어가 의사의 계획에 간섭한 대가로 섬 깊숙한 곳에 있는 미로로 그를 옮깁니다. 커리 브레이스도 미로에 던져졌고, 그들은 협력하여 탈출합니다. 발로그는 출구를 막고 있는 바위를 옮기는 데 도움을 주며 그의 친절한 성격을 드러냅니다. 두 사람은 섬을 떠받치는 힘을 가진 마법 생물인 코어를 찾아내고 물리칩니다. 그러나 의사가 섬이 무너지기 전에 그것을 구하기 위해 개입합니다. 특정 조건에 따라 플레이어는 플레이어 캐릭터를 구하기 위해 공기 탱크를 희생한 커리 브레이스를 구할 수 있습니다. 미미가 마을로 돌아오면 의사가 미미가들을 붙잡았다는 것을 알게 됩니다. 에그 코리더에서 카즈마는 플레이어에게 하늘 드래곤을 이용해 섬에서 탈출할 선택지를 제안하며, 이는 의사가 지상 세계를 정복하고 카즈마와 플레이어가 산속에 숨는 대체 결말로 이어집니다. 플레이어는 대신 의사에게 맞서고 섬의 코어를 파괴하여 미미가들을 정상으로 되돌릴 수도 있습니다. 플레이어는 섬의 외벽을 타고 올라가 의사가 미미가들을 노예로 삼아 붉은 꽃을 재배하는 플랜테이션에 도달합니다. 의사의 하인들이 그를 붙잡아 스즈와 함께 감옥에 가두고, 그녀는 플레이어가 깨어나기 전에 끌려가지만 그녀의 편지에서 의사가 스즈의 가족과 부스터 교수가 포함된 연구 탐사대의 일원이었고, 악마의 왕관을 발견한 후 그들을 배신했다는 사실을 알게 됩니다. 스즈는 플레이어에게 그녀의 어머니를 찾아 의사를 저지할 계획이 있을지도 모른다고 지시합니다.
플레이어가 이전에 커리 브레이스를 구했다면, 그녀의 기억을 되살릴 아이템을 찾을 수 있습니다. 그녀는 플레이어 캐릭터의 이름이 쿼트이며, 그들이 과거에 미미가를 학살한 로봇이 아니었다는 것을 기억합니다. 대신, 그들은 악마의 왕관의 힘이 잘못된 손에 넘어가는 것을 막기 위해 그것을 파괴하기 위해 보내졌습니다. 쿼트는 스즈의 어머니 모모린을 찾아가 그녀가 의사가 거주하는 섬의 꼭대기로 접근할 수 있는 로켓을 만들고 있다는 것을 알게 됩니다. 그녀가 로켓을 완성하도록 도운 후, 쿼트는 미제리와 의사에게 맞섭니다. 의사는 붉은 꽃의 본질을 결정체로 정화하여 쿼트가 그의 몸을 파괴한 후에도 생존할 수 있게 합니다. 의사의 영혼은 섬의 코어를 차지하지만, 쿼트는 그것도 파괴하는 데 성공하여 섬이 지구로 떨어지기 시작합니다. 특정 조건에 따라 플레이어는 악마의 왕관의 창조자인 발로스가 갇혀 있는 보너스 스테이지인 피 묻은 성소로 진행할 수 있습니다. 발로스는 젠카의 형제로, 고문을 당한 후 미쳐버린 강력한 마법사였습니다. 미제리는 발로스에게 악마의 왕관을 만들도록 강요했지만, 그녀와 발로그는 그것을 소유한 자에게 복종하게 되는 저주를 받았습니다. 커리 브레이스의 도움으로 쿼트는 발로스를 물리치고 섬이 떨어지게 만든 부정적인 에너지의 원천을 멈추어 주민들을 구합니다. 발로그는 그들이 발로스의 무너지는 감옥에 의해 부서지기 전에 두 사람을 구합니다—그는 미제리의 저주를 풀어준 것에 대한 감사로 보내진 것이었습니다. 쿼트, 커리 브레이스, 발로그는 평화롭게 살아가기 위해 섬을 떠납니다.
The player character awakens in a cave with no memory of how he came to be there. He finds a village of Mimigas, who are being persecuted by the Doctor. The Doctor's servants Misery and Balrog are looking for Sue Sakamoto, a girl who had been transformed into a Mimiga. Not finding her, they mistakenly abduct another Mimiga named Toroko instead. The player finds Sue in the Egg Corridor, where she discovers the eggs of a Sky Dragon, which could allow her to escape the floating island if hatched. Sue attempts to rescue her brother Kazuma, but King, the leader of Mimiga Village, captures her and holds her responsible for Toroko's kidnapping. Sue tasks the player with retrieving Kazuma from Grasstown. After freeing him, they meet Professor Booster, who reveals that the Doctor plans to use the red flowers on Mimigas to create an army to take over the surface world. Booster sends the player to the Sand Zone to destroy the red flowers before the Doctor can find them. While there, the player meets Curly Brace, a female robot who also has no memories of her past, and Jenka, an old witch who is Misery's mother and guardian of the red flowers. Jenka calls the player character a "soldier from the surface", one of many who were sent to the island to slaughter the Mimigas.
Misery transports the player to the Labyrinth deep inside the island as punishment for interfering with the Doctor's plans. Curly Brace has also been thrown into the Labyrinth and they cooperate to escape. Balrog helps them to move the boulder blocking the exit, revealing his kind nature. The pair find and defeat the Core, a magical creature whose power keeps the island afloat. However, the Doctor steps in to save it before the island collapses. Depending on certain conditions, the player may rescue Curly Brace, who had sacrificed her air tank to save the player character. When he returns to Mimiga Village, he finds that the Doctor has captured the Mimigas. In the Egg Corridor, Kazuma offers the player a choice to escape the island with him using a Sky Dragon, leading to an alternate ending in which the Doctor conquers the surface world while Kazuma and the player hide in the mountains. The player may instead choose to confront the Doctor and destroy the island's Core, which would return the Mimigas to normal. The player scales the outer wall of the island to reach the Plantation where the Doctor is using the Mimigas as slave laborers to grow red flowers. The Doctor's servants capture him and place him in a jail cell with Sue. She is taken away before the player wakes up, but her letter reveals that the Doctor was a member of the research expedition that included Sue's family and Professor Booster, but he betrayed them once he found the Demon Crown. Sue directs the player to find her mother who may have a plan to stop the Doctor.
If the player saved Curly Brace earlier, the player may find an item to restore her memories. She remembers that the player character's name is Quote, and that they were not the killer robots who slaughtered Mimigas in the past. Instead, they were sent to destroy the Demon Crown to prevent its power from falling into the wrong hands. Quote finds Sue's mother, Momorin, who is building a rocket that will allow access to the top of the island where the Doctor resides. After helping her complete the rocket, Quote confronts Misery and the Doctor. The Doctor has purified the essence of the red flowers into a crystal, which allows him to survive even after Quote destroys his body. The Doctor's spirit possesses the Core of the island, but Quote succeeds in destroying that as well, causing the island to begin falling to Earth. Under certain conditions, the player may proceed into a bonus stage called the Bloodstained Sanctuary where the creator of the Demon Crown, Ballos, is imprisoned. Ballos, Jenka's brother, was a powerful wizard who went insane after being tortured. Misery forced Ballos to create the Demon Crown, but she and Balrog became cursed to serve whoever possessed it. With the help of Curly Brace, Quote defeats Ballos and stops the source of the negative energy that was causing the island to fall, saving its inhabitants. Balrog saves the two before they are crushed by Ballos' collapsing prison—he had been sent by Misery as thanks for breaking her curse. Quote, Curly Brace, and Balrog leave the island to live out their days in peace.