Contra: Shattered Soldier

A.D. 2642년, 지구는 이전의 외계인 전쟁으로 인해 상처받은 상태이며 환경 문제는 인류의 통제를 넘어선다. 개발 중에 오작동한 하이퍼 자기 무기 그리드로 인해 지구 인구의 80%가 완전히 파괴되었다. 외계 전쟁의 영웅 빌 라이저는 이 사건의 책임을 지게 되었고, 그를 막으려 했던 파트너 랜스 빈을 살해한 혐의로 10,000년의 냉동 감옥형을 선고받았다.

하지만 5년 후인 2647년, 지구는 신비롭고 초인적인 지휘관이 이끄는 테러 조직 "블러드 팔콘"의 위협에 직면하게 된다. "삼두정치"라 불리는 집권 정부는 빌 라이저가 지구를 방어한 이전의 성공을 고려하여 그의 형기를 마치기 전에 그를 석방하기로 결정하고, 블러드 팔콘을 무력화할 희망을 품는다. 정부의 연구로 박사 지오 만드레이크가 만든 첨단 사이보그 병사 루시아가 빌의 임무를 동행하고 지원하기 위해 파견된다. 빌은 결국 랜스가 여전히 살아있고, 사실 블러드 팔콘의 지휘관이라는 것을 알게 된다.

랜스를 물리친 후, 과거 게임의 외계인들이 공격한 이유는 삼두정치가 비밀리에 그들로부터 신비롭고 강력한 "유물"을 훔쳤기 때문이라는 것이 밝혀진다. 이 정보를 바탕으로 빌과 루시아는 삼두정치에 맞서 외계 유물의 비밀을 밝혀내야 한다.

In A.D. 2642, Earth remains scarred from previous alien conflicts as environmental problems grow beyond humanity's control. 80% of the planet's population was completely devastated by a malfunctioning hyper-magnetic weapons grid during development. Bill Rizer, the hero of the Alien Wars, was held responsible for the incident, as well as for murdering his partner, Lance Bean, who reportedly tried to stop him. He was given a sentence of 10,000 years in cryogenic prison.

However, five years later, in 2647, Earth faces another threat as the terrorist organization "Blood Falcon", led by a mysterious and superhuman commander, spreads panic over the world. The ruling government, referred to as the "Triumvirate", decides to release Bill Rizer prior to completing his sentence, in view of his previous successes in defending Earth, in hope of neutralizing Blood Falcon. Lucia, an advanced cyborg soldier built by the government from Dr. Geo Mandrake's research, is sent to accompany and assist Bill's endeavors. Bill eventually finds out that Lance is still alive and is in fact the commander of Blood Falcon himself.

After defeating Lance, it is revealed that the aliens from the past games attacked because the Triumvirate secretly stole a mysterious, powerful "Relic" from them. With this information, Bill and Lucia have to confront Triumvirate and uncover the secret of the alien Relic.