리우도는 지오하운드라는 용병으로, 그라나스 교회에 의해 그라나스의 송녀 엘레나를 가르미아 타워로 의식을 위해 호위하라는 의뢰를 받는다. 도착하자마자 그는 의식이 진행되는 동안 기다리라는 요청을 받는다. 그러나 그는 비명을 듣고 최상층으로 달려간다. 모든 사람이 죽어 있고, 엘레나가 날개를 가진 모습을 보고 그녀를 구출한 후 두 사람은 카르보 마을로 돌아온다. 마을로 돌아온 리우도는 사제로부터 엘레나를 성 하임 교황국으로 호위하여 교황 제라와 만나 발마르의 날개로부터 그녀를 정화할 방법을 찾으라는 요청을 받는다. 그가 일을 거절하기도 전에, 마을은 신비로운 날개를 가진 여인에게 공격받고, 그녀는 리우도와 전투를 벌여 그를 물리친다. 그녀는 밀레니아라고 자신을 소개하고 사라진다. 다음 날, 리우도는 일을 수락하고 엘레나와 함께 성 하임으로 출발한다. 아게르 마을에서 밀레니아가 다시 나타나 이번에는 더 친근하게 리우도와 팀을 이룬다. 그녀는 우연히 자신이 발마르의 날개이며 엘레나를 소유하고 있다는 사실을 드러내고, 두 존재가 하나의 몸을 공유하고 있음을 알린다. 이후 로안과 짐승인 마렉이 합류한 그룹은 발마르의 다른 조각들을 만나고, 밀레니아는 그들을 물리친 후 흡수한다.
그룹이 성 하임 교황국에 도착하자 엘레나는 교황 제라와 만나고, 교황은 리우도와 대화하기를 원한다. 교황은 그라나스를 물리치기 위해 사용된 전설의 그라나사베르를 찾으라고 요청한다. 리우도는 마지못해 동의하고, 그룹은 로안의 고향인 시룸으로 여행을 떠난다. 도착하자 그룹은 여관에서 쉬고 로안은 떠난다. 다음 날, 로안이 왕자라는 사실이 드러나고, 시룸의 사람들이 고대 전쟁에서 발마르를 그라나스에 맞서 도왔던 과거를 알게 된다. 파티는 성으로 들어가 어둠의 문이 열려 있는 것을 발견하고 성 아래에 고대 공장이 있음을 알게 된다. 그들은 발마르의 발톱과 다시 성에서 멜피스를 만나게 된다. 멜피스는 리우도의 형이자 마렉이 찾고 있는 남자로, 그룹과의 전투에서 그들을 물리친 후 집에서 자신과 맞서라고 말하며 도망친다. 로안은 왕으로 즉위하고 시룸에 남기로 결정하여 과거가 미래를 예측하지 않는다는 것을 사람들에게 격려한다. 발톱에 의해 소유된 존재이자 오토마타인 티오는 구출된 후 그룹에 합류한다.
파티는 보트를 타고 리우도의 고향인 갈란 마을에 도착하고, 리우도는 즉시 돌아온 것에 대해 꾸중을 듣고 떠나라는 명령을 받는다. 그는 멜피스가 돌아왔고, 세상의 고통을 끝내기 위해 그를 죽일 계획이라고 밝힌다. 여관에서 변장한 스카이가 엘레나에게 리우도의 과거를 드러낸다. 갈란은 한때 검객들의 마을이었고, 멜피스가 가장 뛰어난 검객이었다. 그러나 어느 날 폭풍우가 몰아치던 밤, 언덕의 우상이 불안해지자 마을 사람들은 멜피스의 약혼자 리나를 제단에 기도하러 보냈다. 그녀는 돌아오지 않았고, 멜피스는 조사에 나서고, 리우도는 몰래 그를 따라갔다. 신전에서 리우도는 멜피스가 리나를 살해하는 장면을 목격하게 된다. 이후 리우도는 마을을 떠나 3년 동안 머물지 않았고, 이로 인해 마을 사람들은 그가 그들을 버렸다고 믿게 되어 경멸하게 된다. 아침이 되자 그룹은 멜피스를 맞서기 위해 산으로 올라간다. 정상에서 그들은 멜피스를 물리치고, 이후 리우도와 화해하며 그라나사베르의 위치를 알려준 후 죽는다. 리우도가 슬퍼하는 동안, 발굽들이 그를 소유하여 의식을 잃게 만든다. 여관으로 돌아온 엘레나는 밀레니아에게 도움을 요청하지만 처음에는 거절한다. 그러나 그녀는 마음을 바꾸고 자신의 힘을 사용하여 리우도 안의 발굽들을 봉인한다. 리우도는 새로운 목적의식을 가지고 깨어난다. 하지만 엘레나는 그라나스에게 의문을 제기한다. 발마르가 리우도를 구했기 때문이다.
그룹은 그라나사베르의 위치 근처인 마렉의 고향 난난으로 여행한다. 마을에서 마렉은 성공적인 임무로 칭찬받고, 그룹은 그라나사베르의 위치에 대한 정보를 듣는다: 동쪽의 거대한 사이클론 안에 있다. 그룹은 그곳으로 여행하여 인공 폭풍을 비활성화하고 그라나사베르를 드러낸다. 그러나 고위 여사제 셀레네가 나타나 성당의 기사 하나를 희생하여 그라나사베르 주위에 발마르의 몸을 부활시킨다. 그러나 그룹은 그 몸 안으로 들어가 그것을 파괴한다. 티오는 그라나사베르가 배라는 것을 드러내고, 그룹을 내부로 텔레포트 시킨 후 거대한 검을 성 하임으로 안내한다. "어둠의 날"이 다가오고, 그룹은 성당의 기사들이 마을 사람들을 학살하는 것을 목격하고 기사를 물리친다. 엘레나는 자신의 진짜 임무를 드러낸다: 발마르의 조각들을 흡수하여 그라나사베르로 파괴할 수 있도록 하는 것이다. 성당에서 셀레네는 발마르의 심장으로 변신하고 그룹은 그것을 파괴한다. 그들은 제라를 추격하고, 그는 진실을 드러낸다: 발마르가 그라나스와의 전투에서 승리했으며, 그라나스는 죽었다. 그는 엘레나를 이용해 발마르를 부활시키겠다는 의도를 선언하고 그녀를 발마르의 달로 납치한다.
그룹은 그라나사베르를 사용하여 달에 도달하고 엘레나를 구출한다. 부상당한 마렉은 그룹이 달에서 탈출할 수 있도록 자신을 희생한다. 시룸 근처에 추락하자, 이제 달의 괴물들에 의해 포위된 마을에서 그룹은 로안과 재회하고 마을을 방어한다. 곧 발마르의 달이 그라나스 성당에 충돌하고 새로운 발마르가 나타난다. 불행히도 그룹은 그를 물리칠 방법이 없는 상황에 처한다. 로안은 근처의 신들의 탄생지로 여행하자고 제안하고, 그곳에서 고대 전쟁과 두 신의 기원에 대한 많은 것을 알게 된다. 또 다른 오토마타인 엘모를 만나게 된 리우도는 내부의 발굽들과 맞서기로 선택하고 많은 시련에 직면한다. 그러나 그는 두려움과 불안감을 극복하고 진정한 그라나사베르를 받는다. 파티는 발마르에 도전하고 그의 몸 안으로 들어간다. 내부에서 그들은 제라와 마주치고, 그는 그들을 공격한 후 가짜 밀레니아를 보내온다. 리우도의 파티는 승리하고, 이제 엘레나와 분리된 진정한 밀레니아가 그들과 합류한다. 제라는 그룹을 나누고 리우도, 엘레나, 밀레니아에 대한 최종 공격을 감행한다. 그들은 그를 물리치고 발마르를 영원히 파괴하여 세상에 평화를 되찾는다.
결말에서는 발마르의 패배 1년 후의 다양한 캐릭터들을 보여줍니다. 로안은 여전히 왕으로 친구들을 찾기 위한 여정을 떠납니다. 티오는 시룸에서 간호사가 되었고, 밀레니아는 교사가 되었으며, 엘레나는 극단의 가수로 세계를 여행합니다. 다른 곳에서는 리우도가 그라나세이버를 안식시키고 세상으로 돌아옵니다.
Ryudo is a mercenary, known as a Geohound, and is hired by the Church of Granas to escort Elena, a Songstress of Granas, to Garmia Tower for a ceremony. Upon arrival, he is asked to wait while they perform the ritual. However, he hears a scream and rushes up to the top floor. Seeing everyone dead and Elena with a pair of wings, he rescues her and both return to Carbo village. Back in the village, Ryudo is asked by the priest to escort Elena to St. Heim Papal State to seek Pope Zera to help cleanse Elena of the Wings of Valmar, one of several pieces of Valmar, that now possess her. Before he can turn the job down, the village is attacked by a mysterious winged woman, who engages and defeats Ryudo in battle. She introduces herself as Millennia and disappears. The next morning, Ryudo accepts the job and departs for St. Heim with Elena. In the town of Agear, Millennia appears again, this time more friendly, and teams up with Ryudo. She accidentally reveals herself as the Wings of Valmar and that she possesses Elena, sharing her body as a separate being. The group, eventually joined by Roan and the beast man Mareg, encounters more pieces of Valmar, which Millenia absorbs after defeating them.
When the group arrives at St. Heim Papal State, Elena meets with Pope Zera, who wishes to speak with Ryudo. The Pope requests that he find the legendary Granasaber, a weapon wielded by Granas which was used to defeat Valmar. Ryudo reluctantly agrees, and the group travels to Roan's hometown of Cyrum. Upon arrival, the group rests at the inn as Roan departs. The next morning, it is revealed that Roan is the prince, and that the people of Cyrum once assisted Valmar against Granas in the ancient war. The party enters the castle and finds the Gate of Darkness open and discover an ancient factory underneath the castle. They encounter the Claws of Valmar and, later, Melfice back in the castle. Melfice is Ryudo's brother and the man Mareg seeks, who flees after defeating the group in battle, telling Ryudo to face him at home. Roan is crowned king and chooses to stay in Cyrum, to encourage its people that the past does not predict their future. Tio, the being possessed by the Claws and an Automata, joins the group after being rescued.
The party arrives at the village of Garlan, Ryudo's hometown, by boat, and Ryudo is immediately chastised for returning and commanded to leave. He reveals that Melfice has returned and he plans to kill him to end his torment of the world. At the inn, a disguised Skye reveals Ryudo's history to Elena. Garlan used to be a village of swordsmen, with Melfice being the best. However, one night, during a storm, the idol in the hills grew restless, so the villagers sent Reena, Melfice's fiancé, to pray at the altar. She didn't return, and Melfice investigated, being secretly followed by Ryudo. In the shrine, Ryudo witnessed Melfice murder Reena. Ryudo later fled from town and stayed away for three years, causing the villagers to believe he abandoned them, hence their contempt. In the morning, the group travels up the mountain to confront Melfice. At its peak, they defeat Melfice, who afterwards reconciles with Ryudo and informs the group of the Granasaber's location before dying. While Ryudo grieves, the Horns possess him, causing him to lose consciousness. Back at the Inn, Elena asks Millenia for help, but she initially refuses. However, she relents and uses her powers to seal the Horns inside of Ryudo, who then awakens with a renewed sense of purpose. But Elena questions Granas, as it was Valmar who saved Ryudo.
The group travels to Nannan, Mareg's hometown, near the location of the Granasaber. In the village, Mareg is praised for his successful mission and the group are informed of the Granasaber's whereabouts: within a giant cyclone to the east. The group travels there and deactivates the artificial storm, revealing the Granasaber. However, Selene, the High Priestess, appears and sacrifices a Cathedral Knight to revive the Body of Valmar around the Granasaber, but the group enters the body and destroys it. Tio reveals the Granasaber to be a ship, teleporting the group inside and guiding the giant sword back to St. Heim. The "Day of Darkness" arrives, and the group witnesses the Cathedral Knights slaughtering townsfolk, and destroy the Knights. Elena reveals her true mission: to absorb the pieces of Valmar so they could be destroyed by the Granasaber. In the Cathedral, Selene transforms into the Heart of Valmar and the group destroys it. They catch up to Zera, who reveals the truth: that Valmar was victorious in the battle against Granas, who was killed. He declares his intentions of reviving Valmar using Elena, and abducts her to the Moon of Valmar.
The group uses the Granasaber to reach the moon and save Elena. A wounded Mareg later sacrifices himself to allow the group to escape from the moon. Crashing near Cyrum, which is now besieged by monsters from the moon, the group rejoins with Roan and defends the town. Soon, Valmar's Moon crashes into the Granas Cathedral and the new Valmar emerges. Unfortunately, the group finds itself without the means to defeat him. Roan suggests traveling to the nearby Birthplace of the Gods for answers, which reveals much about the ancient war and the origins of both gods. Meeting another Automata named Elmo, Ryudo chooses to confront the Horns within and is beset by many trials. However, he overcomes his fears and insecurities and is granted the true Granasaber. The party challenges Valmar and enters his body. Inside, they are confronted by Zera, who attacks them before sending a false Millenia after them. Ryudo's party is victorious, and the true Millenia, now separated from Elena, joins them. Zera divides the group and launches a final attack against Ryudo, Elena, and Millenia. They defeat him and destroy Valmar for good, restoring peace to the world.
The ending shows the different characters one year after Valmar's defeat. Roan is still king and embarks on a journey to find his friends. Tio has become a nurse in Cyrum, Millenia is a teacher, and Elena tours the world as a singer in a troupe. Elsewhere, Ryudo lays the Granasaber to rest and makes his return to the world.
