뿔 달린 소년 이코는 전사들에 의해 버려진 성으로 끌려가 돌로 된 관에 갇혀 희생당할 위기에 처한다. 진동이 관을 넘어뜨리고 이코는 탈출한다. 성을 탐험하던 중, 그는 다른 언어를 사용하는 포로 소녀 요르다를 만난다. 이코는 요르다를 도와 탈출시키고 그림자 같은 생물들로부터 그녀를 방어한다. 두 사람은 성을 지나 육지로 이어지는 다리에 도착한다. 그들이 건너는 동안, 성의 지배자인 여왕이 나타나 요르다에게 그녀의 딸로서 성을 떠날 수 없다고 말한다. 여왕은 다리의 일부를 파괴하고, 요르다가 그를 구하려 하지만 이코는 다리에서 떨어져 의식을 잃는다.
이코는 성 아래에서 깨어나 다시 위층으로 올라가 그림자 생물들을 쫓아내는 마법의 검을 발견한다. 요르다가 여왕에 의해 돌로 변해버렸다는 사실을 알게 되고, 그는 여왕의 왕좌 방에서 그녀와 대면한다. 여왕은 요르다의 몸을 차지하여 새로운 삶을 시작할 계획이라고 밝힌다. 이코는 마법의 검으로 여왕을 처치하지만, 그녀의 죽음과 함께 성은 그를 둘러싸고 무너져 내리기 시작한다; 그는 떨어지는 잔해에 맞아 뿔이 부러지고 의식을 잃는다. 여왕의 마법이 요르다에게서 풀리고, 그림자 같은 요르다가 이코를 안전하게 성 밖으로 데리고 나가 배에 태워 그를 홀로 해변으로 떠내려 보낸다. 이코는 멀리 있는 성이 폐허가 된 것을 발견하고, 요르다가 인간의 모습으로 근처에 밀려온 것을 본다. 그녀가 움직인다.
Ico, a horned boy, is taken by a group of warriors to an abandoned castle and locked inside a stone coffin to be sacrificed. A tremor topples the coffin and Ico escapes. As he searches the castle, he comes across Yorda (ヨルダ Yoruda?), a captive girl who speaks a different language. Ico helps Yorda escape and defends her from shadow-like creatures. The pair make their way through the castle and arrive at the bridge leading to land. As they cross, the Queen, ruler of the castle, appears and tells Yorda that as her daughter she cannot leave the castle. The Queen destroys part of the bridge; although Yorda tries to save him, Ico falls off the bridge and loses consciousness.
Ico awakens below the castle and makes his way back to the upper levels, finding a magic sword that dispels the shadow creatures. After discovering that Yorda has been turned to stone by the Queen. He confronts the Queen in her throne room, who reveals that she plans to restart her life anew by taking possession of Yorda's body. Ico slays the Queen with the magic sword, but with her death the castle begins to collapse around him; he is hit by falling debris, breaking his horns, and he falls unconscious. The Queen's spell on Yorda is broken, and a shadowy Yorda carries Ico safely out of the castle to a boat, sending him to drift to the shore alone. Ico awakens to find the distant castle in ruins, and Yorda, in her human form, washed up nearby. She stirs.