로스트 플래닛은 게임 내에서 T.C. -80으로 알려진 해에 가상의 행성 E.D.N. III에서 벌어지는 이야기입니다. 지구의 전쟁, 지구온난화, 오염으로 인해 인간이 살기에는 너무 적대적인 환경이 되자, 가상의 초거대 기업인 네오-비너스 건설(NEVEC)은 혹독한 빙하기에 휩싸인 새로운 지구와 같은 행성 E.D.N. III를 식민지로 삼으려 합니다. NEVEC은 E.D.N. III에 공격적이고 영토 의식이 강한 곤충형 외계 종족인 아크리드가 살고 있으며, 이들은 다양한 형태와 크기로 존재하고 자신만의 귀중한 열 에너지를 생성한다는 사실을 발견합니다. 인간이 아크리드에게 패배한 대전쟁이 벌어진 지 150년 후, 게임의 줄거리는 NEVEC에 맞서 싸우고 아크리드를 처치하여 인류의 식민지 개척 노력을 돕고자 하는 군인 웨인 홀든을 중심으로 전개됩니다. 그는 배신과 혹독한 행성의 환경 속에서 생존하려고 노력합니다.
게임은 웨인과 그의 아버지 게일, 그리고 그들의 부대가 거대한 아크리드인 그린 아이를 처치하는 임무를 수행하는 것으로 시작됩니다. 임무 중 웨인은 부대에서 떨어져 나가고 아버지의 VS가 폭발하는 장면을 목격합니다. 웨인은 눈 속에 떠내려가 30년 동안 얼어붙게 됩니다. 웨인은 깨어나고 유리 솔로토프와 그의 눈송이 해적단인 루카, 릭의 보살핌을 받게 됩니다. 웨인은 자신의 이름과 그린 아이 외에는 이전의 삶에 대한 기억이 전혀 없습니다. 유리는 웨인의 팔에 부착된 열 확장 장치(하모나이저)에 특히 관심을 가지며, 이 장치 덕분에 웨인이 지금까지 생존할 수 있었다고 말합니다. 유리는 웨인에게 NEVEC이 행성을 해동시켜 인간이 살 수 있는 안전한 곳으로 만들기 위한 프로젝트를 진행 중이라고 알려줍니다. 웨인은 유리의 부대에 합류하고 아크리드 벌집을 제거하는 임무 중 바질이라는 여성과 싸웁니다. 바질은 유리가 자신의 남편을 죽였고 복수를 원하고 있다고 말합니다. 동시에 유리는 신비롭게 사라지고, 웨인은 그의 충성심에 의문을 품게 됩니다. 릭과 루카의 도움으로 웨인은 그린 아이의 위치를 알아내고 아버지의 VS를 이용해 그것을 파괴합니다. 그 직후, 웨인과 그의 VS는 NEVEC의 현장 지휘관인 반데로의 공격을 받습니다. 공격에서 탈출한 후, 웨인은 그린 아이가 게일을 죽인 것이 아니라, 사실 몇몇 NEVEC 병사들이 반데로와 함께 있었음을 기억해냅니다. 웨인과 루카는 간신히 탈출하지만, 그들의 해적 요새(트레일러)가 포위당하고 릭이 포로로 잡히게 됩니다.
다음 1년 동안, 웨인과 루카는 NEVEC에 대해 기습 공격을 감행하며 인류를 지배하고 있는 NEVEC에 맞섭니다. 공격 중 그들은 릭이 바질에 의해 구출되어 여전히 살아있다는 사실을 발견합니다. 바질과 웨인은 NEVEC 병사인 조를 인질로 잡습니다. 조를 포로로 잡은 후, 바질은 하모나이저가 노화 과정을 늦추고 게일의 VS의 힘을 해제한다고 설명합니다. 그들을 심문한 후, 그들은 NEVEC의 프론티어 프로젝트에 대한 더 많은 정보를 알게 됩니다. 조는 이 프로젝트가 E.D.N. III를 인간이 살 수 있는 안전한 장소로 만들기 위한 NEVEC의 계획이라고 말합니다. 해적단에 합류한 조는 웨인이 NEVEC의 지도부와 만날 수 있도록 주선하지만, 이는 우연히 반데로가 웨인의 다리를 쏘는 매복으로 이어집니다. 대치 중 웨인과 조는 이 프로젝트가 T-ENG를 사용하여 모든 아크리드를 제거할 뿐만 아니라 지표면에 남아 있는 모든 인간을 죽일 것이라는 사실을 알게 됩니다. 모든 NEVEC이 하늘에서 안전하게 지켜보는 가운데, 해적들은 이 프로젝트를 저지하기 위한 마지막 임무를 수행합니다. 웨인은 반데로와 마지막으로 대면하고 그를 죽이며 아버지의 재건된 VS를 되찾습니다. 웨인은 유리를 발견하고, 고문으로 죽기 전에 유리는 웨인에게 하모나이저에 부착할 수 있는 장치를 주며 그의 VS의 진정한 힘을 해제할 수 있도록 합니다.
웨인이 NEVEC의 수장인 아이젠버그와의 공격을 시작하는 동안, 바질은 그에게 시간을 벌기 위해 자신을 희생하고 조는 NEVEC이 숨을 곳인 엘리베이터를 파괴하기 위해 폭발물을 설치합니다. 웨인은 아이젠버그와 대면하고 VS에서 싸운 후, 그가 기절하기 직전 단 한 발의 권총 총알로 그의 머리를 쏩니다. 웨인은 다시 기억을 잃고 기절한 채로 깨어납니다. 웨인이 깨어나자 루카와 릭이 행성의 모든 얼음과 눈을 녹이기 시작하고, 식민지 개척이 다시 시작됩니다.
Lost Planet takes place in the year known in the game as T.C. -80 on the fictional planet of E.D.N. III. After the Earth's conditions become too hostile for humans due to war, global warming and pollution, a fictional interstellar megacorporation named Neo-Venus Construction (NEVEC) plans to colonize E.D.N. III, a new Earth-like planet in grip of a brutal ice age. NEVEC discover that E.D.N. III is inhabited by an aggressive and territorial insectoid alien species named the Akrid, which come in all shapes and sizes and generate their own precious thermal energy. 150 years after a great war was fought in which the humans lost to the Akrid, the plot of the game revolves around Wayne Holden, a soldier who attempts to overthrow NEVEC, who still vie for control over E.D.N. III, and help colonization efforts for the remainder of the human race by destroying the Akrid, all the while attempting to survive both betrayals and the extreme conditions of the planet.
The game starts with Wayne, his father Gale, and their unit taking on a mission to kill a giant Akrid known as Green Eye. During their mission, Wayne is separated from his squad and watches his father's VS explode. Wayne is left drifting in the snow and is frozen solid for 30 years. Wayne wakes up and finds himself in the care of Yuri Solotov and his crew of snow pirates; Luka and Rick. Apart from his name and the Green Eye, Wayne remembers nothing of his previous life. Yuri is particularly interested in the thermal extension (or Harmonizer) attached to Wayne's arm, which has enabled Wayne to survive all this time. Yuri tells Wayne that NEVEC is working on a project designed to thaw out the planet to make it safe to live on. Wayne joins Yuri's band, and while on a mission to wipe out an Akrid hive, fights a woman named Basil. Basil tells him that Yuri has killed her husband and that she was looking for revenge. At the same time, Yuri mysteriously disappears, leaving Wayne to question his loyalty. With the help of Rick and Luka, Wayne discovers the Green Eye's location and destroys it with Gale's (his fathers) VS. Shortly after, Wayne and his VS are attacked by NEVEC's field commander, Bandero. Slowly, after escaping the attack, Wayne remembers that rather Green Eye being responsible for killing Gale, it was actually a few NEVEC soldiers with Bendero watching. Wayne and Luka barely escape, only to find that their pirate fortress (trailer) has been sieged, and that Rick has been taken captive.
For the next year, Wayne and Luka initiate hit and run attacks against NEVEC, which has taken control over the human race. During one of their attacks, they discover Rick is still alive due to him being rescued by Basil. Basil and Wayne take a NEVEC trooper named Joe hostage. It is after taking Joe prisoner that Basil goes on to explain that the Harmonizer slows down the aging process and unlocks the powers to Gale's VS. After they interrogate him, they find out more about NEVEC's Frontier Project. Joe tells them it is NEVEC's plan to make E.D.N. III a safe place to live for humans. After joining the snow pirates, Joe arranges for Wayne to meet with NEVEC leadership, inadvertently leading to an ambush where Bandero shoots Wayne in the leg. During the confrontation, Wayne and Joe learn that the project will use T-ENG to wipe out not only all Akrid but also kill all humans left on the surface while all of NEVEC watches safely from the sky. Horrified, the pirates go on a final mission to stop the project. Wayne confronts Bandero a final time, killing him and regaining his father's rebuilt VS. Wayne finds Yuri and before dying from torture, Yuri gives Wayne an attachment to his Harmonizer as it would allow him to unlock the true power of his VS.
While Wayne begins his attack on NEVEC's honcho, Commander Isenberg, Basil sacrifices herself to buy him time and Joe sets off explosives to destroy the elevator from which NEVEC would hide. Wayne confronts Isenberg and after fighting in VSs, shoots him in the head with a single pistol bullet right before he passes out, losing his memory again. Wayne wakes up to find Luka and Rick starting to melt all of the ice and snow from the planet, and slowly colonization begins once more.