게임은 메가맨 제로 4 이후 수세기가 지난 기술적으로 발전된 세계를 배경으로 하고 있습니다. 이제 인간과 레플로이드가 새로운 법 덕분에 모두 인간으로 대우받으며 평화롭게 공존하고 있습니다.
시간이 지나면서 지구의 주민들은 이전 국가들을 일부 되살리는 데 성공했습니다. 그러나 예전의 번영을 막기 위해 세계 곳곳에서 기계 생명체들이 매버릭이 되는 사건들이 발생하기 시작했고, 이로 인해 일부 지역은 주민들에게 위험해졌으며, 곧 이러한 활동은 국가 간의 교류를 방해하게 되었습니다.
국가는 인간이 안전하게 살 수 있는 '내부' 지역과 위험한 매버릭이 나타나는 '외부' 지역으로 나뉘게 되었습니다. 슬리더 주식회사(Slither Inc.)의 노력 덕분에 고대 유적에서 발굴된 기술로 인해 큰 발전이 이루어졌습니다. 도시의 중심 지역에서는 슬리더 주식회사가 제공하는 기술 덕분에 평화로운 삶이 유지되고 있습니다.
국가의 위기 관리가 아직 미치지 않는 최전선 지역에서는 매버릭의 공격으로 인한 피해가 여전히 발생하고 있습니다(매버릭은 평화를 위협하는 레플로이드와 메카닐로이드를 통칭하는 용어입니다). 이 지역의 인간들은 '가디언스'라는 자위 조직을 개발했습니다. 그들은 최전선 지역을 방어하고 매버릭의 원인을 조사합니다.
슬리더 주식회사는 고대 유적 발견에서 개발된 기술을 도시의 생명선으로 활용하여 에너지 자원과 같은 물품을 주민들에게 제공합니다. 이 회사가 도시의 생명선을 어느 정도 장악하고 있는 것은, 적어도 그 도시의 사람들에게는 나쁜 일이 아닙니다. 슬리더 주식회의 사장은 '서펜트'라는 이름을 가지고 있으며, 그는 외부 지역에 잠들어 있는 고대 기술을 발굴하여 회사를 혼자서 키운 훌륭한 인물로 여겨집니다. 게다가 그는 자신의 회사에 메카닐로이드 군대를 조직했으며, 과거에 매버릭의 공격으로부터 국가들을 여러 번 구했다고 전해집니다.
반면, 최전선 지역의 가디언스는 비상업적인 민간 단체로 여겨집니다. 그들은 '가디언 베이스'라는 거대한 비행선을 본부로 삼아 자원봉사로 사람들을 모집하여 최전선 지역을 방어하고 매버릭의 출처를 조사합니다. 가디언스의 원래 리더는 외부 지역 조사 중에 실종되었고, 명령은 '프레어'라는 젊은 소녀가 인수하게 되었습니다.
The game takes place on a technologically advanced world centuries after Mega Man Zero 4. Humans and Reploids now coexist peacefully, both treated as humans due to the new laws.
In time, the habitants of Earth managed to revive some of the former nations. However, preventing further prosperity like the days of old, incidents around the world began where some of the machine life forms became Maverick, making some areas dangerous for the inhabitants, and soon this activity obstructed exchange between nations.
The nations became divided into areas designated as the Inner, where it was safe for humans to live, and the Outer region where the dangerous Mavericks appeared. Great developments were made due to the efforts of the corporation Slither Inc., which possesses technology unearthed from historic ruins in the outlands. Peaceful life is maintained by receiving the technology offered by Slither Inc. in the central areas of cities.
In the frontier regions where the crisis management of countries still doesn't reach, damage from attacks by Mavericks (general term for Reploids and Mechaniloids that threaten the peace) still occur. The humans in these areas developed the self-defense organization known as the Guardians. They defend the frontier regions and investigate the cause of the Maverick element.
Slither Inc. uses the technology developed from historic ruin finds essentially as a lifeline for the cities, providing goods to its people such as energy resources. It is not necessarily a bad thing that the company has more or less grasped the lifeline of the cities, at least for the people in those cities. Slither Inc.'s president is named Serpent. Serpent is considered a wonderful person who raised the company on his own by excavating the ancient technology sleeping in the Outlands. Furthermore, he has arranged a Mechaniloid army in his company, and is said to have repeatedly saved countries from Maverick attacks in the past.
On the other hand, the Guardians in the frontier regions are considered to be unassociated private ventures. They make the "Guardian Base," a gigantic flying ship, their headquarters, and they take people on a volunteer basis to not only defend the frontier areas but also investigate the Maverick source. The original leader of the Guardians disappeared during the investigation of an Outlands area, and command has been taken over by the young girl named Prair