게임은 사무스 아란이 SR388 행성에서 생물학 연구팀의 경호원으로 활동하는 것으로 시작된다. 결국, 호르노아드가 그들을 위협하고 사무스에 의해 처치된다. 그러나 호르노아드가 파괴되면서 구형의 노란 유기체(엑스)가 나타나 사무스의 몸속으로 들어간다. 초기에는 아무런 영향을 느끼지 못한 사무스는 연구원들을 계속 호위하며 임무를 완수한다. 그러나 실험실로 돌아가는 도중 사무스는 의식을 잃고 그녀의 건쉽이 소행성대에 추락한다. 선박의 비상 시스템이 자동으로 사무스의 탈출 포드를 발사하여 그녀를 구했지만, 건쉽은 완전히 파괴된다. 사무스는 의료팀에 의해 신속하게 치료를 받게 되고, SR388에서 그녀의 몸속으로 들어온 생물이 실제로는 기생 유기체인 엑스라는 사실이 밝혀진다.
사무스 감염 2
엑스 기생충에 감염된 사무스.
사무스의 파워 슈트의 유기적 구성 요소가 그녀의 시스템과 너무 통합되어 의식을 잃은 상태에서는 제거할 수 없었다. 감염된 슈트의 큰 부분이 외과적으로 제거되어 외관이 극적으로 변화했다. 그러나 사무스의 중추 신경계에 있는 엑스는 안전하게 제거할 수 없을 정도로 깊이 박혀 있었고, 사무스의 생존 가능성은 1% 이하로 떨어졌다. 메트로이드만이 엑스의 유일한 포식자로 알려져 있었지만, 사무스가 이전 임무에서 SR388의 모든 메트로이드를 파괴했기 때문에 엑스는 제어되지 않고 증식할 수 있었다. 이를 치료의 열쇠로 보고, 의사들은 사무스의 죽은 아기 메트로이드에서 메트로이드 세포를 사용하여 항-X 백신을 만들 것을 제안했다. 연방은 사무스가 제베스에서 두 번째로 있을 때 그녀를 구한 아기의 세포 배양을 보존한 것으로 보였다. 혈청이 준비되어 지체 없이 주입되었고, 엑스는 완전히 제거되었다. 그러나 두 가지 부작용이 있었다: 사무스는 더 이상 일반 엑스에 의해 상처를 입지 않게 되었고, 심지어 그들을 흡수하여 건강과 탄약을 보충할 수 있게 되었지만, 메트로이드의 냉기에 대한 취약성도 물려받게 되었다.
회복한 사무스는 생물학 우주 연구소에서 발생한 폭발을 조사하기 위해 파견된다. 이곳에는 SR388에서 가져온 샘플과 감염된 파워 슈트의 조각들이 보관되고 있다. 연구소에 도착한 사무스는 즉시 격리 구역으로 향하고, 그곳에서 엑스 기생충에 감염된 호르노아드를 만나 처치한다. 사무스는 그녀의 새로운 건쉽의 컴퓨터(그녀가 이전의 지휘관을 떠올리게 하여 "아담"이라고 이름 붙였다)와 대화하며 현장 팀이 가져온 샘플이 엑스에 감염되었다는 사실을 알게 된다. 컴퓨터는 또한 엑스가 먹이의 DNA를 사용하여 완벽한 복제품을 만들 수 있다는 사실을 밝혀내어, 연구소의 모든 유기 생명체가 감염될 수 있음을 의미한다.
SA-X 1
SA-X.
사무스가 연구소를 계속 탐색하는 동안, 엑스가 감염된 파워 슈트의 일부를 사용하여 사무스 자신을 복제한 SA-X(사무스 아란-X)를 발견하게 된다. SA-X는 사무스의 완전히 업그레이드된 파워 슈트에서 탄생했기 때문에 그녀의 모든 강화된 능력을 가지고 있으며, 격리 구역에서 탈출하기 위해 파워 폭탄을 사용하는 것으로 증명된다. 폭탄이 폭발하면서 SA-X는 엑스 샘플을 담고 있는 캡슐을 파괴하여 모든 엑스를 연구소로 방출하게 된다. 연구소 조사를 진행하던 사무스는 시설의 제한 연구실에 우연히 들어가게 되고, 그곳에서 수십 개의 유아 메트로이드와 여러 단계의 성숙도를 가진 메트로이드를 발견하게 된다. 이들은 사무스가 이전에 알지 못했던 복제 프로젝트의 결과물이다. 사무스가 그들을 발견한 직후, SA-X는 자신의 포식자를 제거하려고 시도하지만 계획이 실패한다: 메트로이드가 탈출하고 비상 안전 장치가 작동하게 된다. 사무스는 연구실이 완전히 봉쇄되기 전에 간신히 탈출하고, 연구소는 SR388 상공에서 폭발한다.
제한 연구실 사건 이후, 사무스는 자신의 우주선 컴퓨터와 대화하며 메트로이드의 발견과 파괴에 대해 화가 난 컴퓨터의 반응을 듣게 된다. 컴퓨터는 연방이 "평화로운 응용"을 위해 메트로이드 번식 프로그램을 비밀리에 진행해왔다는 사실을 설명한다. 컴퓨터는 연구소의 SRX 환경이 SR388 생태계의 복제본으로, 알파, 감마, 제타, 심지어 오메가 메트로이드를 기르기에 이상적이었다고 밝힌다. 연구는 유아가 단 며칠 만에 오메가 메트로이드로 성장할 수 있는 기술을 발견했다. 불행히도, SA-X는 사무스를 추적하고 연구실의 위치를 따라왔다. 사무스는 놀랍게도 컴퓨터가 SA-X가 무성 생식하고 있으며, 연구소에 10개 이상의 SA-X가 있다는 사실을 언급하는 것을 듣게 된다.
이후, 컴퓨터는 사무스에게 그녀가 충분한 피해를 입혔다고 말하며 나머지 조사는 연방에 맡기라고 지시한다. 연방은 엑스와 SA-X에 관심을 가지게 되었고, 이 생명체가 무한한 응용 가능성을 가지고 있다고 믿고 있다. 사무스는 SA-X의 파괴 능력을 직접 목격한 후, 이에 강력히 반대한다. 그녀는 엑스가 연방 군대가 착륙하자마자 그들을 압도하고 그들의 힘과 지식을 흡수할 것이라고 확신한다. 만약 그렇게 된다면, 그들은 쉽게 은하 전역으로 퍼져나가 "은하 문명이 끝날 것"이라고 경고한다.
대안으로, 사무스는 X를 파괴하기 위해 기지의 자폭 메커니즘을 활성화하기로 결심하며 자신의 목숨을 위험에 빠뜨린다. 그러나 그녀의 우주선 컴퓨터는 연합의 명령에 따라 사무스를 격리된 내비게이션 룸에 가두어 놓았다. 절망한 사무스는 컴퓨터에게 소리친다. "그들이 이러는 걸 두고 보지 마! 아담, 무슨 일이 일어날지 못 보겠어?" 이름을 언급하자 컴퓨터는 이 아담이 누구인지 묻는다. 사무스는 그가 자신의 이전 지휘관이었고, 자신의 목숨을 구하기 위해 죽었다고 밝힌다. 사무스의 고백에 감동한 듯한 컴퓨터는 계획에 동의하며, 사무스가 기지의 궤도를 변경하면 행성을 폭발에 포함시킬 수 있을 것이라고 제안한다. 그렇게 되면 SR388 행성의 X와 기지의 X를 모두 파괴할 수 있을 것이다. 이때 사무스는 자신의 우주선 컴퓨터가 사실 아담 말코비치라는 것을 깨닫는다. 그의 성격은 죽기 전에 컴퓨터에 업로드되었기 때문이다.
사무스는 작전실로 서둘러 가지만, 그곳에서 SA-X와 마주친다. 그녀는 그것을 물리치지만, 코어-X는 그녀가 흡수하기 전에 도망친다. 도망친 것을 무시하고 사무스는 자폭 시퀀스를 시작하고 자신의 우주선으로 돌아간다. 그러나 그녀는 도킹 베이가 파괴되어 있고 우주선이 사라진 것을 발견한다. 상황에 반응하기도 전에 오메가 메트로이드가 나타나는데, 이는 제한 구역 실험실에서 탈출한 후 기록적인 속도로 성장한 것이다. 사무스는 메트로이드를 손상시킬 수 있는 무기가 없고, 메트로이드의 발톱 한 번에 에너지가 단 한 유닛으로 줄어든다. 오메가 메트로이드가 그녀를 끝내려 할 때, SA-X가 돌아와 아이스 빔으로 메트로이드를 공격해 부상을 입힌다. 그러나 SA-X는 사무스와의 싸움으로 크게 약해져 있었고, 메트로이드에게 빠르게 패배한다. 이번에는 코어-X가 사무스 위에 떠올라 그녀가 그것을 흡수하고 "이름 없는 슈트"와 아이스 빔을 얻으며 유전적 상태를 백신 이전 상태로 복원하게 된다. 회복된 능력을 사용하여 사무스는 치열한 싸움 끝에 오메가 메트로이드를 처치한다. 전투 후, 사무스의 우주선이 컴퓨터 아담에 의해 조종되어 도킹 베이에 재진입하며, 그녀가 이전 미션에서 구한 에테쿤과 다코라가 함께한다.
사무스가 기지를 떠날 때, 기지가 SR388에 충돌하는 장면이 보여지며, 기지와 행성이 모두 파괴되어 우주에서 X를 영원히 없애버린다.
자신의 행동을 되돌아보며, 사무스는 사람들이 왜 X를 파괴했는지 이해하지 못할 것이라고 의심한다. 그들은 간신히 피한 위험을 깨닫지 못할 것이다. 사무스는 연합에 반항한 것에 대해 책임을 지게 될 것이라고 믿지만, 아담은 그녀를 위로하며 말한다. "걱정하지 마. 그들 중 한 명은 이해할 거야. 반드시 한 명은." 마지막으로 사무스는 이렇게 말한다. "우리는 모두 우리의 경험에 얽매여 있어. 그것이 우리의 의식의 한계야. 하지만 결국 인간의 영혼은 진리를 향해 나아갈 거야... 이것이 아담이 나에게 가르쳐준 것이야."
The game begins with Samus Aran acting as a bodyguard for the Biologic's research team on planet SR388. Eventually, a Hornoad confronts them and is killed by Samus. However, a globular yellow organism (an X) emerges from the Hornoad as it is destroyed and enters Samus's body.
Feeling no initial effects, Samus continues escorting the researchers and completes the assignment. On the way back to the laboratory, however, Samus loses consciousness, and her gunship crashes into an asteroid belt. The ship's emergency systems automatically ejected Samus' escape pod, saving her from the crash, but her gunship is completely destroyed. Samus is quickly attended to by a medical crew, who discover that the creature that entered her body on SR388 was actually a parasitic organism that they soon named X.
Samus Infected 2
Samus, infected by the X Parasites.
The organic components of Samus's Power Suit had become so integrated with her system that it could not be removed while she was unconscious. Large portions of her infected suit had to be surgically removed, dramatically altering its appearance. However, the X in Samus's central nervous system were too embedded to be removed safely; Samus's chances of survival were lower than one percent.
Metroids are the only known predator of the X; however, since Samus destroyed all the Metroids on SR388 in a previous mission, the X were able to multiply unchecked. Seeing this as the key to curing her, doctors proposed using a Metroid cell from Samus' dead Baby Metroid to make an anti-X vaccine. Apparently, the Federation had managed to preserve a cell culture from the Baby that saved Samus while she was on Zebes a second time. The serum was prepared and injected without delay, completely eradicating the X. There were, however, two side effects: Samus could no longer be hurt by normal X and could even absorb them to replenish health and ammunition, but she also inherited the Metroids' vulnerability to cold.
Upon recovering, Samus is sent to investigate an explosion on the Biologic Space Laboratories research station, where the specimens from SR388 and the infected pieces of her Power Suit are being held. Once she arrives at the station, Samus immediately heads to the Quarantine Bay, where she encounters and kills a Hornoad that has been infected by an X parasite. Samus speaks with her new gunship's computer (whom she has named "Adam", as it reminds her of a former CO) and learns that the specimens brought back by the field team have become infected by the X. The computer also reveals that the X can use the DNA of its prey to create a perfect copy, meaning any organic life on the station may also be infected.
SA-X 1
The SA-X.
As she continues to explore the station, Samus discovers that the X have used the infected portions of her Power Suit to create a copy of Samus herself, dubbed the SA-X (or Samus Aran-X). Since the SA-X arose from Samus's fully-upgraded Power Suit, it has all of her powered-up abilities, as evidenced by it using a Power Bomb to escape the Quarantine Bay. By exploding the bomb, the SA-X also destroyed the capsules holding the X specimens, releasing them all into the station. Well into her investigation of the station, Samus stumbles upon the facility's Restricted Lab. Here, she finds dozens of infant Metroids and several more Metroids in various stages of maturity, all in stasis; these were the results of a cloning project of which Samus was not previously aware. Shortly after Samus discovers them, the SA-X attempts to destroy its predators, but its plan backfires: the Metroids break free and the emergency fail-safes are activated as a result. Samus barely escapes before the lab locks down completely and is jettisoned from the station, exploding over SR388.
After the incident at the Restricted Lab, Samus speaks with her ship's computer, who is angry about the discovery and subsequent destruction of the Metroids. The computer explains that the Federation had been secretly working on a Metroid breeding program, for "peaceful applications". The computer reveals that the station's SRX environment, a replica of the SR388 ecosystem, was ideal for raising Alpha, Gamma, Zeta, and even Omega Metroids. The research uncovered techniques for rapid growth, allowing an infant grow into an Omega Metroid in mere days. Unfortunately, the SA-X had been tracking Samus down and followed her to the lab's location. Much to Samus's surprise, the computer also mentions that the SA-X has been reproducing asexually and there are no fewer than 10 aboard the station.
Later, the computer tells Samus that she has caused enough damage and instructs her to leave the rest of the investigation to the Federation. Apparently, the Federation has taken an interest in the X and SA-X and believe that this life-form has endless applications. Samus, having seen the SA-X's destructive capabilities firsthand, is strongly against this. She is convinced that the X will overwhelm the Federation troops as soon as they land, absorbing their powers and knowledge in the process. If this happens, they could easily spread throughout the galaxy and "galactic civilization will end."
As an alternative, Samus decides to activate the station's self-destruct mechanism in order to destroy the X, risking her own life in the process. However, her ship's computer has locked Samus in a Navigation Room, as the Federation has ordered it to keep her confined until their arrival. Desperate, Samus yells at the computer: "Don't let them do this. Can't you see what will happen, Adam?" Puzzled at the use of the name, the computer inquires as to who this Adam was. Samus reveals that he had been her previous commanding officer and had died saving her life. Apparently moved by Samus's revelation, the computer agrees with the plan, and suggests that if Samus were to alter the station's orbit, then she might be able to include the planet in the explosion, thus ensuring the destruction of the X on planet SR388 as well as those on the station. At this point, Samus realizes that her ship's computer truly is Adam Malkovich, whose personality had been uploaded to a computer prior to his death.
Samus hurries to the Operations Room, where she is confronted by an SA-X. She manages to defeat it, but its Core-X escapes before she can absorb it. Ignoring its escape, Samus initiates the self-destruct sequence and hurries back to her ship. However, she finds the docking bay in ruins and her ship gone. Before she can react to the situation, an Omega Metroid appears, apparently having escaped from the Restricted Lab before its destruction and grown to full size in record time. Samus possesses no weapon capable of damaging the Metroid, and a single swipe of its claw reduces her energy reserves to one unit. As the Omega Metroid prepares to finish her off, the SA-X returns, and attacks the Metroid with its Ice Beam, injuring it. However, it was greatly weakened from its fight with Samus and is quickly defeated by the Metroid. This time, the Core-X hovers over Samus, allowing her to absorb it and obtain the "Unnamed Suit" as well as the Ice Beam and restoring her genetic condition to its pre-vaccine state. Using her regained abilities, Samus fights and kills the Omega Metroid after a fierce struggle. After the battle, Samus's ship reenters the bay, having been piloted by the computer, Adam, and the same Etecoons and Dachoras she saved on the previous mission to Zebes and later on the Habitation Deck.
As Samus leaves the station, it is shown crashing into SR388, destroying both the station and the planet, ridding the universe of the X forever.
Reflecting on her actions, Samus doubts people will understand why she destroyed the X, nor will they realize the danger that was barely averted. Samus believes she will be held responsible for defying the Federation, but Adam comforts her, telling her: "Do not worry. One of them will understand. One of them must." A final reflection, Samus goes on to say: "we are all bound by our experiences. They are the limits of our consciousness. But in the end, the human soul will ever reach for the truth... This is what Adam taught me."
