게임은 첫 번째 게임의 사건이 있은 후 11일 후에 진행됩니다. 이 기간 동안 왕자는 악당 자파르를 물리친 영웅으로 칭송받습니다. 그는 모든 부를 거부하고 대신 공주와의 결혼을 보상으로 요청하며, 페르시아의 술탄은 마지못해 이를 수락합니다. 게임은 왕자가 궁전의 왕실 법정에 들어가면서 시작됩니다. 그가 들어가기 전에 그의 모습은 거지로 변합니다. 아무도 그를 알아보지 못하고, 공주와 대화하려 할 때, 그의 외모와 닮은 남자(마법으로 변장한 자파르)가 그림자에서 나타나 그를 쫓아내라고 명령합니다. 경비원들이 그를 쫓아오자 왕자는 창문을 통해 뛰어내리고 배를 타고 도시를 탈출합니다.
배에서 잠이 든 왕자는 신비로운 여성이 자신에게 오라고 요청하는 꿈을 꿉니다. 이때, 배는 자파르가 내린 번개에 맞습니다. 왕자가 의식을 되찾았을 때, 그는 외국 섬의 해변에 놓여 있습니다. 그는 그를 공격하는 되살아난 인간 해골들로 가득한 동굴에 도착합니다. 그는 마법의 양탄자를 타고 겨우 탈출합니다. 한편, 페르시아에서는 자파르가 왕자의 모습으로 왕좌를 차지합니다. 공주는 자파르의 서서히 죽음에 이르는 마법에 걸려 병이 듭니다.
마법의 양탄자는 왕자를 비명 지르는 유령, 뱀, 함정으로 가득한 오래된 도시의 폐허로 데려갑니다. 한때 왕좌의 방이었던 곳에 도착한 왕자는 의식을 잃고, 그의 어머니로 밝혀진 신비로운 여성이 다시 나타납니다. 그녀는 왕자가 왕족의 혈통을 가지고 있으며 "어둠의 군대"에 의해 학살된 유일한 생존자라고 설명합니다. 그녀는 그에게 fallen을 복수해 달라고 간청합니다.
왕자는 마법의 말을 타고 전사 승려들이 새 머리 장식을 쓴 붉은 사원으로 갑니다. 그곳에서 그는 원래 게임의 사건에서 만들어진 그림자가 이제 그의 의지대로 몸을 떠날 수 있음을 발견합니다. 그는 그림자를 사용하여 사원의 마법의 불꽃을 얻고, 그 시점에서 새 전사들은 그 앞에 무릎을 꿇습니다. 그는 마법의 말을 타고 페르시아로 돌아와 자파르와 대면합니다. 그림자와 불꽃으로 왕자는 자파르를 태워 죽입니다.
자파르의 마법이 풀리자 공주가 깨어납니다. 왕자는 전 술사의 재를 흩뿌리라고 명령합니다. 게임은 한 노파가 수정 구슬을 통해 행복한 커플을 지켜보는 장면으로 클리프행어로 끝납니다. 조던 메크너에 따르면, 노파와 "어둠의 군대"의 이야기는 후속편에서 해결될 예정이었으나, 그 후속편은 나오지 않았습니다.
The game takes place eleven days after the events of the first game. During this period, the Prince was hailed as a hero who defeated the evil Jaffar. He turns down all riches and instead asks for the Princess's hand in marriage as his reward, to which the Sultan of Persia reluctantly agrees. The game begins as the Prince enters the royal courts of the palace. Before he enters, his appearance changes into that of a beggar. Nobody recognizes him, and when he attempts to speak with the Princess, a man who shares his appearance (Jaffar, who is magically disguised) emerges from the shadows, ordering him to be thrown out. With guards pursuing him, the Prince jumps through a window and flees the city by way of a ship.
Falling asleep on the ship, the Prince dreams of a mysterious woman who asks the Prince to come to her. At this time, the ship is struck by lightning, cast by Jaffar. When the Prince regains consciousness, he finds himself on the shore of a foreign island. He comes to a cave full of reanimated human skeletons that fight him. He finally escapes on a magic carpet. In the meantime, in Persia, Jaffar seizes the throne in the guise of the prince. The Princess falls ill under Jaffar's spell of gradual death.
The magic carpet takes the Prince to the ruins of an old city filled with screaming ghosts, snakes and traps. Arriving at what appears to have once been a throne room, the Prince loses consciousness and the mysterious woman, revealed to be his mother, appears again. She explains that the Prince is of a royal lineage and the only survivor of the massacre by "armies of darkness". She implores him to avenge the fallen.
The Prince rides a magical horse to a red temple, inhabited by warrior monks wearing bird headdresses. There, he finds that the shadow, created in the events of the original game, can now leave his body at his will. He wields his shadow to obtain the magic flame of the temple, at which point the bird warriors kneel before him. He flies back to Persia on the magic horse and confronts Jaffar. With the shadow and the flame, the Prince burns Jaffar, killing him for good.
With Jaffar's spell broken, the Princess awakens. The Prince orders the former Vizier's ashes to be scattered. The game ends on a cliffhanger when an old witch is shown watching the happy couple through a crystal ball. According to Jordan Mechner the plot of the old witch and the "armies of darkness" were set to be resolved in a sequel, which never came.