*경고: 스포일러*
인간과 짐승의 땅인 베인퀘르 대륙에서, 동쪽의 신성한 국가 알리스텔은 서쪽의 거대한 나라 그라노르와 전쟁 중이다. 그라노르는 여왕 프로테아의 가혹한 통치 아래 있다. 알리스텔의 땅은 서서히 사막으로 변해가고 있으며, "모래 전염병"이라 불리는 이상한 질병이 사람들을 모래로 변하게 하고 있다. 알리스텔의 통치자, 예언자 노아는 이 전 세계적인 질병이 프로테아의 악한 정부 때문이라고 주장한다. 따라서 알리스텔의 사람들은 그라노르에 맞서 신성한 전쟁을 벌이고 있다고 믿고 있다.
어느 날, 스톡과 그의 부하들인 알리스텔 정보국의 요원들은 그라노르 정부에 의해 포로로 잡힌 비밀 요원을 구출하기 위해 그라노르 영토로 파견된다. 요원을 구출한 후, 그들은 그라노르 군대에 둘러싸이고, 스톡은 심각한 부상을 입는다. 그는 시간과 공간이 왜곡된 세계인 히스토리아에서 깨어난다. 그곳에서 두 명의 신비로운 아이, 테오와 립티가 그에게 고용주 하이스가 준 책인 백년록의 힘을 사용해 시간과 공간을 여행할 수 있는 능력을 부여한다. 이 새로운 힘을 사용해 패배를 피하기 위해 시간 여행을 한 후, 스톡은 선택의 기로에 놓인다: 하이스의 정보 부서에서 계속 일할 것인지, 아니면 친구 로쉬의 군대 부대에 합류할 것인지. 각 선택은 타임라인을 생성하고, 각 타임라인은 서로 연결된 별개의 이야기를 가진다. 스톡은 종종 재난이나 매복을 피하거나 적이나 친구를 이용하기 위해 필요한 기술과 정보를 얻기 위해 타임라인을 오가야 한다.
하이스의 지휘 아래, 스톡은 그라노르에서 에루카 공주를 암살하라는 임무를 받는다. 그는 여행하는 연예인 그룹의 일원인 척하며 도시로 들어가는데, 그들 중 대부분은 대륙의 원주율인 사티로스다. 그들 중에는 아흐트라는 아홉 살의 샤먼이 있는데, 그녀는 좋든 나쁘든 스톡을 우상화하며 그를 보호하기 위해 자신의 능력을 사용하기 시작한다. 그라노르에 도착한 스톡은 공주가 그가 올 것이라는 것을 알고 있었고, 다른 누구에게도 알리지 않았다는 사실을 알게 된다. 스톡은 에루카가 계모의 통치에 맞서 저항의 사실상 지도자라는 것을 배우고, 그녀는 알리스텔의 그라노르 전쟁에 적보다 더 큰 자산이 된다. 에루카는 또한 그녀가 제국 통치자의 유일한 생존 후손이며, 따라서 사막화를 방지하는 의식을 수행할 수 있는 유일한 사람이라고 밝힌다. 그러나 프로테아가 그녀가 의식을 수행하는 것을 허락하지 않기 때문에, 프로테아가 권력에서 제거되지 않으면 세계는 10년 이내에 모래로 변할 수 있다.
스톡은 암살을 실행하지 않기로 결심하고 그녀의 지지를 확보한다. 이상하게도, 그는 에루카의 고인이 된 형 에른스트와 비슷한 외모 덕분에 이 일에서도 도움을 받는다. 에른스트는 그녀의 아버지에 의해 반역죄로 처형당했다. 그의 최선의 의도에도 불구하고, 임무를 완수하지 못한 그의 실패는 그를 알리스텔에서 배신자로 낙인찍게 하고, 휴고 장군은 그의 처형을 명령한다.
다른 타임라인에서, 스톡은 로쉬의 부대에 배정되어 알리스텔의 광산을 적의 파괴로부터 보호하고, 그라노르와 알리스텔의 두 산악 지역을 연결하는 유일한 경로인 동굴을 보호하는 임무를 맡는다. 그곳은 자주 거래되는 모래 요새가 보호하는 좁은 계곡 외에는 다른 경로가 없다. 광산을 성공적으로 방어한 후, 스톡과 로쉬는 휴고 장군에게 승진을 받지만, 그는 또한 그들을 신병들로 구성된 소대와 함께 모래 요새로 배치한다. 알리스텔의 부사령관인 라울 중장은 이것이 미래의 정치적 반대자를 도시에서 제거하기 위한 것이라고 생각하는데, 필드 마샬 비올라도 휴고의 의지에 반해 인기를 얻고 있었기 때문이다. 두 번의 전투에서 그라노르 군대를 물리친 후, 로쉬의 전체 여단이 전사한다. 스톡은 그라노르 사람들이 알리스텔 내부에서 유출된 정보를 받고 있었다는 증거가 담긴 종이를 발견한다.
스톡은 중상을 입은 로쉬를 데리고 알리스텔로 돌아가고, 라울 중장의 조언을 받아 휴고의 사무실에 몰래 들어가 그라노르와의 거래 증거를 찾는다. 그는 진실을 보여주는 코드화된 메모를 발견하고, 즉시 라울, 로쉬, 로쉬의 의사 손자와 함께 알리스텔을 탈출한다. 그들은 셀레스티아에 도착하고, 휴고가 프로테아를 제거하고 그라노르를 합병한 후 대륙 전체를 정복하기 위한 비밀 계약을 맺었다는 사실을 알게 된다. 스톡은 로쉬에게 셀레스티아 군대의 지휘관이 되도록 설득하고, 셀레스티아는 그라노르와 알리스텔에 대한 전쟁을 준비한다.
스톡이 하이스를 떠나지 않기로 한 역사에서는, 스톡은 사막 국가 시그너스에서 망명을 찾고, 강력한 가랜드 왕에게 그라노르에 대한 전쟁을 준비하도록 설득한다. 에루카는 그를 구트랄 부족과 만나게 하는데, 그들은 신성한 "짐승의 표식"을 지닌 인간과만 만난다. 스톡은 표식을 얻고, 구트랄을 모집하여 그라노르와 싸운다. 그들은 프로테아를 축출하고, 휴고의 명령으로 설계된 무기를 중화할 수 있는 그라노르의 보물 "에테리온"을 얻는다.
스톡은 다른 타임라인으로 돌아가 짐승의 표식을 사용해 구트랄을 모집하고, 에테리온과 함께 합병된 그라노르에 진입한다. 그는 디아스 기사단을 물리치고, 알리스텔에 충성하기로 선택한 비올라를 마지못해 처치한 후, 스톡은 휴고가 노아가 죽었다는 사실을 알리스텔 시민들에 의해 강제로 고백하게 되었다는 것을 발견한다. 스톡은 휴고를 쫓아 알리스텔로 가서 그를 처치한다.
"진정한 역사"의 마지막 장에서, 두 개의 시간선이 결합하여 생성된 Heiss는 사막화 방지를 위한 의식이 진행되는 Granorg의 왕실 홀을 침략합니다. Stocke는 그와 대면하고, Heiss는 의식의 희생자가 자신의 가족에 의해 살해된 왕족들이며, 그들의 형제의 영혼 일부를 주어 다시 살아났다고 설명합니다. 의식 중에 희생자는 다시 죽고, 영혼의 절반은 원래의 몸으로 돌아가 대륙의 마나를 안정시켜 사막화를 늦추는 과정이 이루어집니다. Heiss는 Stocke가 Eruca의 고인이 된 형 Ernst로, 반역죄로 아버지인 빅터 왕에게 처형당하고, 의식에 사용하기 위해 Eruca에게 영혼의 일부를 받았으며, 빅터의 형이자 희생자로 예정된 Heiss에게 붙잡혀 기억이 수정되어 Stocke의 삶을 살게 되었다고 설명합니다.
Heiss는 희생자로서 본 왕족의 고통이 구할 가치가 없는 세상을 보호하려는 그들의 시도로 인해 발생한다고 믿습니다. 그는 Stocke를 자신의 편으로 끌어들이려 하지만, Eruca는 희생자가 없는 유일한 왕족으로 남겨두고 Stocke는 거부합니다. Heiss는 사막화를 가속화하여 세상을 완전히 파괴할 만큼의 영혼을 흡수하려고 시도하지만 실패하고, 블랙 크로니클을 사용하여 파티를 히스토리아로 데려갑니다. 히스토리아는 희생자들을 깨우치기 위한 의도로 만들어진 크로니클과 함께 생성되어 의식이 더 효과적으로 이루어지게 됩니다. 그는 과거의 모든 희생자의 고통을 소비하고, Stocke와 그의 동맹들에 의해 파괴되는 괴물 아포크리파가 됩니다.
플레이어가 충분한 사이드 퀘스트를 수행하지 않았다면, 게임은 Eruca가 사막화를 막기 위해 Stocke를 희생시키는 것으로 끝납니다. 그러나 더 나은 엔딩을 잠금 해제할 수 있는 가능성이 있으며, 이 엔딩에서는 주요 캐릭터들이 계속해서 삶을 이어가는 모습을 볼 수 있습니다. 특히, Raynie는 Stocke가 돌아오기를 기다리겠다고 약속하고, Viola는 부상을 극복하고 전선에서 앓고 있던 병이 치유되며, Rosch와 Sonja는 결혼하고 Rosch의 여단에서 모두 죽은 줄 알았던 병사들을 만납니다. 한 병사는 Stocke로 암시되는 남자가 그들을 구했다고 설명합니다. 이 이상적인 엔딩에서 Heiss와 Stocke는 히스토리아에서 기다리며, Heiss는 Stocke 대신 강제로 자신을 희생하여, 사이드 퀘스트로 영향을 받은 캐릭터들의 삶에 Stocke가 미친 차이를 보고 세상을 구할 가치가 있음을 깨닫습니다. 그 후 Stocke는 현실 세계로 돌아갑니다.
*Warning: Spoilers*
On the continent of Vainqueur, a land of man and beasts, the holy nation of the East, Alistel is in a state of war with Granorg, a massive country to the West that is ruled harshly by Queen Protea. Alistel's land is slowly turning to desert while a strange disease, known as the "Sand Plague", is turning its people into sand. The ruler of Alistel, the Prophet Noah, insists this worldwide disease is the result of Protea's evil government. The people of Alistel thus believe they are fighting a holy war against Granorg.
One day, Stocke and his subordinates, agents with the intelligence agency of Alistel, are sent into Granorg territory to rescue a secret agent who was captured by the government of Granorg. After saving the agent, the group find themselves surrounded by the Granorg army, and Stocke is severely wounded. He awakens in Historia, a world where time and space are warped. There, two mysterious children, Teo and Lippti, give him the ability to travel through time and space using the power of a book his employer Heiss gave him, the White Chronicle. After using this new power to travel through time to avoid defeat, Stocke is given a choice: continue working under Heiss in the intelligence division, or join his friend Rosch's unit within the military. Each choice creates a timeline and each timeline has its own separate story, which nonetheless relates to the other one. Stocke is often forced to move between timelines to acquire skills and information he would not otherwise have access to, in order to avoid disasters, ambushes or simply to position himself properly to take advantage of his enemies or friends.
Under Heiss, Stocke is sent to Granorg to assassinate Princess Eruca. He only manages to enter the city by pretending to be part of a group of traveling entertainers, most of whom are Satyros, one of the native beastmen races of the continent. Among them are Aht, a nine-year-old shaman who, for better or worse, begins idolizing Stocke and using her abilities to protect him. Once he arrives in Granorg, he discovers that the princess knew he would be coming, and moreover, had not informed anyone else. Stocke learns that Eruca is the de facto leader of the resistance against her stepmother's reign, and is therefore more an asset to Alistel's war on Granorg than an enemy. Eruca also reveals that she is the only living descendant of the empire's rulers, and thus the only person who can perform the ritual to prevent desertification. However, as Queen Protea refuses to allow her to perform the ritual, the world could turn to sand in less than a decade unless Protea is removed from power.
Stocke refrains from carrying out the assassination, thus securing her support. Oddly enough, he is also aided in this regard by his appearance, which is similar to Eruca's late older brother, Ernst, who was executed by her father for treason. Despite his best intentions, his failure to complete his mission brands him a traitor in Alistel, and General Hugo orders his execution.
In the other timeline, Stocke is assigned to Rosch's unit and deployed to protect Alistel's mines from enemy sabotage, as well as protect a cavern which is the only route connecting the two mountainous territories of Granorg and Alistel, other than a slim valley protected by the oft-traded Sand Fortress. After successfully defending the mines, Stocke and Rosch are rewarded by General Hugo with promotions, but he also assigns them to the Sand Fortress with a platoon of new recruits. Alistel's second-in-command, Lt. General Raul, assumes this is to remove any possible future political opponents from the city, as Field Marshal Viola, who also was gaining popularity against Hugo's will, was also assigned there. After defeating the Granorg army in two battles, Rosch's entire brigade is killed. Stocke then discovers a piece of paper proving that the Granorgites were being leaked information from within Alistel.
Stocke returns with the critically wounded Rosch to Alistel, and, taking the advice of Lt. General Raul, sneaks into Hugo's office to search for evidence of deals with Granorg. He finds a coded note that he believes to show the truth, and promptly flees Alistel with Raul, Rosch, and Rosch's doctor, Sonja. They arrive in Celestia and learn that Hugo had a secret pact with Protea's advisors, Dias and Selvan, to eliminate Protea from the throne, annex Granorg, and then conquer the entire continent. Stocke convinces Rosch to become the commander of Celestia's army, and Celestia prepares for war against Granorg and Alistel.
In the history created by Stocke refusing to leave Heiss, Stocke finds asylum in the desert nation of Cygnus, and convinces King Garland the Mighty to prepare for war against Granorg. Eruca then takes him to meet the Gutral tribe, who only meet with humans if they bear the sacred "Beast Mark". Stocke acquires the Mark, and recruits the Gutrals to fight against Granorg. They depose Protea, in doing so obtaining the "Etherion", a Granorg treasure that can neutralize a weapon designed under the orders of Hugo that turns its victims to sand.
Stocke returns to the other timeline, recruits the Gutrals using his Beast Mark, and enters the annexed Granorg with the Etherion. After defeating the Dias Knights and reluctantly killing Viola, who chose to remain loyal to Alistel because she believed that the death of her, the Valkyrie, would convince its troops to give up their fight, Stocke discovers that Hugo has been forced into confession by Alistel citizens that Noah was dead the whole time. Stocke pursues Hugo to Alistel and slays him.
In the final chapter of the "True History", created by both timelines combining, Heiss invades Granorg's Royal Hall, where the ritual to stop desertification is performed. Stocke confronts him, and Heiss explains that the sacrificial victims of the ritual are royals who were killed by their own family, and brought back to life by giving them part of their sibling's soul. During the ritual, the Sacrifice dies again, and the half of a soul returns to its original body, stabilizing the Mana of the continent, and thus slowing desertification, in the process. Stocke is, Heiss explains, Eruca's late brother Ernst, who was executed by his father King Victor for treason, given a part of a soul by Eruca for use in the ritual, and then captured by Heiss, who was Victor's brother and an intended Sacrifice himself, and had his memories modified so he'd live the life of Stocke.
Heiss believes that the suffering of the royal family, which he has seen as a Sacrifice, and thus a wielder of the Black Chronicle, is caused by their attempts to protect a world that is not worth saving. He plans to recruit Stocke to his side, leaving Eruca as the only living member of the royal family without any Sacrifices to use, but Stocke refuses. Heiss then attempts to absorb enough souls to hasten desertification enough to destroy the world altogether, so Sacrifices will no longer be necessary. He fails, and uses the Black Chronicle to take the party to Historia, which, along with the Chronicles, was created with the intention of enlightening Sacrifices, resulting in the ritual being more effective. He then consumes the suffering of all past Sacrifices, and becomes the monster Apocrypha, which is destroyed by Stocke and his allies.
If the player has not done sufficient sidequests, the game ends with Stocke being sacrificed by Eruca to prevent the desertification. However, it is possible to unlock a better ending, in which the player can see the major characters continuing to live out their lives; most notably, Raynie promises to wait for Stocke to return, Viola survives her wounds and is cured of an illness she became afflicted with on the front lines, and Rosch and Sonja are married, and encounter the soldiers in Rosch's brigade, whom they thought all dead. One of the soldiers explains a man who is implied to be Stocke rescued them. Heiss and Stocke wait in Historia during this ideal ending, and Heiss forcibly sacrifices himself instead of Stocke, seeing the difference Stocke made to the lives of the characters affected by the aforementioned sidequests, and realizing the world is worth saving. Stocke then returns to the real world.
-Source: Wikipedia