그림자의 거인 이야기의 시작은 원더가 금지된 땅에 들어서면서 시작된다. 그는 그의 말 아그로를 타고 입구에 있는 긴 다리를 건너 여행한다. 게임 후반부에 에몬 경이 말하길, 원더는 금지된 땅에 들어가기 전에 고대의 검을 훔쳤는데, 이 검만이 금지된 땅의 거인들을 처치할 수 있는 유일한 무기라고 한다. 원더는 이 지역의 중심에 있는 거대한 숭배의 신전으로 이끌리며, 그곳에는 모노라는 이름의 처녀의 시신을 지니고 있다. 잠시 후, 인간 형태를 가진 여러 그림자 같은 생물들이 나타나 원더를 공격할 준비를 하지만, 그는 소유하고 있는 고대의 검을 휘둘러 쉽게 그들을 물리친다. 이 검은 강한 빛의 광선을 발산한다. 그림자 생물들을 처치한 후, "도르민"이라는 이름의 비물질적 존재의 목소리가 위에서 울려 퍼지며 원더가 그 무기를 소유하고 있다는 사실에 놀라움을 표한다. 원더는 도르민에게 모노의 영혼을 그녀의 몸으로 되돌려줄 것을 요청하지만, 도르민은 그것이 가능할 수도 있지만, 신전의 홀을 따라 늘어선 16개의 우상을 파괴해야만 가능하다고 말한다. 이 작업은 고대의 검을 사용하여 땅에 흩어져 있는 16개의 거인을 처치함으로써만 이루어질 수 있다고 설명한다. 각 거인 안에는 도르민의 본질의 일부가 포함되어 있지만, 이는 게임 후반부까지 밝혀지지 않는다.
모노를 되살리기 위해 큰 대가를 치러야 할 수도 있다는 도르민의 경고에도 불구하고, 원더는 거인을 찾고 파괴하기 위해 땅을 탐험하기 시작한다. 여덟 번째 거인을 처치한 후, 원더의 몸이 악화되는 모습이 뚜렷하게 드러난다. 그의 피부는 창백해지고, 머리카락은 어두워지며, 얼굴에는 어두운 줄무늬가 생긴다. 열두 번째 거인이 죽은 후, 원더가 에몬이 이끄는 전사들에 의해 추적당하고 있다는 사실이 플레이어에게 드러난다.
도르민의 재촉에 따라 원더는 곧 열여섯 번째이자 마지막 거인을 처치하기 위해 떠난다. 이 대결로 가는 길에 그는 긴 다리를 말을 타고 건너는데, 다리의 중간에 이르렀을 때 다리가 무너지기 시작한다. 아그로가 마지막 틈을 뛰어넘을 때, 착지한 부분이 기초에서 분리되기 시작하여 아그로가 발을 헛디딜 뻔한다. 임박한 낙하를 감지한 아그로는 원더를 안전한 쪽으로 던져주기 위해 앞으로 튕겨내며 희생하고, 다리가 마침내 무너지면서 수백 피 아래의 강으로 떨어진다. 원더는 마지막 거인을 처치하고, 에몬의 일행이 신전에서 마지막 신전 우상이 무너질 때 도착한다. 원더는 곧이어 나타나 그의 눈과 피부는 이제 완전히 창백해지고, 머리에서 두 개의 작은 뿔이 튀어나온다. 에몬 경은 원더가 "죽은 자에게 사로잡혔다"고 선언하며 그의 전사들에게 그를 죽이라고 명령한다. 원더가 모노에게 다가가려 애쓰는 동안, 한 전사가 크로스보우로 원더의 다리를 쏘고, 다른 전사는 그의 심장을 칼로 찌른다. 검에서 검은 피가 뿜어져 나오고 원더의 몸은 어둠에 휩싸이며 바닥에 쓰러진다. 이는 거인들이 겪었던 죽음과 동일하다.
그 후, 도르민의 영혼이 원더의 몸을 사로잡아 그림자 같은 거인으로 변모시킨다. 이제 남성의 목소리로 말하는 도르민은 자신이 16개의 조각, 즉 거인으로 나뉘어져 그 힘을 봉인했으며, 각 거인을 처치한 원더가 물리적 형태를 흡수함으로써 이제 다시 완전해졌다고 설명한다. 그의 부하들이 도망치는 동안, 에몬은 고대의 검을 신전 홀 뒤쪽의 작은 웅덩이에 던져 넣고, 도르민과 원더를 삼키는 빛의 소용돌이를 만들어낸다. 에몬과 그의 부하들은 신전과 연결된 다리가 무너지는 것을 뒤로하고 금지된 땅을 탈출한다. 그들이 금지된 땅의 입구에 안전하게 도착하자, 에몬은 원더가 살아남았다면 언젠가 그의 죄를 속죄할 수 있기를 바란다고 말한다.
신전에서 모노가 깨어난다. 도르민이 원더와의 약속에 따라 그녀를 회복시킨 것이다. 아그로는 다리가 다쳐 절뚝거리며 신전으로 들어온다. 모노는 아그로를 따라 에몬의 마법에 의해 원더와 도르민이 끌려간 웅덩이로 가서, 머리에 작은 뿔이 있는 남자 아기를 발견한다. 그녀는 그 아이를 데리고 아그로를 따라 숭배의 신전의 높은 곳으로 올라가며, 게임이 끝날 때 신전 안의 비밀 정원에 도착한다.
The story of Shadow of the Colossus begins as Wander enters the forbidden land, traveling across the long bridge at its entrance on his horse, Agro. According to Lord Emon later in the game, prior to entering the forbidden land Wander had stolen an ancient sword, which is the only weapon capable of slaying the colossi of the forbidden land. Led to the massive Shrine of Worship at the center of the region, Wander carries with him the body of a maiden named Mono. A moment later, several shadow-like creatures with humanoid forms appear and prepare to attack Wander, but he easily dismisses them with a wave of the ancient sword in his possession, which emits strong beams of light. After vanquishing the shadow creatures, the voice of the disembodied entity known as "Dormin" echoes from above, expressing surprise that Wander possesses the weapon. Wander requests that Dormin return Mono's soul to her body, which it states may be possible, but only if the sixteen idols lining the temple's hall are destroyed. It explains that this task can only be accomplished by using the ancient sword to kill sixteen colossi located throughout the land. Each contains a portion of Dormin's own essence, though this is not revealed until late in the game.
Despite a warning from Dormin that he may have to pay a great price to revive Mono, Wander sets out to search the land for the colossi and destroy them. In a sequence after the eighth's slaying, a deterioration of Wander's body is shown clearly—his skin becoming paler, his hair darker, and dark streaks growing across his face. After the death of the twelfth colossus, it is revealed to the player that Wander is being pursued by a group of warriors led by Emon.
Urged to hurry with his task by Dormin, Wander soon heads off to defeat the sixteenth and final colossus. On the way to this confrontation, he travels on horseback across a long bridge, which begins to collapse as he is halfway across. As Agro jumps over the last gap in the bridge, the portion which is landed on begins to separate from its foundation, causing Agro to nearly lose footing. Sensing the impending fall, Agro jerks forward to throw Wander to safety on the other side, making a sacrifice for him and falling into the river hundreds of feet below as the bridge finally gives way. Wander goes on to defeat the final colossus, and Emon's company arrives in the Shrine of Worship just as the last temple idol crumbles; Wander appears soon afterwards, his eyes and skin now both entirely pale, and two small horns protruding from his head. Declaring that Wander has been "possessed by the dead", Lord Emon orders his warriors to kill him. While he struggles to reach Mono, one warrior shoots Wander in the leg with a crossbow, while another stabs him through his heart with a sword. Black blood sprays from the wound as Wander's body becomes covered in darkness and falls to the floor—a death identical to those suffered by the colossi.
Afterward, Dormin's spirit possesses Wander's body, transforming it into a shadowy giant. Dormin, now speaking in its masculine voice, explains that it had been separated to sixteen pieces—the colossi—to seal away its power, and that by entering Wander, who absorbed physical form from defeating each colossus, it is now whole again. While his men flee, Lord Emon casts the ancient sword into a small pool at the back of the temple's hall, creating a whirlwind of light that consumes Dormin and Wander. Emon and his men flee the forbidden land as the bridge connecting to the temple collapses behind them. As they safely arrive at the entrance to the forbidden land, Emon expresses hope that if Wander survived, someday he may be able to atone for his crimes.
In the temple, Mono awakens, restored by Dormin in accordance with its agreement with Wander, and Agro limps into the temple with an injured hind leg. Mono follows Agro to the pool into which Wander and Dormin were pulled by Emon's spell, finding a male infant with tiny horns on his head. She takes the child with her, following the horse to higher levels of the Shrine of Worship, and arrives at a secret garden within the shrine as the game ends.
