이 게임은 아르카디아라는 가상의 하늘에서 진행되며, 여섯 개의 문명이 서로 다른 색의 여섯 개의 달에 의해 떠 있는 대륙에서 공존합니다. 게임의 현재 시점보다 수천 년 전, 각 달에 해당하는 문명들은 기술적으로 발전하여 각각 Gigas라는 거대한 생명 무기를 만들었습니다. Gigas는 달의 수정에 의해 조종됩니다. 문명들은 Gigas를 사용하여 서로 전쟁을 벌였고, 인류의 멸종을 위협했습니다. 가장 발전된 은색 문명은 그들의 Gigas를 사용하여 파괴의 비를 소환하여, 궤도를 도는 달에서 유성을 끌어내어 지구 표면에 떨어뜨렸습니다. 이 재앙적인 파괴는 Gigas의 광란을 멈추게 했고, 다른 다섯 문명도 거의 파괴되었습니다. 전쟁이 끝났습니다. 은색 Gigas는 다시 사용되지 않도록 봉인되었고, 달의 수정은 숨겨졌으며, 각 문명은 스스로 재건하기 위해 노력했습니다.
바이스와 아이카는 로빈 후드 정신을 가진 공중 해적 집단 블루 로그의 일원입니다. 그들은 군사적이고 폭압적인 발루안 제국에 저항하기 위해 모였습니다. 테오도라 여제가 이끄는 제국은 Gigas를 다시 깨우고 세계를 정복하기 위해 달의 수정을 찾고 있습니다. 테오도라는 제독 갈시안과 라미레즈가 이끄는 발루안 함대를 지휘하여 그것들을 찾으라고 지시합니다. 은색 문명이 이 계획을 알게 되었을 때, 그들은 피나를 먼저 달의 수정을 찾기 위해 보냅니다. 그녀는 함대에 의해 포로로 잡히지만, 바이스와 아이카에 의해 구출됩니다. 그들은 서로의 적들과 함께 그녀의 임무를 도와주기로 동의합니다.
The game takes place in the fictional skies referred to as Arcadia, where six civilizations coexist on floating continents orbited by six moons of different colors. Thousands of years prior to the present time of the game, the civilizations, one of which existed for each moon, developed technologically to the point where each created a Gigas, a colossal living weapon of mass destruction, controlled by a Moon Crystal. Using the Gigas, the civilizations warred with one another, threatening the extinction of humanity. The most advanced, the Silver Civilization, used their Gigas to summon the Rains of Destruction, which pulled meteors from the orbiting moons and crashed them down onto the planet's surface. The catastrophic destruction stopped the rampage of the Gigas, as well as nearly destroyed the other five civilizations, thus ending the war. A seal was placed on the Silver Gigas to prevent it from being used again, and the Moon Crystals were hidden away, while each civilization worked on rebuilding itself.
Vyse and Aika are members of the Blue Rogues, a faction of Robin Hood-minded air pirates gathered together to resist the militant and tyrannical Valuan Empire. Led by Empress Teodora, the empire seeks the Moon Crystals to reawaken the Gigas and take over the world. Teodara directs the Valuan Armada, a fleet of warships led by admirals Galcian and Ramirez, to find them. Upon the Silver Civilization learning of this plan, they send Fina to find the Moon Crystals first. She is captured by the Armada, but saved by Vyse and Aika, who, with mutual enemies, agree to help her mission.