로드 메이오가 텐추: 스텔스 암살자에서 패배한 후, 리키마루는 아이야메와 키쿠 공주를 위한 탈출 경로를 제공하기 위해 거대한 바위를 지고 로드 메이오의 요새에 남겨진다. 그는 갇혀 죽은 것으로 보인다. 아이야메는 리키마루의 검 "이자요이"를 눈 속에 꽂아 그녀의 동료 닌자를 위한 기념비로 삼는다. 1년 후, 리키마루는 로드 고다에게 이 근사한 죽음의 경험에서 살아남았다고 보고한다; 그들 모르게 진짜 리키마루는 20세기에 갇혀 그들의 시대로 돌아갈 방법을 찾고 있다.
게임의 줄거리는 선택한 캐릭터에 따라 다르게 전개되지만 특정 지점에서 연결된다. 이야기는 주로 리키마루의 귀환과 그가 소유한 자들에게 힘을 주는 세 개의 보석을 두고 벌어지는 투쟁을 중심으로 진행된다. 이들은 하늘, 땅, 미덕의 보석이다. 악의 마법사인 텐라이는 이 보석을 손에 넣으려 하며, 그의 부하들에게 보석을 소유한 자에게서 빼앗으라고 명령한다. 그러나 리키마루를 만나게 되자 그는 그의 힘에 관심을 보이며 그를 자신의 부하로 설득하려 한다. 리키마루는 거부하고, 그는 아이야메와 함께 그들 각각과 맞서 싸운다. 텐라이의 부하 중 한 명인 오니카게는 메이오(그의 이전 주인)와 타츠마루(텐라이가 부활시킨 아즈마 닌자 클랜의 이전 리더)를 부활시키기 위한 계획을 추구하기 위해 그에게만 복종한다. 리키마루와 아이야메는 텐라이의 요새로 따라가 그가 두 개의 보석에서 얻은 힘으로 세상을 파괴하는 것을 막아야 한다. 그를 물리칠 수 있다면 고다의 땅에 평화가 돌아올 것이다.
After Lord Mei-Oh was defeated in Tenchu: Stealth Assassins, Rikimaru was left in Lord Mei-Oh's fortress carrying a giant boulder to provide an escape route for Ayame and Princess Kiku. He appears to be trapped and left for dead. Ayame stuck Rikimaru's sword, "Izayoi" (he is seen drawing this sword in the opening CG of Wrath of Heaven) in snow as a monument for her fellow ninja, now considered dead. A year later, Rikimaru reports to Lord Gohda that he has managed to survive this near-death experience; unbeknownst to them, the real Rikimaru is trapped in the 20th century trying to find a way back to their time.
The game's plot plays differently depending on the character chosen, but connects at certain points. The story revolves mainly around Rikimaru's return and the struggle for the Three Jewels, which are said to give power to those who possess them. These are the Jewels of Heaven, Earth, and Virtue. Tenrai, an evil wizard who wants to get his hands on them, commands a band of his men to take the Jewels from whoever possesses them. However, upon encountering Rikimaru, he seems interested in his power and attempts convincing him to join his men. Rikimaru refuses, and he and Ayame face each one of them. One of the men in Tenrai's arsenal is Onikage, who only serves him to pursue his plan of reviving Mei-Oh (his former master) and Tatsumaru (the former leader of the Azuma Ninja Clan whom Tenrai revived). Rikimaru and Ayame follow Tenrai into his fortress to stop him from destroying the world using the power gained from two of the Jewels. If he can be defeated, peace will be returned to Gohda's land.