1998년 12월 18일, 요원 토마스 로건은 그의 약혼녀 소피 리차드로부터 커리엔 맨션에서 짧고도 긴급한 전화를 받는다. 커리엔 맨션은 유명한 생화학자이자 유전학자인 로이 커리엔 박사의 집이자 실험실이다. 그의 파트너 요원 G와 함께, 그들은 맨션에서 발생한 일련의 불길한 사건들과 실종 사건들 속에서 현장에 도착하고, 즉시 악마 같은 창조물들로 가득 찬 저택을 발견한다. 중상을 입은 남자는 그들에게 커리엔의 치명적인 창조물들과 그 약점에 대한 정보를 담고 있는 작은 필드 저널을 건넨다. 이 저널은 플레이어가 보스와 맞닥뜨릴 때마다 사용된다.
커리엔은 생과 사의 본질을 발견하는 데 집착했으며, DBR 코퍼레이션과 그 자체의 과학자 팀의 지원을 받았다. 그러나 커리엔의 relentless한 목표 추구는 그를 미치게 만들었고, 그의 행동은 점점 불안정해졌으며 실험의 성격은 끔찍한 방향으로 변하기 시작했다. 커리엔의 연구 계획은 궁극적으로 그의 실험 대상들을 세상에 방출하는 결과를 초래했다. 그들은 시간을 낭비하지 않고 소피를 찾고 구하기 위해 맨션으로 돌진한다. 커리엔의 괴물들이 풀어놓은 공포를 직접 목격한 후, 소피가 생명이 위태로운 부상을 입게 되자 로건과 G는 커리엔의 저택과 실험실 깊숙이 들어가 그를 정의의 심판에 세우고 그의 연구의 본질을 밝혀내기 위해 나선다.
커리엔이 일으킨 혼란 속에서 로건과 G는 여러 강력한 적들과 맞서게 된다. 그 중에는 죽은 자의 전사인 전차(The Chariot)가 있으며, 그는 갑옷을 입고 바르디체를 휘두르며 로건의 약혼녀 소피 리차드를 중상 입힌다. 플레이어는 그와 전투를 벌이게 된다. 또 다른 적인 교수형 남자(The Hanged Man)는 날개가 달린 괴물 같은 생물이다. 교수형 남자는 게임의 첫 번째 단계에서 소피를 붙잡고 저택 위로 날아간다. 세 번째 장에서 AMS 요원들은 커리엔과 맞서게 되며, 그는 그들에게 거미처럼 여덟 개의 다리를 가진 생물인 은둔자(The Hermit)를 풀어주어 그들이 그를 실험실로 도망치게 한다.
두 번째로 커리엔과 맞닥뜨릴 때, AMS 요원들은 그의 걸작인 마법사(The Magician)를 만나게 된다. 마법사는 불을 다룰 수 있는 인간형 악마 같은 생물이다. 커리엔이 그 생물을 인큐베이션 챔버에서 풀어주자, 마법사는 자아를 가진 존재로 드러나며 어떤 주인에게도 복종하지 않겠다고 거부한다. 결국 커리엔은 그의 창조물에 의해 죽임을 당하게 된다. 마법사가 저택을 탈출하고 세상을 파괴하는 것을 막기 위해 로건과 G는 그 생물과 마지막 전투를 벌인다. 그들은 커리엔의 괴물을 파괴하는 데 성공하고, 이후 마법사로부터 마지막으로 오싹한 경고를 받는다.
마법사가 폭발한다. 로건과 G는 저택을 떠나며 외부에서 마지막으로 저택을 바라본다.
하지만 플레이어는 게임을 완료한 후 여러 가지 대체 엔딩을 달성할 수 있다. 하나의 엔딩에서는 카메라가 마지막으로 로비를 비추고, 문이 열리며 소피가 살아서 카메라를 향해 달려오며 "고마워!"라고 말하는 장면이 있다. 또 다른 엔딩에서는 소피가 이제 언데드가 되어 마지막 시체로 남아 있는 모습을 보여준다. 이는 플레이어의 최종 점수와 사용한 컨티뉴 수에 따라 달라진다.
On December 18, 1998, Agent Thomas Rogan receives a distressing, short phone-call from his fiancé, Sophie Richards at the Curien Mansion, the home and laboratory of Dr. Roy Curien, a renowned biochemist and geneticist. Together with his partner Agent G, they arrive on the scene at the Curien Mansion, amidst a series of ominous occurrences and disappearances at the mansion, to immediately discover the estate overrun with hellish creations. A mortally wounded man gives them a small field journal showing information of all of Curien's deadly creations and their weak points. It is used every time the player(s) are confronted by a boss.
Curien was obsessed with discovering the nature of life and death, supported by the DBR Corporation and its own team of scientists. However, Curien's relentless pursuit of this goal led him to grow insane, with his behavior growing more erratic and the nature of his experiments beginning to take a gruesome turn. Curien's plan for his research ultimately resulted in the release of his experimental subjects into the world. Wasting no time, they storm inside the mansion in order to find and save Sophie. Witnessing first-hand the terror unleashed by Curien's abominations, and after Sophie suffers life-threatening injuries as a result, Rogan and G go further inside the mansion and lab of Curien to bring him to justice, uncovering the nature behind his research in the process.
Amidst the chaos wrought by Curien, Rogan and "G" face many formidable foes, including The Chariot, an undead, armour-clad, neo-warrior wielding a bardiche who mortally wounds Rogan's fiancée Sophie Richards before the player faces him in battle, and The Hanged Man, a winged gargoyle/bat-like creature. The Hanged Man captures Sophie in the game's opening stage before stealing away over the mansion. In the Third chapter, the AMS agents confront Curien, who releases The Hermit, an eight-legged spider-like creature that spits balls of web upon them, allowing Curien to escape to his lab.
Upon confronting Curien a second time, the AMS agents are to encounter his masterpiece, The Magician, a humanoid demon-esque creature, which possesses a mastery of fire. After Curien releases the creature from its incubation chamber, the Magician reveals itself to be self-aware, refusing to serve any master and Dr. Curien is killed by his creation. To prevent the Magician from escaping the mansion and destroying the world, Rogan and 'G' confront the creature in one final battle. They succeed in destroying Curien's monster and are then given one last, chilling warning from the Magician.
The Magician explodes. Rogan and 'G' leave the mansion, taking one last look at it from the outside.
There are, however, alternate endings that the player can achieve upon completing the game. One ending, in which the camera pans to the foyer one last time; the doors open, revealing Sophie to be alive, running towards the camera saying "Thank you!", another shows Sophie has now become one of the undead—the last corpse remaining, all depending on the player's final score and the number of continues used.
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