게임은 더 킹 오브 파이터즈 XI 사건 이후 5년 후에 진행되며, 더 킹 오브 파이터즈 2003에서 시작된 제3 스토리 아크의 마지막 게임입니다. 전투기 애쉬 크림슨은 1,800년 전 오로치를 봉인한 클랜의 두 후손인 치즈루 카구라와 이오리 야가미의 힘을 흡수했으며, 쿄 쿠사나기에게 마지막 희생자가 될 예정입니다. 그의 전 동료인 엘리자베스 블랑토르슈가 그를 저지하려 준비하는 동안, 전투기들은 "R"이라는 인물에 의해 주최된 또 다른 킹 오브 파이터즈 토너먼트에 초대받습니다. 이 토너먼트는 애쉬가 그들의 대리인으로 활동하며 오로치의 봉인을 깨려는 두 이전 토너먼트를 배후에서 조종하는 조직 "과거의 자들"에 의해 조종되는 여성 로즈가 후원합니다.
우승 팀이 게임의 끝에 도달하면, "과거의 자들"의 리더 사이키가 그의 계획을 실행에 옮깁니다. 사이키는 우승 팀이 소모한 에너지를 이용해 시간을 넘으려 하며, 챔피언들과 대면하기 위해 자신의 부하를 죽이기까지 합니다. 그러나 전투가 계속되는 동안 보탄은 그들을 과거와 연결하는 게이트가 전투에도 불구하고 닫히기 시작하고 있음을 알립니다. 사이키가 행동하기도 전에 애쉬에게 기습당해 죽임을 당하고 그의 힘을 빼앗깁니다. 그러면서 애쉬가 사이키에게 세 개의 성스러운 보물을 얻기 위해 고용되었지만, 사이키를 도울 생각은 없었다는 사실이 드러납니다. 애쉬는 갑자기 사이키의 페르소나에 의해 압도당하며 토너먼트의 챔피언들과 대면하게 됩니다. 사이키는 게이트에서 패배하지만 과거로 넘어가려는 시도를 계속하며, 과거로 돌아가 다시 게이트를 넘어 자신의 계획을 다시 시도할 수 있다고 믿습니다. 그러나 애쉬는 그의 시도를 저지하고 게이트가 닫히도록 허용하여 사이키를 현재에 가두게 됩니다. 애쉬는 사이키의 후손으로서 과거에서 사이키의 존재를 부정하고 자신의 존재를 멈추게 합니다. 애쉬가 생명의 세계에서 사라지자 시간의 흐름이 다시 시작됩니다. 스토리 모드의 에필로그에서 치즈루와 이오리는 그들의 힘을 회복합니다. 사이키의 그룹의 나머지 멤버들은 떠나고, 모든 사람이 애쉬의 존재를 잊는 것처럼 보이지만, 엘리자베스는 그들의 어린 시절을 여전히 기억하며 감정적으로 파괴된 상태로 남아 있습니다.
The game takes place five years after the events of The King of Fighters XI and is the last game of the third story arc that started in The King of Fighters 2003. The fighter Ash Crimson has absorbed the powers from two of the descendants of the clans who sealed the Orochi away 1,800 years ago, Chizuru Kagura and Iori Yagami, while Kyo Kusanagi is to be his last victim. As his former comrade, Elisabeth Blanctorche, prepares to stop him, fighters receive an invitation to another King of Fighters tournament hosted by a person labelled as "R". The tournament is sponsored by a woman Rose who is being controlled by "Those From The Past", the organization behind the two prior tournaments that has been trying to break Orochi's seal with Ash acting as their agent.
When the winning team reaches the game's end, Saiki, the leader of "Those From The Past" puts his work into motion. Saiki intends to use the energy expended by the winning team to enable him to cross time, killing his own subordinate just to face the champions. However, as the fight rages, Botan notes that the gate that links them to the past is starting to close despite the battle. Before Saiki can act, he is ambushed by Ash who kills him and who steals his power. It is revealed then that, while Ash was enlisted by Saiki to obtain the Three Sacred Treasures to power the time gate, Ash had no intention of helping Saiki. Ash is suddenly overtaken by Saiki's persona, facing the champions of the tournaments. Saiki is defeated in the gate but persists on crossing over to the past, believing it means nothing since he can return to the past and then cross the gate again to attempt his plan anew. However, Ash halts his attempt and allows the gate to close, leaving Saiki trapped in the present. With Ash being descendant of Saiki, he denies Saiki's existence in the past and forces his own existence to cease. As Ash vanishes from the living world, the flow of time resumes. In the epilogue of the Story Mode, Chizuru and Iori recovers their powers. The remaining members of Saiki's group leave. As it appears everybody forgets Ash's existence, Elizabeth remains emotionally destroyed as she still remembers their childhood.