게임의 도입부에서 미국 해병대 대위 프랭크 캐슬은 센트럴 파크에서 가족과 함께 소풍을 즐깁니다. 그러나 프랭크의 아내와 자녀들은 우연히 범죄 조직의 살인을 목격하고 그 결과로 살해당합니다. 가족의 죽음을 복수하기 위해 프랭크는 범죄에 대한 일인 전쟁을 벌이는 자경단인 푼셔가 됩니다.
게임은 불법 카지노와 뉴욕 시의 거리에서 시작되며, 푼셔(선택적으로 S.H.I.E.L.D. 요원 닉 퓨리와 함께)는 푼셔의 가족을 죽인 범죄 조직의 집행자 브루노 코스타를 추적합니다. 추격전은 만화의 마이너 악당 체스터 스컬리와의 싸움으로 끝나며, 푼셔는 필요한 정보를 얻기 위해 그를 "심문"한 후 즉시 스컬리를 쏩니다. 브루노를 계속 추적하는 푼셔는 플로리다의 범죄 조직 팬타베르데 리조트에 물 배관을 통해 침투합니다. 그는 호텔에 침입하여 브루노를 몰아넣지만, 갑자기 킹핀에 의해 푼셔를 제거하도록 프로그래밍된 로봇 가드로이드에 의해 브루노가 살해당합니다. 가드로이드를 물리친 후, 푼셔는 지역 항구에서 대규모 마약 밀매 조직을 급습하며, 그 끝은 해안 창고에서 본브레이커와의 대결로 이어집니다. 그 후, 푼셔는 애리조나의 동굴에 있는 킹핀의 양귀비 밭을 공격합니다. 푼셔는 부시워커가 지휘하는 화물 기차에 탑승하여 파괴합니다.
이 시점에서 킹핀은 푼셔의 행동으로 인해 충분한 부하와 돈을 잃었다고 판단합니다. 그는 푼셔에 대한 거액의 계약을 걸고, 푼셔는 자신의 은신처에서 암살자들에게 쫓기며 숲을 지나게 됩니다. 또 다른 가드로이드를 물리친 후, 푼셔는 킹 빌딩에 침투하여 지그소와 다른 적들과 싸우며 킹핀과의 최종 대결로 나아갑니다. 킹핀이 패배한 후, 전체 타워가 무너지고, 많은 죽은 범죄자들 사이에서 킹핀은 발견되지 않습니다.
In the game's intro, U.S. Marine Captain Frank Castle enjoys a picnic with his family in Central Park. However, Frank's wife and children accidentally witness a mob killing and are murdered as a result. To avenge the death of his family, Frank becomes a vigilante known as the Punisher, who wages a one-man war on crime.
The game begins in an illegal casino and the streets of the New York City, with the Punisher (optionally partnered with S.H.I.E.L.D. agent Nick Fury) in pursuit of the Mafia enforcer Bruno Costa, who ordered the killing of the Punisher's family. The chase ends with a fight against Chester Scully (a minor villain from the comics), whom the Punisher "interrogates" until he gets the information he needs before promptly shooting Scully. Still on the trail of Bruno, the Punisher infiltrates the mob's Pantaberde resort in Florida via a water duct. He breaks into a hotel and corners Bruno, who is suddenly killed by Guardroid, a robot that the Kingpin has programmed to terminate the Punisher. After defeating Guardroid, the Punisher then raids a major drug smuggling ring at a local harbor, which ends with him confronting Bonebreaker in a waterfront warehouse. After that, the Punisher attacks the Kingpin's poppy field at a cave in Arizona. The Punisher boards and destroys a freight train commanded by Bushwhacker.
At this point, the Kingpin decides that he has lost enough henchmen and money to the Punisher's actions. He puts a hefty contract out on the Punisher, who is then chased by assassins from his hideout and through a forest. After defeating another Guardroid, the Punisher infiltrates the King Building, fighting his way through Jigsaw and other enemies to the final showdown against the Kingpin himself. After the Kingpin is defeated, the entire tower collapses, but the Kingpin is not found amongst the many dead criminals in the rubble.