2004년 4월, 조지아의 대통령이 암살당하면서 조지아의 억만장자 콤바인 니콜라드제가 무혈 쿠데타로 권력을 장악하게 된다. 2004년 8월, 전 미 해군 SEAL 장교이자 걸프 전쟁 참전 용사인 샘 피셔는 국가안전보장국(National Security Agency)에 의해 새로 설립된 부서인 "제3 계층(Third Echelon)"에서 일하도록 모집된다. 그의 오랜 친구 어빙 램버트와 함께 일하게 된 피셔는 기술 전문가인 안나 "그림" 그림스도티르와 현장 요원인 버논 윌크스 주니어를 소개받는다.
2004년 10월, 피셔는 조지아의 트빌리시로 파견되어 두 명의 CIA 요원의 실종 사건을 조사하게 된다. 피셔는 정보원인 토마스 구르겐이제와 만나려 하지만, 그가 불타는 건물에서 죽어가는 모습을 발견한다. 구르겐이제는 한 요원의 전송 내용에 전쟁을 일으킬 수 있는 증거가 언급되었다고 경고한다. 경찰 영안실에서 요원들의 시신을 발견한 피셔는 전 스페츠나즈 요원인 뱌체슬라프 그린코가 그들의 피하 추적 장치를 제거했다는 사실을 알게 된다. CCTV를 이용해 그린코의 차량 번호판을 추적한 제3 계층은 그를 조지아 국방부로 추적한다.
피셔는 국방부에 도착하여 그린코와 캐나다 해커 필립 매스의 회의를 녹음하고, 이를 통해 니콜라드제가 아제르바이잔에서 불법 작전을 수행하고 있다는 사실을 알게 된다. 피셔는 니콜라드제의 컴퓨터를 해킹하여 그가 조지아 특공대를 배치하여 아제르바이잔 전역에서 민족 청소 작전을 벌이고 있다는 사실을 알아낸다. 이에 NATO군이 아제르바이잔에 진입하게 되고, 니콜라드제는 잠적하게 된다.
제3 계층은 카스피해 석유 시추선에 주둔 중인 조지아 군인들이 조지아 대통령 궁과 데이터를 교환하고 있다는 사실을 알게 된다. 피셔는 NATO 공습 중에 시추선에 침투하여 현지 기술자 레자바를 체포하고, 시추선의 컴퓨터 데이터를 담고 있는 그의 노트북을 회수한다. 기술자를 심문한 후, 피셔는 데이터에 "더 아크(The Ark)"에 대한 파일이 포함되어 있다는 사실을 알게 된다. 피셔는 노트북과 암호 키를 회수하고 탈출한다.
레자바의 노트북을 조사한 그림은 정보가 CIA의 스파이로부터 나왔을 가능성이 있다고 밝힌다. 램버트는 북미가 군사 목표를 주로 겨냥한 대규모 사이버 전쟁 공격을 받았다고 알린다. 방송에서 니콜라드제는 공격의 책임을 주장하며 미국과 그 동맹국에 전쟁을 공식 선언한다. 피셔는 CIA 본부에 침투하여 CIA 컴퓨터 메인프레임에 접근하고, 그림이 데이터 유출을 미첼 도허티의 컴퓨터로 추적할 수 있도록 한다. 심문을 위해 잡힌 도허티는 유출에 대해 무지하다고 주장하지만, NSA는 그의 강박 장애로 인해 불안전한 노트북에 데이터를 백업했으며, 이 노트북이 칼리네텍(Kalinatek, Inc.)의 네트워크에 의해 악용되었다는 사실을 알게 된다.
조지아에서 고용된 마피아들은 칼리네텍 사무실에서 니콜라드제의 흔적을 모두 지우기 위해 건물을 파괴하고 직원을 살해하려 한다. 기술자 이반의 911 전화를 가로챈 피셔는 건물로 파견되어 이반의 암호 키를 회수하고 FBI가 이반을 구출하는 동안 탈출한다. 피셔는 윌크스의 도움을 받아 탈출하지만, 윌크스는 그 과정에서 치명상을 입고 사망한다. 암호 키를 사용하여 NSA는 니콜라드제가 조지아 군부와 통신하기 위해 비정상적인 중계망을 사용하고 있다는 사실을 발견한다. NSA는 전체 중계망을 미얀마 양곤에 있는 중국 대사관으로 추적한다. 중국의 지원이 제3차 세계대전을 일으킬 수 있다는 우려 속에, 피셔는 대사관에 몰래 침투하여 니콜라드제와 공군 장군 콩 페이롱의 대화를 엿듣고 그들이 협력하고 있다는 사실을 알게 된다.
피셔는 포로로 잡힌 미 육군 병사들과 고위 중국 관리들이 현지 도축장에서 있다는 사실을 알게 되어, 인질을 구하기 위해 페이롱에 대한 심문을 미룬다. 인질 중 한 중국 관리와 만나 페이롱이 중국 정부의 지원을 받지 않는 반란 집단의 일원이라는 사실을 알게 된다. 피셔는 발각되고 총격전 중 그린코를 죽인다. 대사관으로 돌아온 피셔는 자살하려는 술에 취한 페이롱을 붙잡고 그의 컴퓨터에 저장된 정보를 공유하도록 강요한다. 그 정보는 니콜라드제가 조지아로 도주하여 "더 아크"라는 이름의 수트케이스 핵폭탄을 활성화하려 하고 있다는 사실을 드러낸다.
니콜라드제와 새로운 사실상의 조지아 대통령 바를람 크리스타비가 있는 조지아 대통령 궁에 침투한 피셔는 아크의 열쇠를 회수하려고 한다. 아크는 미국의 어딘가에 숨겨져 있다. 피셔는 니콜라드제를 몰아붙이고, 니콜라드제가 조지아를 안전하게 빠져나가게 해주겠다고 협상한다. 피셔가 아크의 열쇠를 회수하기 전에 크리스타비의 군인들이 니콜라드제와 아크의 열쇠를 다른 곳으로 데려간다. 처형당할 위기에 처한 피셔는 램버트가 잠시 정전을 일으키자 탈출한다. 니콜라드제가 아크의 위치를 보호 조건으로 제안하고 있다는 사실을 발견한 피셔는 니콜라드제를 암살한다. 아크를 발견한 미 육군은 메릴랜드 호프 게이트의 아파트 단지를 가스 누출을 이유로 대피시키고, 비밀리에 아크를 회수한다.
제3차 세계대전이 피하는 데 성공했지만, 니콜라드제의 시신은 그의 죽음을 둘러싼 의심스러운 상황으로 인해 국제적인 반발을 일으킨다. 위기 상황에 대한 대통령 방송을 지켜보던 피셔는 램버트로부터 또 다른 임무에 대한 안전한 전화를 받는다.
In April 2004, the President of Georgia is assassinated, allowing Georgian billionaire Kombayn Nikoladze to seize power with a bloodless coup d'état. In August 2004, former U.S. Navy SEAL officer and Gulf War veteran Sam Fisher is recruited by the National Security Agency to work within its newly formed division, "Third Echelon." Working with his old friend Irving Lambert, Fisher is introduced to technical expert Anna "Grim" Grimsdóttír, and field runner Vernon Wilkes Jr.
In October 2004, Fisher is dispatched to Tbilisi, Georgia to investigate the disappearance of two CIA officers. Fisher attempts to meet an informant, Thomas Gurgenidze, only to find him dying in a burning building. Gurgenidze warns that one agent's transmission mentioned proof that could cause a war. Finding the agents' corpses in a police morgue, Fisher learns that a former Spetsnaz agent, Vyacheslav Grinko, removed their subdermal tracking implants. Tracking Grinko's license plate number using CCTV, Third Echelon tracks him to the Georgian Ministry of Defense.
Fisher arrives at the Ministry, and records a meeting between Grinko and Canadian hacker Phillip Masse, through which he learns that Nikoladze is conducting an illegal operation in Azerbaijan. Fisher hacks Nikoladze's computer, and learns Nikoladze has been waging an ethnic cleansing campaign across Azerbaijan, by deploying Georgian commandos. In retaliation, NATO forces enter Azerbaijan, prompting Nikoladze to go underground.
Third Echelon learns that Georgian soldiers stationed on a Caspian oil rig have been exchanging data with the Georgian Presidential Palace. Fisher infiltrates the rig during the middle of a NATO airstrike to apprehend a local technician, Lejava, and retrieve his laptop containing the rig's computer data. After interrogating the technician, Fisher learns that the data contains a file on "The Ark", Fisher recovers his laptop and encryption key and extracts.
Examining Lejava's laptop, Grim reveals that the intel could have come from a CIA mole. Lambert then reveals that North America has just been hit by a massive cyber warfare attack, directed primarily against military targets. In a broadcast, Nikoladze claims responsibility for the attack and officially declares war on the United States and its allies. Fisher infiltrates the CIA headquarters and accesses the CIA computer mainframe, allowing Grim to trace the data leak to the computer of Mitchell Dougherty. Captured for interrogation, Dougherty claims ignorance of the leak, but the NSA learns that his obsessive–compulsive disorder caused him to back up data on an insecure laptop, which was exploited by a network owned by Kalinatek, Inc.
Georgia-hired mafiosos attempt to remove all traces of Nikoladze from the Kalinatek offices by destroying the building and murdering the staff. Intercepting a 911 call from a technician named Ivan, Fisher is deployed to the building and retrieves Ivan's encryption key while the FBI rescues Ivan. Fisher extracts with the help of Wilkes, who is mortally wounded in the process and later dies. Using the encryption key, the NSA discovers Nikoladze has been using a network of unconventional relays to communicate with Georgian military cells. The NSA traces the full relay network to the Chinese Embassy in Yangon, Myanmar. Worried Chinese support could cause World War III, Fisher sneaks into the embassy and eavesdrops on a conversation between Nikoladze and General Kong Feirong, and learns they are working together.
Fisher learns that captured U.S. Army soldiers and high-ranking Chinese officials are in a local slaughterhouse, so he delays interrogating Feirong to save the hostages, who are scheduled to be executed on a live broadcast. Fisher meets with a Chinese official among the hostages, and learns that Feirong is part of a rogue collective not backed by the Chinese government. Fisher is detected, and in a firefight, Fisher kills Grinko. Returning to the embassy, Fisher grabs a drunken Feirong before he can commit suicide, and forces him to share the information stored on his computer; the information reveals Nikoladze has fled back to Georgia, where he is trying to activate a suitcase nuke known as "The Ark".
Infiltrating the Georgian Presidential Palace containing Nikoladze and new de facto Georgian president Varlam Cristavi, Fisher attempts to recover the key to the Ark, which has been placed somewhere in the United States. Fisher corners Nikoladze, who bargains to give the Ark key in exchange for safe passage out of Georgia; before Fisher can recover it, Cristavi soldiers take Nikoladze and the Ark key elsewhere. About to be executed, Fisher escapes when Lambert causes a brief blackout. Discovering Nikoladze is offering the Ark's location for protection, Fisher assassinates Nikoladze. Discovering the Ark, the U.S. Army evacuates an apartment complex in Hope Gate, Maryland on claims of a gas leak, and secretly recovers the Ark.
Despite World War III being averted, Nikoladze's corpse sparks international backlash due to the suspicious circumstances around his death. Watching the Presidential broadcast on the crisis, Fisher then receives a secure phone call from Lambert for another assignment.
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