게임은 라라가 잃어버린 야마타이 왕국을 찾기 위해 엔듀런스 호를 타고 첫 탐험을 떠나는 것으로 시작된다. 그녀의 제안에 따라 휘트먼의 반대에도 불구하고 탐험대는 일본 동쪽의 드래곤 트라이앵글로 향한다. 그러나 배는 격렬한 폭풍에 휘말려 난파되고, 생존자들은 외딴 섬에 고립된다. 라라는 다른 사람들과 떨어져 이상하고 야만적인 남자에게 붙잡힌다. 그녀는 자신의 행동으로 동굴이 무너지는 사이에 탈출에 성공하지만, 포로가 된 남자는 죽게 된다. 라라는 다른 생존자들을 찾으려 하면서 이상한 조각들, 시체들, 동물 제물 등 섬에 사람이 살고 있다는 더 많은 증거를 발견한다. 결국 그녀는 친구 샘과 자신을 가르친다고 주장하는 마티아스를 찾게 된다. 샘이 마티아스에게 히미코의 전설을 이야기하는 동안, 라라는 기절하고, 깨어났을 때 마티아스와 샘은 보이지 않는다. 라라가 다른 생존자들과 재회하자 휘트먼은 라라와 함께 여전히 실종된 로스를 찾기로 결정하고, 나머지 그룹(레예스, 조나, 알렉스, 그리고 그림)은 샘과 마티아스를 찾으러 나선다. 라라와 휘트먼이 탐험을 하면서 섬 주민들이 히미코를 숭배하고 있다는 사실을 발견하고, 이 섬이 야마타이라는 것을 확인한다. 히미코의 이름으로 세워진 신전을 발견한 그들은 섬 주민들에게 붙잡히고, 엔듀런스 호의 다른 생존자들과 함께 정착지로 끌려간다. 생존자들이 탈출을 시도하자, 포로들이 그들에게 반격한다. 라라는 휘트먼과 떨어져 숨으려 하지만, 섬 주민 중 한 명에게 발견되어 그를 죽일 수밖에 없다. 그녀는 나머지 공격자들을 물리치고 로트를 구출하여 늑대의 공격에서 그를 구한다.
라라는 무선 전파탑을 작동시켜 도움을 요청하지만, 응답한 비행기는 이상한 폭풍에 휘말리고, 라라는 일본어로 "아무도 떠날 수 없다"는 신비로운 목소리를 듣는다. 생존한 조종사들을 구할 수 없는 상황에서 라라는 알렉스와 레예스에게 연락을 받게 되고, 섬 주민들에게 샘이 납치되었다는 사실을 알게 된다. 폭력적인 종교 집단인 솔라리 형제단의 소행이다. 라라는 샘을 구하려 하지만, 솔라리의 리더인 마티아스에게 저지당하고 죽이라는 명령을 받는다. 그때 사무라이 같은 오니의 공격으로 구출된다. 오니에게 붙잡힌 고대 수도원에서 탈출한 라라는 샘에게 마티아스가 그녀를 "승천"이라는 의식에 참여시키려 한다는 이야기를 듣는다. 이 의식은 다음 태양 여왕을 찾기 위한 "불의 의식"으로, 실패하면 그녀를 불태워 죽인다. 라라는 그들을 따라 솔라리 요새로 가고, 그곳에서 그림의 도움을 받는다. 솔라리는 그림을 인질로 잡지만, 그는 라라가 탈출할 수 있도록 자신을 희생한다. 로트의 도움으로 라라는 요새에 침투하고 의식이 시작되는 것을 목격한다. 불이 붙자 강한 바람이 불어 불을 끄고, 샘이 다음 태양 여왕임을 드러낸다. 라라는 다시 탈출하고 친구들과 재회하여 샘을 구출하고 탈출할 계획을 세운다. 휘트먼의 도움으로 라라는 샘을 구하기 위해 궁전으로 돌아가고, 로트는 그들을 구출하기 위해 헬리콥터를 조종한다. 라라는 성공하지만, 헬리콥터가 접근하는 동안 또 다른 폭풍이 몰려오는 것을 보고 샘에게 육로로 탈출하라고 설득한다. 라라가 헬리콥터 조종사에게 착륙하라고 강요하려 할 때, 그들은 추락하고 라라는 거의 죽을 뻔한다. 로트가 라라를 소생시키고, 마티아스가 라라를 위해 자신에게 치명적인 공격을 가한다. 로트를 잃고 슬퍼하는 라라는 폭풍이 자연적인 것이 아니라 태양 여왕과 연결되어 있어 아무도 섬을 떠나지 못하게 하려는 것임을 받아들인다. 그녀는 솔라리를 피하며 섬을 탈출할 보트를 확보한 다른 생존자들과 만난다. 그들은 보트를 수리할 수 있는 조건으로 보트를 확보했지만, 휘트먼이 합류하면서 그가 탈출했다고 주장한다. 그러나 라라는 그가 종교 집단과 연루되어 있다고 의심하기 시작한다. 라라와 알렉스는 엔듀런스 호의 잔해에서 보트 부품을 찾는다. 그들은 솔라리의 공격을 받게 되고, 알렉스는 폭발을 유발하여 라라가 도구를 가지고 탈출할 수 있도록 자신을 희생한다.
제2차 세계대전 시대의 일본 군대와 나치 과학자들이 폭풍을 무기로 활용하기 위해 섬을 탐험한 이야기를 발견한 라라는 해안의 무덤을 탐험하기로 결심한다. 그곳에서 세푸쿠를 한 사무라이 장군의 유해를 발견하게 된다. 그가 남긴 메시지에서는 그가 여왕의 폭풍 수호대, 즉 수도원을 지키는 오니를 이끌었으며, 여왕의 후계자가 태양 여왕의 힘을 받기보다는 스스로 목숨을 끊었다는 사실이 드러난다. 라라는 '승천'이 새로운 여왕을 세우는 의식이 아니라 원래 태양 여왕의 영혼을 새로운 몸으로 옮기는 의식이라는 것을 깨닫는다. 태양 여왕은 나이가 들 때마다 자신의 영혼을 어린 소녀의 몸으로 옮겨 사실상 불사의 존재가 되는 법을 배웠다. 마지막 여사제의 자살로 의식이 중단되었고, 여왕의 영혼은 늙고 부패한 몸에 갇히게 되었으며, 히미코의 영혼은 그 시체에서 탈출하고 싶어 했다. 야마타이의 후손인 샘은 적합한 후보가 되고, 마티아스는 그의 자유를 대가로 샘을 새로운 숙주로 제공할 계획을 세운다. 라라는 해변의 생존자들에게 돌아가서 휘트먼이 그들을 배신하고 샘을 납치해 마티아스에게 넘겼다는 사실을 알게 된다. 라라, 조나, 레예스는 강을 따라 수도원으로 향하며 추격을 시작하고, 라라는 마티아스가 휘트먼을 속여 오니에게 다가가게 만드는 장면을 목격하게 된다: 오니는 휘트먼을 죽인다. 솔라리와 폭풍 수호대를 뚫고 싸워 나아간 라라는 수도원의 꼭대기에 도착하고, 그곳에서 마티아스가 승천 의식을 수행하고 있는 모습을 보게 된다. 라라는 중앙 플랫폼으로 나아가 싸운 끝에 마티아스를 플랫폼에서 밀어 떨어뜨려 죽게 만든다. 상징적으로 그녀는 자신의 권총과 그의 권총을 동시에 사용하여 이를 이루며, 이는 이후 그녀의 시그니처 스타일 중 하나가 된다. 마티아스가 죽었음에도 불구하고 의식은 이미 진행 중이며, 히미코의 영혼이 샘에게 흘러들어가고 있다. 그러나 라라는 히미코의 고대 유해를 파괴하여 샘을 구하고 폭풍을 흩어버린다. 라라, 샘, 레예스, 조나는 섬을 떠나 화물선에 의해 구조된다. 집으로 항해하는 동안 라라는 아버지가 들려준 신화적인 이야기들이 단순한 이야기가 아님을 깨닫고, 아직 집으로 돌아가지 않기로 결심하며 화면은 "생존자가 태어났다"는 선언과 함께 하얗게 바래진다.
he game begins with Lara setting out on her first expedition aboard the ship Endurance, with the intention of finding the lost kingdom of Yamatai. By her suggestion and against Whitman's advice, the expedition ventures into the Dragon's Triangle, east of Japan. The ship is struck by a violent storm and shipwrecked, leaving the survivors stranded on an isolated island. Lara is separated from the others and captured by a strange, savage man. She manages to escape while her captor is killed as the cave collapses due to her actions. As Lara tries to locate the other survivors, she finds more evidence that the island is inhabited, such as strange carvings, dead bodies, and animal sacrifices. She eventually finds her friend Sam and a man called Mathias, who claims to be a teacher who was shipwrecked on the island. As Sam tells Mathias the legends of Himiko, Lara passes out; when she wakes, Mathias and Sam are nowhere in sight. When Lara regroups with the other survivors, Whitman decides to go with Lara and search for the still-missing Roth, while the rest of the group (Reyes, Jonah, Alex and Grim) set out to find Sam and Mathias. As Lara and Whitman explore, they discover that the island's inhabitants are worshipping Himiko, confirming that the island is Yamatai. Upon discovering a shrine erected in Himiko's name, they are captured by the islanders and taken to a settlement along with several other survivors from the Endurance. When the survivors attempt an escape, the captors turn on them. Lara is separated from Whitman and tries to hide, but is found by one of the islanders and forced to kill him. She fights off the remainder of the attackers and reunites with Roth, saving him from a wolf attack.
Lara manages to activate a radio tower and call for help, but the plane that answers the call is struck by a freak storm, and Lara hears a mysterious voice saying "No one leaves" in Japanese. Unable to save the surviving pilots, Lara is contacted by Alex and Reyes, who reveal that Sam has been kidnapped by the islanders, a violent cult known as the Solarii Brotherhood. Lara tries to rescue her, but is stopped by Mathias, leader of the Solarii, and ordered killed: she is saved by an attack from samurai-like Oni. Escaping the ancient monastery where she is taken by the Oni, she hears from Sam that Mathias is going to put her through the "Ascension", a "fire ritual" to find the next Sun Queen that will burn her to death if it is unsuccessful. Lara follows them to the Solarii fortress and is aided by Grim. The Solarii take Grim hostage, but he sacrifices himself so Lara can escape. With Roth's aid, Lara infiltrates the fortress and sees the ritual begin. When the fires are lit, a great wind blows them out, showing Sam to be the next Sun Queen. Lara escapes again and reunites with her friends, forming a plan to rescue Sam and escape. Aided by Whitman—who has managed to negotiate some degree of freedom with the Solarii—Lara returns to the palace to rescue Sam as Roth commandeers a helicopter to get them out. Lara succeeds, but persuades Sam to escape by land when she sees another storm gathering as the helicopter approaches. As Lara tries to force the helicopter pilot to land, they are brought down, with Lara nearly dying. Roth revives Lara, then takes a fatal blow from Mathias meant for Lara. While mourning Roth, Lara accepts that the storms are not natural, but are somehow connected to the Sun Queen and designed to prevent anyone from leaving the island. She meets up with the other survivors, who have evaded the Solarii long enough to secure a boat for escaping the island, provided that it can be repaired. They are joined by Whitman, who claims to have escaped, though Lara begins to suspect him of working with the cultists. Lara and Alex find parts for the boat in the wreck of the Endurance. They come under attack by the Solarii and Alex triggers an explosion, sacrificing himself so that Lara can escape with the tools.
Finding an account of a World War II-era Japanese military and Nazi scientific expedition to the island that sought a way to harness the storms as a weapon, Lara decides to explore a coastal tomb, where she finds the remains of a samurai general who committed seppuku. It is revealed in a message he left that he led the Queen's Stormguard, the Oni that defend the monastery, and that the Queen's successor took her own life rather than receive the Sun Queen's power. Lara realizes that the Ascension is not a ceremony to crown a new queen, but rather a ritual that transfers the original Sun Queen's soul into a new body; the Sun Queen had learned to become effectively immortal by transferring her soul into a young girl's body each time she grew old. The last priestess' suicide had interrupted the ritual, and left the Queen's soul trapped in her old decaying body, and Himiko's spirit has wanted to escape that corpse ever since. As a descendant of Yamatai, Sam is a viable candidate, and Mathias plans to offer Sam as a new host in exchange for his freedom. Lara returns to the survivors on the beach to find that Whitman has betrayed them, abducting Sam and handing her over to Mathias. Lara, Jonah and Reyes give chase, heading up a river to the monastery, with Lara arriving just in time to see Mathias trick Whitman into approaching and speaking to the Oni: the Oni kill Whitman. After fighting her way through both the Solarii and the Stormguard, Lara arrives at the top of the monastery where Mathias is performing the Ascension ritual. Lara fights her way to the central platform, and after a struggle, knocks Mathias off the platform to his death. Symbolically, she does so using both her pistol and his in a dual-wield style that will later become one of her signatures. Despite Mathias' death, the ritual is already underway, with Himiko's soul starting to pour into Sam, but Lara then destroys Himiko's ancient remains, saving Sam and dispersing the storms. Lara, Sam, Reyes and Jonah then leave the island and are picked up by a cargo ship: as they sail home, Lara realizes that the mythical stories her father told her were more than stories, deciding not to return home just yet, and the screen fades to white with a proclamation of "A Survivor is Born."
