첫 번째 게임의 사건 속에서, 앨리스 리델은 자신의 집과 가족을 태운 화재에 대한 책임이 자신에게 있다고 믿으며 왜곡된 원더랜드로 도망칩니다. 루틀리지 정신병원에서 치료를 받는 동안, 앨리스는 자신의 의심을 극복하고 결국 병원에서 퇴원하게 됩니다. '미친 듯이 돌아온다'는 1875년, 앨리스가 퇴원한 지 1년 후의 이야기를 다룹니다. 이제 19세가 된 앨리스는 빅토리아 시대 런던의 고아원에서 정신과 의사인 앵거스 범비 박사의 보살핌을 받으며 지냅니다. 범비 박사는 최면을 사용하여 어린 환자들이 기억을 잊도록 돕습니다. 앨리스는 자신이 괜찮다고 믿지만, 여전히 원더랜드의 환각에 시달리고 있습니다.
어느 날 심부름을 하던 중, 앨리스는 환각에 휘말려 다시 원더랜드에 있다고 믿게 됩니다. 처음에는 평화로운 모습이지만, 곧 원더랜드를 휩쓰는 지옥의 기차에 의해 부패하게 됩니다. 이 기차는 앨리스를 저지하려는 파괴의 힘인 루인을 남깁니다. 앨리스는 체셔 고양이를 만나 이 부패가 앨리스가 아닌 외부의 힘에 의해 발생했음을 확인받고, 기차의 근원을 찾기 위해 이전의 친구와 적들을 찾아보라고 권유받습니다. 게임의 나머지 부분에서 앨리스는 원더랜드에서 일어나는 에피소드 사이에 잠시 현실로 돌아옵니다. 현실 세계에서 앨리스는 가족 변호사에게 언니인 엘리자베스(별명 "리지")가 화재에서 가장 멀리 떨어져 있었음에도 불구하고 최초로 사망했다는 사실을 알게 되고, 그녀는 방에 갇혀 있었다는 것을 알게 됩니다.
부패한 원더랜드에서 앨리스는 공작부인, 미친 모자장수, 모조 거북이, 바다코끼리와 목수, 애벌레 등 원더랜드의 다양한 시민들에게 더 많은 정보를 얻으려 합니다. 결국 그녀는 하트 여왕이 이전에 앨리스의 손에 패배했음에도 불구하고 여전히 살아 있으며, 그 힘은 약해졌음을 듣게 됩니다. 여왕의 성에서 앨리스는 여왕의 진정한 모습이 자신의 어린 시절 모습과 닮았음을 발견합니다. 여왕은 인형 제작자라는 존재가 지옥의 기차를 장악하고 원더랜드를 부패시키고 있다고 밝혀냅니다.
런던으로 돌아온 앨리스는 화재가 발생한 날의 기억을 되살리기 시작하고, 범비 박사가 그곳에 있었다는 것을 깨닫습니다. 그는 그녀의 언니와 가족 전체의 죽음에 책임이 있습니다. 앨리스는 범비 박사가 그녀의 마음에서 화재의 기억을 지우려 하고 있으며, 다른 아이들과 마찬가지로 그녀를 "빈 장난감"으로 만들어 학대하는 주인과 아동 성범죄자에게 팔려가게 하려 한다고 결론짓습니다. 분노한 앨리스는 현실 세계의 무어게이트 역에서 범비 박사와 맞서고, 환상 속의 지옥의 기차에서 범비 박사의 원더랜드 대체자인 인형 제작자와 대면합니다. 범비 박사는 자신의 범죄를 인정하고, 리지가 그의 유혹을 거부한 후 앨리스의 집에 불을 지른 것이라고 고백합니다. 그는 그날 밤 그녀를 강간한 증인들을 제거했다고 주장합니다. 그는 그녀의 원더랜드를 파괴함으로써 그날 밤의 사건을 잊게 만들 것이며, 자신은 고급 사회의 일원으로 계속 남을 것이라고 지적합니다. 앨리스는 원더랜드에서 인형 제작자를 물리치고, 현실 세계와 마음 속에서 범비 박사를 다가오는 기차의 길로 밀어내어 그를 죽입니다.
역을 떠나는 앨리스는 원더랜드와 런던이 혼합된 하이브리드 비전인 론더랜드에 놓이게 됩니다. 앨리스는 체셔 고양이가 "고통을 감수할 가치가 있는 진실을 찾았다"고 독백하며, 손상되었지만 당분간 원더랜드는 안전하다고 말하는 미지의 지형으로 떠납니다.
Within events of the first game, Alice Liddell, believing herself responsible for a fire that consumed her home and her family, escapes into a twisted version of Wonderland. While held at Rutledge Asylum for treatment, Alice was able to conquer her doubts, and eventually was released from the ward. Madness Returns takes place in 1875, a year after Alice's release. Alice, now 19 years old,[6] resides at an orphanage in Victorian London, under the care of Dr. Angus Bumby, a psychiatrist who uses hypnosis to help his child patients forget their memories. Though she believes that she is fine, Alice still suffers from hallucinations of Wonderland.
During an errand, Alice is struck by a hallucination and believes herself to be in Wonderland again. Though initially idyllic, the peaceful land quickly becomes corrupted by the Infernal Train that rampages through it, leaving behind the Ruin, a force that attempts to stop Alice. Alice meets with the Cheshire Cat who affirms that it is some outside force, not Alice, that has caused this corruption, and urges her to seek out former friends and foes to discover the source of the Train. Throughout the rest of the game, Alice briefly returns to reality between episodes occurring within Wonderland. In the real world, Alice learns from the family lawyer that her sister, Elizabeth (nicknamed "Lizzie"), was first to die in the fire, despite being the farthest from its source, and had been locked in her room.
Within the corrupted Wonderland, Alice attempts to learn more from Wonderland's various citizens, including the Duchess, the Mad Hatter, the Mock Turtle, the Walrus and the Carpenter, and the Caterpillar. She is ultimately told that the Queen of Hearts still lives despite her defeat at Alice's hands before, though in a diminished capacity. At the Queen's castle, Alice discovers the Queen's true form, which resembles her younger self. The Queen reveals that an entity called the Dollmaker has taken over the Infernal Train and is corrupting Wonderland.
Returning to London, Alice starts to recall her memories of the night of the fire and realizes that Dr. Bumby was there. He is responsible for the death of her sister and her whole family. She comes to the conclusion that Dr. Bumby is attempting to erase the memories of the fire from her mind and, as he has done with other children, trying to leave her as a "blank toy" to be taken by abusive masters and child molesters for a price. Furious, Alice confronts both Dr. Bumby in the real world at the Moorgate station and Dr. Bumby's Wonderland counterpart, the Dollmaker, in her fantasy on the Infernal Train. Dr. Bumby admits to his crimes, and even attests to setting Alice's home on fire after Lizzie refused his advances, removing any witnesses to his having raped her that night. He points out that by wiping out her Wonderland, he will make her forget the events of that night, while he will continue as a member of high society. Alice defeats the Dollmaker in Wonderland, giving her the strength in the real world and in her mind to push Dr. Bumby into the path of an oncoming train, killing him.
As Alice leaves the station, she finds herself in a hybrid vision of London mixed with Wonderland, Londerland. Alice wanders into the unknown terrain as the Cheshire Cat monologues that Alice has found the truth that was "worth the pain fighting for", and Wonderland, though damaged, is safe for the time being.