게임은 재앙 이후의 상황을 배경으로 하며, 이 재앙은 갑작스럽게 카엘론디아 도시와 게임 세계의 주변 지역을 여러 개의 떠 있는 조각으로 쪼개어 생태계를 혼란에 빠뜨리고 대부분의 사람들을 재로 만들어버린 catastrophic event입니다. 플레이어는 침묵의 주인공인 키드를 조종하게 되며, 그는 옛 세계의 몇 안 되는 조각 중 하나에서 깨어나 상징적인 바스티온으로 떠납니다. 바스티온은 모두가 어려운 시기에 가야 할 곳이었습니다. 그곳에서 그가 만나는 유일한 생존자는 게임의 내레이터인 노인 룩스입니다. 룩스는 그에게 카엘론디아를 한때 움직이게 했던 코어를 수집하라고 지시합니다. 바스티온의 장치는 결정체 코어의 힘을 사용하여 육지와 구조물을 만들 수 있으며, 키드가 공중으로 이동할 수 있는 "하늘길"을 통해 더 멀리 여행할 수 있게 합니다.
여정 중에 키드는 두 명의 생존자를 만납니다: 카엘론디아와 전쟁을 했던 지하 거주민 우라의 대사인 줄프와 카엘론디아에서 자란 우라 소녀 지아입니다. 두 사람은 바스티온으로 돌아오지만, 키드가 발견한 일기를 읽은 줄프는 바스티온의 중앙 장치(기념비)의 일부를 고의로 손상시키고 우라 지역으로 돌아갑니다. 키드는 그 일기가 지아의 아버지 벤의 것이었다는 것을 알게 되며, 벤은 카엘론디아 사람들을 위해 일했던 인물입니다. 그는 카엘론디아 과학자들("맨서")이 우라를 완전히 파괴하기 위해 만든 무기를 만드는 데 도움을 주었습니다. 벤은 그 무기가 역효과를 일으키도록 조작하여, 결국 강제로 발동하게 되었을 때 재앙이 카엘론디아의 대부분을 파괴하게 만들었습니다.
줄프가 바스티온에 입힌 피해를 복구하기 위해, 키드는 코어의 하위 형태인 조각을 수집하기 시작합니다. 필요한 마지막 조각을 얻었을 때, 우라가 바스티온을 공격하여 피해를 입히고 지아를 납치합니다. 다음 7일 동안 키드는 우라 지역에서 간헐적인 전투를 벌입니다. 결국 우라 전초 기지를 뚫고 지아를 만났을 때, 그녀는 우라와 자발적으로 떠났다고 말하며 그들의 의도를 알아보려 했다고 전합니다. 룩스는 이전에 지아에게 바스티온이 재앙을 어떻게든 고칠 수 있는 능력이 있다고 말했습니다. 키드는 한때 지하에 있었던 우라의 고향으로 마지막 조각을 회수하러 갑니다. 그곳에서 그는 줄프가 자신의 동족에게 공격받고 있는 모습을 발견합니다: 키드와의 전투로 우라의 군대가 황폐해졌고, 그들은 줄프가 키드를 그들의 집으로 데려왔다고 비난합니다. 키드는 줄프를 돕기 위해 무기를 내려놓거나 그를 두고 떠날 수 있습니다. 줄프를 두고 떠난다면, 키드는 우라의 잔재를 파괴하고 하늘길을 통해 탈출합니다. 줄프를 데리고 간다면, 우라의 궁수들이 처음에는 그들에게 발포하지만 결국 사격을 중단하고 키드와 줄프가 하늘길을 통해 바스티온으로 돌아가는 모습을 조용히 지켜봅니다.
키드가 돌아와 회복한 후, 룩스는 그에게 또 다른 선택을 줍니다: 그는 바스티온을 재앙 이전으로 시간을 되돌려 재앙을 막으려 하거나, 생존자들을 대피시켜 안전한 곳으로 이동할 수 있습니다. 룩스는 시간이 되돌려지면 재앙이 다시 발생하지 않을 방법이 있는지 확신하지 못합니다. 게임은 어떤 식으로든 끝나며, 캐릭터들의 이미지(플레이어가 줄프를 구출하기로 선택했다면 줄프도 포함됨)가 하늘로 날아가는 모습이나 재앙 이전의 그들의 삶과 함께 크레딧이 흐릅니다. 게임을 한 번 클리어한 후 잠금 해제되는 뉴 게임+ 모드에서는 세상을 복원하는 것이 재앙을 막지 못했다는 암시가 주어집니다.
The game takes place in the aftermath of the Calamity, a catastrophic event that suddenly fractured the city of Caelondia as well as the surrounding areas of the game's world into many floating pieces, disrupting its ecology and reducing most of its people to ash. Players take control of the Kid, a silent protagonist who awakens on one of the few remaining pieces of the old world and sets off for the eponymous Bastion, where everyone was supposed to go in troubled times. The only survivor he meets there is an elderly man named Rucks, the game's narrator, who instructs him to collect the Cores that once powered Caelondia. A device in the Bastion can use the power of the crystalline Cores to create landmasses and structures, as well as enable the Kid to travel farther afield via "skyways" that propel him through the air.
During his quest, the Kid meets two more survivors: Zulf, an ambassador from the Ura, underground-dwelling people with whom Caelondia was once at war; and Zia, an Ura girl who was raised in Caelondia. Both of them return to the Bastion, but upon reading a journal that the Kid discovers, Zulf intentionally damages parts of the Bastion's central device (the monument) and returns to Ura territory. The Kid learns that the journal belonged to Zia's father, Venn, who had worked for the Caelondians. He had helped Caelondian scientists ("Mancers") build a weapon intended to destroy the Ura completely to prevent another war. Venn rigged the weapon to backfire, so that when he was finally forced to trigger it, the resulting Calamity destroyed most of Caelondia as well.
To repair Zulf's damage to the Bastion, the Kid starts collecting Shards, a lesser form of Cores. As he obtains the penultimate shard needed, the Ura attack the Bastion, damaging it and abducting Zia. In the next seven days, The Kid engages in sporadic skirmishes in Ura territory. When he finally blasts through an Ura outpost and meets Zia, she tells him that she had left with the Ura voluntarily to find out their intentions; Rucks had previously told Zia that the Bastion had the ability to somehow fix the Calamity. The Kid travels to the once-underground Ura homeland to retrieve the last shard. There, he discovers Zulf being attacked by his own people: the battle with Kid has devastated the Ura forces, and they blame Zulf for bringing the Kid to their home. The Kid can choose to drop his weapon to help Zulf or leave him. If he leaves Zulf behind, the Kid destroys the remnants of the Ura and escapes through a skyway. If he chooses to carry Zulf, Ura archers initially open fire on them but ultimately cease fire and watch silently as the Kid and Zulf take the skyway back to the Bastion.
After the Kid returns and recovers, Rucks gives him another choice: He can have the Bastion rewind time to before the Calamity in the hopes of preventing it, or use it to evacuate the survivors and move on to somewhere safe. Rucks is unsure if there is any way to prevent the Calamity from reoccurring if the time is rewound, as there was no way to test the process. The game ends either way, showing images of the characters (with the inclusion of Zulf if the player chose to rescue him) flying away or of their lives before the Calamity along with the credits. In the New Game+ mode, which is unlocked after beating the game once, it is hinted that restoring the world didn't prevent the Calamity.