2016년 8월 17일, 제너럴 셰퍼드를 죽인 지 몇 시간 후, 프라이스 대위와 니콜라이가 아프가니스탄의 호텔 브라보 기지에서 죽어가는 존 "솝" 맥타비시를 구출합니다. 솝은 인도 히마찰 프라데시의 니콜라이의 충성파 동맹이 운영하는 안전한 집에서 치료를 받지만, 블라디미르 마카로프의 부대가 이 삼인방을 죽이기 위해 도착합니다. 의사가 총에 맞고 쓰러지자, 니콜라이의 최고의 병사 유리가 솝에게 아드레날린 주사를 놓아 심장을 유지하게 하고, 안전한 탈출 경로를 확보하는 데 도움을 줍니다.
한편, 미국 수도가 확보되었음에도 불구하고 러시아와 미국 간의 전쟁은 계속됩니다. 델타 포스의 메탈 팀은 서전 Derek "프로스트" 웨스트브룩, "그린치", "트럭" 그리고 그들의 지휘관 "샌드맨"으로 구성되어 뉴욕시 로어 맨해튼 침공에서 러시아 군대의 철수를 촉진합니다. 그들은 뉴욕 증권 거래소 위의 방해탑을 파괴한 후, 미 해군 SEAL의 도움을 받아 이스트 리버에서 러시아 오스카 II 잠수함을 납치하여 자국 함대에 대한 무기로 사용합니다. 결국 러시아는 미국 동부 해안에서 군대를 철수합니다.
2016년 10월 4일, 러시아 대통령 보리스 보르셰프스키가 함부르크에서 미국과의 평화 회담 계획을 발표합니다. 그러나 비행 중 마카로프의 부하들이 보르셰프스키의 비행기를 납치하고 공항 활주로에 강제로 착륙시킵니다. F.S.O. 요원 안드레이 하르코프가 보르셰프스키를 보호하려 하지만, 마카로프가 F.S.O.가 대피 헬리콥터라고 믿는 곳에 나타나 그를 죽입니다. 마카로프는 대통령을 납치하고 그의 딸 알레나를 포획하고 고문하여 대통령이 러시아의 핵무기 접근을 허락하도록 강요할 계획을 세웁니다.
On August 17, 2016, hours after killing General Shepherd, Captain Price and Nikolai evacuate a dying John "Soap" MacTavish from Site Hotel Bravo, Afghanistan. Soap receives medical attention in a safehouse run by Nikolai's Loyalist allies in Himachal Pradesh, India, but Vladamir Makarov's forces arrive in an attempt to kill the trio. After the doctor is shot down, Yuri, Nikolai's best soldier, who has as much a grudge against Makarov as Price, gives Soap an adrenaline shot to keep his heart going, and helps secure a safe route out of the country.
Meanwhile, the war between Russia and the United States continues, despite the U.S. Capital being secured. The actions of Delta Force's Team Metal — made up of Sgt. Derek "Frost" Westbrook, "Grinch", "Truck", and their C.O. "Sandman" facilitates the Russian army's withdrawal from the invasion of Lower Manhattan, New York City. They begin by destroying a jamming tower on top of the New York Stock Exchange, then hijack a Russian Oscar II submarine in the East River with the assistance of the US Navy SEALs, in order to use its ordnance against its own fleet. Eventually, Russia pulls back its forces from the US East Coast.
On October 4, 2016, Russian President Boris Vorshevsky announces his plans to make peace with the U.S. at a summit in Hamburg. However, during the flight, Makarov's men hijack Vorshevsky's plane and force it into a crash landing on the tarmac of an airport. F.S.O. Agent Andrei Harkov attempts to secure Vorshevsky, but is killed when Makarov appears inside what the F.S.O. believe to be a evacuation helicopter Makarov kidnaps the President, and plans to capture and torture his daughter Alena, to force the President to give Makarov access to the Russian nuclear arsenal that has the capability and destructive power to destroy the entire continent of Europe.