안드로메다 은하의 깊은 곳에는 알골 별계가 있다. 모항성인 알골(시간의 흐름에 따라 "알고"라고 불림) 주위를 세 개의 행성이 돌고 있다. 첫 번째는 정부의 본거지인 팜("팔마")이다. 여기에는 주지사, 재무관, 그리고 위대한 사상가들이 일상 생활의 소란에서 벗어나 거대한 상아탑에 거주하고 있다. 다음은 빛나는 보석 모타("모타비아")이다. 한때 개미사자들이 득실거리던 건조한 사막 행성이었던 모타는 푸르고 초록의 열대 낙원으로 변모했다. 돔 형태의 농장에서 작물이 자라고, 물은 댐으로 조절된 강으로 흐른다. 모타의 삶은 달콤하고 평화로우며 편안하다. 사람들은 원하는 모든 것을 가지고 있으며 일할 필요가 없다. 가장 먼 곳에는 얼음 행성인 데조("데조리스")가 있다. 이 신비롭고 어두운 행성에 대한 정보는 거의 알려져 있지 않다.
알리스와 그녀의 친구들이 악의 라식으로부터 알고를 해방시킨 지 천 년이 지났다. 그 이후로 알고는 어머니 두뇌라는 거대한 컴퓨터의 보살핌 아래 번영해왔다. 어머니 두뇌는 기후 조절 타워, 생물 시스템 연구소, 그리고 모타의 사람들이 필요로 하는 모든 것을 조절한다.
게임은 롤프가 이상한 반복적인 악몽을 회상하는 것으로 시작된다. 꿈 속에서 롤프는 자신이 알지 못하는 어린 소녀(알리스와 닮은)와 악마가 싸우고 있는 장면을 본다. 마침내 악마가 그녀를 죽이기 직전, 롤프는 깨어난다. 모타의 수도 파세오에 있는 자신의 집에서 롤프는 중앙 타워로 가서 모타의 정부 수장인 사령관과 만나 새로운 임무를 받는다.
첫 번째 위협은 위험한 바이오 몬스터(생물학적으로 변형된 동물)의 증가이다. 롤프는 고양이 같은 특징을 가진 동료 네이와 함께 조사에 나서고, 각기 다른 목적을 가진 여섯 명과 함께 동행한다. 그 과정에서 이들은 네이퍼스트라는 인간-바이오 몬스터 하이브리드를 발견하고, 그녀는 네이의 기원이 자신의 것과 같다는 것을 밝힌다. 바이오 몬스터의 일부분인 그녀는 사회에서 추방당해 인류를 증오하게 되었고, 이로 인해 모타의 기후 조절 시스템과 생물 시스템 연구소를 파괴하려 한다. 네이는 네이퍼스트와 맞서 일대일 전투를 벌이지만 패배하고 죽게 된다. 고통에 찬 롤프와 남은 일행은 네이퍼스트를 물리쳐 모타의 바이오 몬스터 위험을 종식시킨다.
하지만 이로 인해 또 다른 사건이 발생한다: 폭발의 충격으로 중앙 호수, 즉 모타의 주거용 저수지가 넘쳐흐르게 된다. 대홍수를 막기 위해 롤프와 그의 친구들은 주변의 네 개 댐을 열기로 결정한다. 마지막 댐을 해제한 후, 그들은 어머니 두뇌의 보안 로봇에게 붙잡히고 가이라 위성에서 사형을 선고받는다. 그러나 위성이 오작동하여 팜과 충돌하며 두 곳 모두 파괴된다. 롤프와 일행은 우주 해적 타일러에 의해 간신히 구출된다.
그들은 모타의 마지막 비행기를 타고 데조로 향한다. 행성의 먼 구석에는 에스퍼 맨션이 있다. 그곳에 도착하자 롤프는 전설적인 루츠를 오랜 잠에서 깨운다. 루츠는 롤프의 과거의 비밀과 알고가 현재 직면하고 있는 운명과 파괴와 관련된 어머니 두뇌의 어두운 비밀을 밝힌다. 시스템을 구하기 위해 영웅들은 어머니 두뇌가 있는 우주선 노아의 적들에 맞설 수 있는 강력한 네이 무기를 찾기 위해 네 개의 숨겨진 던전을 탐험한다.
결국 다크 포스가 롤프가 직면한 모든 위협의 배후에 있었음이 드러난다. 롤프는 두 악의 존재와 맞서 싸워 그들을 물리친다. 최종 전투 후, 루츠는 그에게 배에 아직 생존자가 남아 있다고 경고한다: 지구의 남은 생존자들이다. 그들은 자신들이 알고의 자원을 희생하면서까지 탐욕스러운 생활을 만족시키기 위해 어머니 두뇌를 만들었다고 밝히고, 영웅들과 지구인들 간의 전투가 벌어진다. 게임은 그 싸움의 결과가 밝혀지지 않은 채 열린 결말로 끝난다.
Somewhere deep within the Andromeda Galaxy lies the Algol Star System. The parent star, Algol (referred to as "Algo" by this point in the timeline), has three planets orbiting about it. First is Palm ("Palma"), the home of the government. Governors, treasurers, and great thinkers dwell here in great ivory towers, away from the hubbub of everyday life. Next is Mota ("Motavia"), the shining jewel. Once a dry desert planet infested with ant lions, Mota has been transformed into a blue and green tropical paradise. Domed farms grow crops, and the water is regulated into dammed rivers. Life on Mota is sweet, peaceful, and easy. The people have everything they want and do not need to work. Farthest out is Dezo ("Dezoris"), the ice planet. Little is known about this mysterious and dark planet.
One thousand years have passed since Alis and her friends liberated Algo from the evil Lassic. Algo has since prospered under the care of a giant computer called the Mother Brain. The Mother Brain regulates the climatrol tower, the bio-systems lab, and all other things that provide whatever the people in Mota need.
The game begins with the character Rolf recalling a strange recurring nightmare he has been having. In the dream, a young girl who Rolf does not recognize (but who resembles Alis) is battling a demon. Finally, just before the demon would kill her, Rolf awakens. From his home in Paseo, Mota's capital, Rolf goes to the central tower to meet with the commander, the head of government on Mota, in order to receive his newest mission.
The first threat is an increase in dangerous biomonsters (biologically altered animals). Rolf sets off with his companion Nei, a humanoid with cat-like features, to investigate, accompanied by six others with each different, but same purpose. Along the way, the group discovers a human-biomonster hybrid named Neifirst, who reveals that Nei's origins are the same as her own. Being part biomonster, she is an outcast from society, causing her to loathe mankind and, because of this, sabotage both Mota's climate control system and the biosystems laboratory. Nei confronts Neifirst and battles her in a one-on-one fight, but is defeated and killed. Anguished, Rolf and the remaining party defeat Neifirst, bringing an end to Mota's Biomonster hazard.
However, this sets another incident in motion: the exploding impact causes the central lake, the residential reservoir of Mota, to overflow with water. To prevent a massive flood, Rolf and his friends decide to open up the surrounding four dams. After unlocking the last one, they are captured by Mother Brain's security robots and sentenced to death upon the Gaira satellite. However, the satellite malfunctions and collides with Palm, destroying both. Rolf and company are rescued in the nick of time by a space pirate, Tyler.
The group boards Mota's last plane to Dezo. Located at a far corner of the planet is the Esper Mansion. Upon reaching there, Rolf awakens the legendary Lutz from a long sleep. Lutz reveals the secrets of Rolf's past, as well as the dark secret of Mother Brain which relates to the fate and destruction Algo is now facing. In order to save the system, the heroes seek to recover the powerful Nei arsenal, found in four hidden dungeons, capable against the enemies on the spaceship Noah, where Mother Brain resides.
It is eventually revealed that Dark Force has been behind every threat Rolf has faced, including Mother Brain itself. Rolf confronts the two evil entities and defeats them. After the final battle, Lutz alerts him that there are still people on the ship: the remaining survivors from Earth. They reveal they created Mother Brain to satisfy their greedy lifestyle at the expense of Algo's resources, and a fight between the heroes and the earthmen ensues. The game ends there on an open-ended note, with the outcome of the fight left unrevealed.