페르시아의 샤라만 왕과 그의 아들, 단순히 왕자라 불리는 인물은 아자드로 가는 길에 인도를 지나며 지역 마하라자의 배신자 비지르의 도움을 받아 도시를 정복합니다. 전투 중 왕자는 첫 전투에서 명예와 영광을 얻고자 마하라자의 보물 창고로 직행하며, 그곳에서 신화적인 시간의 모래가 안전하게 담긴 모래시계와 시간을 짧게 되돌릴 수 있는 시간의 단검을 발견합니다. 왕자가 단검을 아버지에게 보여주자, 배신자 비지르는 그것을 대가로 요구하지만 샤라만 왕은 거부합니다. 페르시아 군은 마하라자로부터 포로로 잡은 재산과 함께 아자드로 계속 나아가고, 그 중에는 마하라자의 아름다운 딸인 파라 공주도 포함되어 있습니다.
아자드에서 비지르는 이제 샤라만 왕의 하수인이 되어 왕자를 속여 단검을 사용해 모래시계에서 시간의 모래를 풀어놓게 합니다. 끔찍한 모래폭풍이 왕국을 휩쓸고, 시간의 모래는 궁전의 모든 주민을 괴물로 변하게 만듭니다. 왕자, 파라, 비지르만이 소지품 덕분에 변하지 않고 남아 있습니다; 각각 단검, 메달리온, 지팡이를 가지고 있습니다. 재앙 속에서 비지르는 왕자에게 단검을 요구하지만 왕자는 거부하고 탈출합니다.
왕자는 곧 파라와 팀을 이루어 시간의 모래를 모래시계로 되돌리려 합니다. 비지르는 그것을 새벽의 탑 꼭대기로 옮깁니다. 궁전을 지나면서 이들은 끊임없이 모래 괴물(모래에 사로잡힌 샤라만 왕을 포함하여)과 그 생물들을 죽이기 위해 작동된 치명적인 함정에 의해 방해받습니다. 왕자는 점점 지쳐가고 그의 왕자 갑옷은 찢어지고 몸은 피투성이가 됩니다.
처음에 왕자는 페르시아인들이 파라를 학대했기 때문에 그녀를 신뢰하지 않지만, 시간이 지남에 따라 두 사람은 가까워지기 시작합니다. 새벽의 탑을 오르는 동안 치열한 전투 후, 그들은 모래시계에 도달하고 임무를 완수할 준비를 하다가 왕자가 주저하게 되고, 파라의 진짜 동기를 의심하게 됩니다. 파라가 왕자를 설득하기도 전에 비지르가 두 사람을 맞닥뜨리고 마법의 힘으로 그들을 무덤에 가두어 버립니다.
무덤에서 죽음을 기다리며 파라는 왕자에게, 자신도 폐쇄공포증이 있음을 밝히며, 어릴 적 어머니가 알려준 비밀의 마법 단어에 대한 이야기를 합니다. 그 단어는 그녀가 두려운 것에서 벗어날 수 있도록 도와주는 것이었습니다: "카콜루키아".
왕자가 그 단어를 반복하자, 마치 마법처럼 왕자는 신비로운 터널에 놓이게 되고, 그 터널은 꿈같은 목욕탕으로 이어집니다. 그곳은 왕자가 이전에 건강을 회복하기 위해 사용했던 마법의 분수와 유사합니다. 그곳에서 그는 파라가 그를 목욕에 초대하는 것을 만나고, 그들이 목욕을 하면서 왕자와 파라는 마침내 사랑을 나누고 위험한 상황 속에서 서로에게 위안을 찾습니다. 이후 왕자가 깨어나 보니 다시 무덤에 있었고, 마법의 동굴은 단지 꿈에 불과했음을 깨닫습니다. 하지만 그는 파라가 그 꿈을 공유했다고 믿습니다. 그러나 파라, 단검, 그리고 그의 검은 사라지고, 그를 시간의 모래로부터 보호해 줄 수 있는 것은 오직 파라의 메달리온뿐입니다.
왕자는 모래 괴물을 접촉하는 즉시 파괴하는 새로운 검을 찾아내고, 다시 한 번 새벽의 탑 꼭대기에서 파라를 추격합니다. 왕자가 마침내 꼭대기에 도달하자, 그는 파라가 모래 괴물에게 압도당하고 있는 모습을 발견하고, 그녀는 단검에 의해 절벽에 매달려 있습니다. 왕자는 단검을 잡고, 파라는 왕자가 자신을 구하기 위해 죽을 것임을 깨닫고 대신 자신을 희생하며 단검을 놓습니다. 게임의 예언대로 "살고 싶다면 사랑 속에서 죽어라"라는 말처럼 그녀는 아래의 모래시계 방으로 떨어져 죽습니다. 왕자는 단검을 사용해 그녀를 구하려 하지만, 파라가 모든 모래를 사용했기 때문에 모래 탱크는 비어 있습니다. 연인인 파라의 죽음에 분노한 왕자는 단검을 사용해 탑의 마지막 모래 괴물들을 학살하고, 파라의 시체 위에서 슬퍼합니다. 왕자가 애도하는 동안 비지르가 그림자에서 나타나 왕자에게 그의 악한 계획에 동참할 것을 제안하며 영원한 생명을 약속합니다. 하지만 왕자는 사랑했던 이들이 죽었기 때문에 분노하며 거부하고, 비지르가 그를 막기 전에 왕자는 시간의 단검을 모래시계에 찔러 넣어 마하라자의 왕국 침공 전날 밤으로 시간을 되돌립니다. 왕자는 여전히 시간의 단검을 가지고 깨어나 비밀리에 파라의 침실로 가서 그녀에게 모든 이야기를 들려줍니다. 그러나 파라는 그것이 아직 일어나지 않았기 때문에 기억하지 못합니다. 그러나 비지르는 왕자를 발견하고, 그의 계획된 배신이 이미 드러날까 두려워 파라와 왕자를 모두 죽이려 합니다. 그는 결핵에 걸려 어떤 경우에도 죽을 것이며, 그의 계획은 임박한 죽음을 영원한 생명으로 고치려는 것이라고 말합니다. 이어지는 전투에서 왕자는 비지르를 죽입니다. 그 후 그는 시간의 단검을 파라에게 돌려주고, 파라는 왜 왕자가 비지르의 배신을 증명하기 위해 믿기 힘든 이야기를 만들어냈는지 묻습니다. 왕자는 파라에게 키스를 하고 그녀가 기억하길 바라지만, 그녀는 그의 접근을 거부합니다. 그래서 왕자는 단검을 사용해 그 키스를 지우고 대신 그것이 단지 이야기였다고 거짓말합니다. 그러나 파라가 왕자에게 그의 이름을 묻자, 그는 "그냥 카콜루키아라고 불러"라고 대답한 후 떠나고, 파라는 놀라움을 금치 못합니다.
King Sharaman of Persia and his son, known only as the Prince, pass through India en route to Azad and conquer a city with the aid of the local Maharajah's traitorous Vizier. During the battle the Prince seeks to win honour and glory in his first battle and heads straight to the Maharajah's treasure vaults, where he discovers the mythical Sands of Time safely contained within their Hourglass and the Dagger of Time, which he quickly learns can turn back time a short amount. When the Prince presents the dagger to his father, the traitorous Vizier demands it as payment, but is refused by King Sharaman. The Persians then continue on their journey to Azad with the wealth of prisoners taken from the Maharajah, among them the Maharajah's beautiful daughter, Princess Farah.
In Azad, the Vizier, now in the service of King Sharaman, tricks the Prince into using the Dagger to release the Sands of Time from the Hourglass. A horrific sandstorm engulfs the kingdom and the Sands of Time turn all the occupants of the palace into monsters. Only the Prince, Farah, and the Vizier remain unchanged due to their possessions; a dagger, a medallion, and a staff, respectively. Amid the catastrophe, the Vizier demands the dagger from the Prince, who refuses and manages to escape.
The Prince soon teams up with Farah in an attempt to return the Sands of Time to the Hourglass, which the Vizier moves to the top of the Tower of Dawn. As they progress through the palace the pair are constantly waylaid by Sand Monsters (including a sand-possessed King Sharaman) and the deadly network of traps set in motion in the hopes of killing the creatures. The Prince becomes steadily more worn until his princely armor is mere shreds and his body covered in bloody wounds.
While initially the Prince does not trust Farah because of the Persians' mistreatment of her, the two begin to grow closer as time goes on After a terrific battle in the ascent of the Tower of Dawn, they reach the Hourglass and are about to complete their mission when the Prince hesitates, suddenly suspicious of what Farah's motives really are. Before Farah can convince the Prince otherwise, the Vizier confronts the pair and uses his magical powers to trap Farah and the Prince in a tomb.
As they wait to die in the tomb Farah tells the Prince, who similarly reveals his claustrophobia, a story she had never told anyone before, about a time when she was little, when her mother told her about a secret magic word which would help her escape anything that scared her: "Kakolookia".
As soon as the Prince repeats the word, as if by magic, the Prince finds himself in a mysterious tunnel which winds down into a dreamlike bathhouse that resembles the magic fountains that the Prince earlier used to increase his health. There he meets Farah inviting him to join her bath; as they bathe, the Prince and Farah finally make love and find comfort in each other amid their perilous situation. When the Prince awakens afterwards, he finds himself back in the tomb and discovers that the magical cavern was just a dream, but he believed that Farah had shared it as well. However Farah, the Dagger, and his sword are gone, leaving him with only Farah's medallion to protect him from the Sands of Time.
The Prince, having found a new sword which destroys the sand monsters on contact, pursues and catches up to Farah once more atop the Tower of Dawn, which he must climb from the outside. When the Prince finally reaches the top, he finds Farah being overwhelmed by the sand monsters and she dangles over a cliff by the Dagger, while the Prince grab the blade; and Farah, realizing that the Prince will die to save her, instead sacrifices herself and lets go of the Dagger; and true to the game's prophecy "if you want to live, die in love" she falls to her death in the Hourglass room below. The Prince then tries to use the dagger to save her, but finds the sand-tanks empty since Farah had used them all. Enraged by his lover's death, the Prince uses the Dagger to massacre the last of the sand monsters in the tower and descends to weep over Farah's body. As the Prince mourns, the Vizier emerges from the shadows and offers the Prince a partnership in his evil plan, promising him eternal life; however the Prince angrily refuses because those he loved had died, and before the Vizier can stop him, the Prince drives the Dagger of Time into the Hourglass, rewinding time to the night before the invasion of the Maharajah's kingdom. The Prince awakens, still with the Dagger of Time, and secretly finds his way to Farah's bedroom, where he tells her the whole story, which she does not remember as it had not happened yet. However, the Vizier discovers the Prince, and fearing his planned treachery already revealed, attempts to kill both Farah and the Prince, telling that he suffered from consumption and would die in any event and that his plan was to cure his imminent death with eternal life. In the ensuing battle the Prince kills the Vizier. He then returns the Dagger of Time to Farah, who asks why the Prince invented such an unbelievable story to prove the Vizier's treachery. The Prince then kisses Farah, hoping she'll remember; but she rebuffs his advance, and so the Prince uses the dagger to erase the kiss, and instead he falsely tells her that it was just a story. But when Farah asks the Prince his name, he replies, "Just call me Kakolookia", before departing, leaving Farah amazed.
