게임은 오로쿠 사키의 마천루에서 풋 클랜과 헌과의 전투로 시작된다. 풋은 패배하고, 마스터 스플린터는 신비롭게 사라진다. 거북이들은 "T.C.R.I."라는 표지가 붙은 건물의 흔적을 쫓아가고, 그곳에서 무해한 외관 아래 숨겨진 기괴한 비밀을 발견하게 된다: 그곳의 직원들은 뇌 같은 외계 종족인 우트롬이다. 이 이상한 새로운 적들과 싸우는 동안, 거북이들은 우연히 은하계의 다른 지점으로 텔레포트되어 D'Hoonib에서 퓨지토이드 교수 허니컷을 만나고, 트리세라톤과 연합 간의 전쟁에 휘말리게 된다 - 두 진영 모두 허니컷의 기술을 노리고 있다. 그 과정에서 그들은 슬래셔라는 이름의 은하계 현상금 사냥꾼을 만나게 된다. 우주에서 가장 강력한 현상금 사냥꾼으로 알려진 슬래셔는 어린 시절 허니컷이 전해 들었던 전설의 인물이다. 아이러니하게도, 슬래셔는 트리세라톤에 의해 허니컷을 잡으라는 의뢰를 받아 그를 쫓고 있다. 거북이들이 그를 이기자, 슬래셔는 하마토 요시에 대한 지식을 가지고 있다고 밝히고 떠난다. 트리세라톤 고향 세계를 탈출하기 전에, 거북이들은 글래디에이터로 싸우도록 강요당했던 고귀한 트리세라톤 전사 트락시무스를 친구로 삼고 그를 구출한다.
지구와 T.C.R.I. 건물로 돌아오자, 우트롬들이 부상당한 스플린터를 구출하여 돌보고 있었다는 사실이 밝혀진다. 우트롬들은 TMNT와 스플린터를 가상 현실 기계에 넣어 그들의 기원을 더 잘 설명해준다. 수백 년 전, 우트롬들은 그들의 종족 중 살인적인 반역자 Ch'rell을 수송하며 은하계를 여행하고 있었다. 그들의 우주선은 일본에 있는 지구에 추락하고, Ch'rell은 탈출하며 우트롬들은 고향으로 돌아가기 위해 지구 기술이 그들의 기술에 따라잡기를 기다려야 했다. 시간이 지나고, 우트롬들이 몇몇 인간을 가디언 닌자로 모집한 후, 우트롬들은 '더 슈레더'라는 중무장한 군벌에게 매복당한다. 한편, 현실 세계에서 배스터 스톡맨은 가상 현실 기계를 방해하고, 그 안의 위험이 거북이들과 스플린터에게 현실로 나타난다. 슈레더와 그의 봉건 풋 닌자를 물리친 후, 거북이들은 우트롬 모르투를 만나 그들이 현실 세계로 돌아갈 수 있는 장치를 받는다. 불행히도, 그들이 돌아가자 슈레더와 풋이 T.C.R.I. 건물을 공격하고 있다. 전투 중 유기적 파괴 장치가 설치되고, 우트롬들은 그들의 트랜스마트를 통해 탈출한다. 거북이들은 슈레더가 그들을 쫓기 전에 그를 물리치고, 이 슈레더가 그들이 봉건 일본에서 보았던 동일한 인물일 뿐만 아니라, 악의 우트롬 Ch'rell이라는 사실이 밝혀진다! 거북이들은 장치가 폭발하기 전에 건물을 탈출하지만, Ch'rell은 그렇게 운이 좋지 않다.
거북이들은 나중에 하수구에서 레더헤드라는 이름의 거대한 인체형 악어를 만난다. 작은 싸움이 벌어진 후, 레더헤드는 자신과 거북이들이 같은 편이라는 것을 깨닫는다. 그는 자신의 기원을 이야기한다; 그는 한때 아기 악어였고, 우트롬에게 발견되어 입양되었다. 레더헤드는 레트로뮤타겐 오즈와 접촉하게 되어 현재의 모습이 되었고, 거북이들과 마찬가지로 변하게 되었다. 그는 우트롬들과 함께 살며 그들을 가족으로 여겼다. T.C.R.I. 건물이 폭발했을 때, 그는 하수구로 도망쳐 거북이들의 옛 은신처에 거주하게 되었고, 우트롬들을 따라가기 위해 자신의 트랜스마트를 만들려고 했다. 불행히도, 그의 파트너는 바로 배스터 스톡맨으로, 우트롬들과의 동맹을 가장하고 있었다. 배스터는 자신의 정체가 탄로 날 것을 깨닫고 화학 탱크를 던지고 도망쳐 레더헤드의 은신처 천장이 무너지는 원인이 된다. 레더헤드는 무너지는 잔해를 지탱하며 새로운 친구들에게 도망치라고 재촉한다. 거북이들은 레더헤드 위로 천장이 완전히 무너지는 것을 보기 직전에 간신히 탈출한다.
The game begins with a battle with the Foot Clan and Hun in Oroku Saki's skyscraper. The Foot is defeated, and Master Splinter mysteriously disappears. The Turtles chase the trail down to a building marked "T.C.R.I.", which proves to hide a bizarre secret beneath its innocuous exterior: its employees are members of a brain-like alien race, the Utroms. Whilst battling these strange new foes, the Turtles are accidentally teleported to different points across the galaxy, meeting the Fugitoid Professor Honeycutt on D'Hoonib, and end up as crossfire in the war between the Triceratons and Federation - both sides are after the Fugitoid for his technology. Along the way, they come across an intergalactic bounty hunter named Slashuur. Said to be the most powerful bounty hunter in the universe, Honeycutt heard legends of him as a young child. Ironically, Honeycutt is who Slashuur is after, having been hired by the Triceratons to capture him. After the Turtles beat him, Slashuur reveals that he has knowledge of Hamato Yoshi before taking his leave. Before escaping the Triceraton Homeworld, the Turtles befriend and free a noble Triceraton warrior who had been forced to fight as a gladiator, Traximus.
Upon returning to Earth and the T.C.R.I. building, it is revealed that the Utroms had rescued an injured Splinter and were caring for him. The Utroms place the TMNT and Splinter in a virtual reality machine to better explain their origins to them. Hundreds of years ago, the Utroms were traveling across the galaxy, transporting a murderous rogue of their species, Ch'rell. Their ship crashes on Earth in the country of Japan. Ch'rell escapes, while the Utroms are forced to wait for Earth technology to catch up with their own, so they can return home. Some time later, after the Utroms have enlisted the help of some humans as Guardian Ninja, the Utroms are ambushed by a heavily armored warlord known as The Shredder. Meanwhile, in the real world, Baxter Stockman sabotages the virtual reality machine, and the dangers within become presented as real to the Turtles and Splinter. After defeating Shredder and his Feudal Foot Ninja, the Turtle meet up with the Utrom Mortu, who gives them a device that allows them to return to the real world. Unfortunately, when they get there, they find Shredder and the Foot attacking the T.C.R.I. building. During their fight, an organic destruction device is planted, and the Utrom escape through their Transmat. The Turtles defeat Shredder before he can chase after them, and it is revealed that not only is this Shredder the same one they saw in Feudal Japan, but he also is the evil Utrom Ch'rell! The Turtles escape the building before the device goes off, but Ch'rell is not so lucky.
The Turtles later encounter a gigantic anthropomorphic alligator in the sewers by the name of Leatherhead. After a scuffle, Leatherhead realizes he and the Turtles are on the same side. He tells his own origin; that he was once a baby gator, found by an Utrom and adopted. Leatherhead came into contact with some Retromutagen Ooze, and became as he is currently, just as the Turtles had. He lived with the Utroms, considering them his family. When the T.C.R.I. building exploded, he fled to the sewers and took up residence in the Turtles' old lair, attempting to build a Transmat of his own to follow the Utroms. Unfortunately, it is revealed that his partner in this endeavor was none other than Baxter Stockman, feigning alliance with the Utroms. Baxter, realizing his jig was up, threw a chemical tank and fled, causing the ceiling of Leatherhead's lair to collapse. Leatherhead urges his new friends to escape while he held the collapsing rubble. The Turtles escaped just in time to see the ceiling collapse in its entirety on Leatherhead.