이전 게임 보이 시리즈의 Fall of the Foot Clan과 유사하게, 플레이어는 각 스테이지 전에 거북이들 사이에서 전환할 수 있습니다. 각 거북이는 고유한 강점과 약점을 가지고 있습니다. 도나텔로는 긴 사거리 공격을 하지만 공격 속도가 느리고, 라파엘은 빠르지만 사거리가 매우 짧으며, 레오나르도와 미켈란젤로는 균형 잡힌 성격을 가지고 있습니다. 거북이가 패배하면 적에게 잡히게 됩니다. 모든 거북이가 잡히면 게임이 종료됩니다. 스테이지를 완료한 후, 플레이어는 잡힌 거북이를 구출할 기회를 얻습니다. 거북이가 잡히지 않았다면, 플레이어는 대신 보너스 스테이지에 진입합니다.
이 게임은 일반적인 비트엠업 외에도 지하 레벨에서 거대한 바위를 피하고, 스케이트보드를 타거나 공중 리프트를 오르는 등의 여러 게임 플레이 요소를 포함하고 있으며, 게임은 단순히 좌우로 걷는 2D에서 거북이들이 화면을 자유롭게 돌아다닐 수 있는 더 개방된 지역으로 전환됩니다. 게임의 보스는 표준 악당인 베바프와 록스테디, 백스터 스톡맨, 제너럴 트라그, 그라니터 더 스톤 워리어, 크랭, 슈퍼 슈레더이며, Fall of the Foot Clan과 마찬가지로 크랭이 최종 보스로 등장합니다. 이 게임은 여러 난이도 설정을 가지고 있으며, 레벨에 따라 더 강력한 적들이 등장하거나 보스에게 추가 공격을 부여합니다.
Similar to Fall of the Foot Clan, the previous Game Boy game in the series, the player can switch between turtles before each stage. Each turtle has his own strengths and weaknesses. Donatello has a long range of attack, but attacks slowly, Raphael's attack is fast but has a very short range, and Leonardo and Michaelangelo are well-balanced. When a turtle is defeated, he becomes captured by the enemy. The game is over when all turtles are captured. After completing a stage, the player is given the opportunity to rescue a captured turtle. If no turtles were captured, the player enters a bonus stage instead.
The game features several gameplay elements besides the typical beat-em-ups like dodging huge boulders in the underground levels, going around on skateboards or scaling air lifts, and the game also shifts from being typical 2D just walking left and right to a more open area where the turtles can walk all over the screen. The bosses of the game are the standard villains: Bebop and Rocksteady, Baxter Stockman, General Traag, Granitor The Stone Warrior, Krang, Shredder and Super Shredder, though just like Fall of the Foot Clan, Krang serves as the final boss. The game has several difficulty settings which, depending on the level, make more powerful enemies appear or even give the bosses extra attacks.