게임은 플레이어와 그의 두 친구인 유기 무토와 조이 휠러가 카드 게임 듀얼 몬스터즈의 배틀 시티 토너먼트를 준비하면서 시작됩니다. 토너먼트에서 승리하기 위해 플레이어는 특정 캐릭터를 물리친 후 받는 여섯 개의 로케이터 카드를 얻어야 합니다. 모든 로케이터를 얻은 후, 플레이어는 결승전에 진출하게 됩니다.
하지만, 마리크라는 신비로운 인물이 카드 도둑들로 구성된 갱단인 구울을 이용해 세 개의 이집트 신 카드를 얻어 세상을 어둠으로 몰아넣으려 합니다. 마리크의 희귀 헌터들은 결국 도시 전체를 장악합니다. 카드 가게의 주인조차 마리크를 위해 일하며 플레이어를 죽이려 합니다. 그러던 중 플레이어는 이시즈 이시타르를 만나게 되고, 그녀는 플레이어가 이집트 신 카드를 다룰 수 있을 만큼 강한지를 확인하기 위해 듀얼 몬스터즈 게임에 도전합니다. 그녀가 패배한 후, 플레이어는 토너먼트를 조직한 세토 카이바를 물리쳐 첫 번째 신 카드를 얻어야 합니다.
플레이어가 비행선에서 열리는 결승전에 진출한 후, 마리크와 듀얼을 하게 됩니다. 마리크를 물리친 후, 사실 마리크가 아니었다는 것이 밝혀집니다. 실제 마리크는 게임 초반에 플레이어가 만난 인물로, 유기의 친구가 된 나무입니다. 이후 마리크는 자신이 이긴 사람들의 영혼을 훔치기 시작합니다. 마리크가 카이바를 물리친 후, 플레이어는 유기와 대결해야 합니다. 유기를 물리친 후, 플레이어는 마리크와 맞서야 합니다. 게임은 패배한 후 저장할 수 없으므로, 게임을 클리어하면 마지막 저장 지점에서 다시 시작하게 됩니다.
The game starts when the player and his two friends, Yugi Muto and Joey Wheeler are preparing for the Battle City tournament of the card game, Duel Monsters. In order to win the tournament, the player must obtain six Locator Cards which are received after beating certain characters in Duel Monsters. After all of the locators are obtained, the player is entered into the finals.
However, a mysterious person named Marik has a gang of card thieves, known as the Ghouls, which he is using to obtain the three Egyptian God cards to bring the world to darkness. Marik's Rare Hunters eventually take over the whole city. Even the owner of the card shop works for Marik and tries to kill the player. Then, the player meets Ishizu Ishtar, who challenges them to a game of Duel Monsters, to see if he is strong enough to wield an Egyptian God card. After she is beaten, the player must beat Seto Kaiba, the person that organized the tournament, in order to obtain the first God card.
After the player gets into the finals which take place on a blimp, he Duels Marik. After Marik is beaten, it is found out that it was not really Marik. It was actually one of Marik's servants. The real Marik was the person the player met earlier in the game that became one of Yugi's friends: Namu. Then, Marik starts stealing the souls of those he beats. After Marik defeats Kaiba, the player must challenge Yugi. After Yugi is beaten, the player must face Marik. The game can't be saved after beaten so once the game is beaten, you will restart at the last save point.