게임은 고대 이집트에서 시작되며, 아템 왕자가 친구인 조노와 티아나를 만나기 위해 궁전을 몰래 빠져나갑니다. 그들은 결투장이에서 마법사들이 수행하는 의식을 목격하는데, 이는 그들이 보통 하는 의식보다 훨씬 어두운 것입니다. 의식이 끝난 후, 아템은 제사장 세토와 결투를 벌여 그를 이깁니다.
아템이 궁전으로 돌아오자, 그의 튜터이자 고문인 사이먼 무란이 그를 재빨리 침대로 보냅니다. 사이먼이 떠나자, 경비원이 고위 제사장 헤이신이 이상한 마법을 사용해 궁전을 침입했다는 소식을 전합니다. 무란은 헤이신을 찾기 시작합니다. 무란이 헤이신을 발견하자, 헤이신은 무란에게 어둠의 힘을 찾았다고 말한 후, 밀레니엄 지팡이를 사용해 무란을 공격합니다. 헤이신이 아템을 찾았을 때, 그는 아템에게 밀레니엄 퍼즐을 넘기지 않으면 이집트 왕과 여왕을 죽이겠다고 위협합니다. 무란이 헤이신 뒤에서 나타나 아템에게 퍼즐을 부수라고 말합니다. 아템은 순종하고, 무란은 자신과 아템을 퍼즐 안에 가두어 누군가 퍼즐을 재조립할 때까지 기다리게 합니다.
5000년 후, 유기 무토가 퍼즐을 재조립합니다. 그는 퍼즐 안에서 아템과 대화하고, 아템은 유기에게 여섯 장의 빈 카드를 줍니다. 그 카드의 용도를 모르고 유기는 결투 대회에 가지고 갑니다. 결투자 중 한 명을 이긴 후, 카드 중 하나가 밀레니엄 아이템으로 채워집니다. 카드의 용도를 깨달은 유기는 대회를 마치고 여섯 장의 카드 모두를 밀레니엄 아이템으로 채웁니다. 이를 통해 아템은 자신의 시대로 돌아올 수 있게 됩니다.
자신의 시대로 돌아온 아템은 무란에게 자신이 봉인된 이후의 일들을 듣습니다. 헤이신과 마법사들이 밀레니엄 아이템으로 왕국을 장악했으며, 왕국을 구하기 위해서는 마법사들로부터 아이템을 회수해야 한다고 합니다. 이 말을 전한 후, 무란은 죽습니다.
조노와 티아나를 만난 후, 아템은 파괴된 궁전으로 가서 수색합니다. 그는 세토를 발견하고, 마법사들과 밀레니엄 아이템의 위치가 적힌 지도를 받으며 마법사들을 물리쳐달라고 요청합니다.
아템이 모든 밀레니엄 아이템을 회수한 후, 세토는 그를 헤이신이 있는 곳으로 안내합니다. 헤이신은 밀레니엄 지팡이를 가지고 있습니다. 아템은 헤이신을 이기지만, 세토가 밀레니엄 지팡이를 가지고 있으며 단지 아템을 이용해 아이템을 한 곳에 모으려 했다는 것을 알게 됩니다. 아템은 아이템을 두고 세토와 결투를 벌여 그를 이기지만, 결투 후 헤이신이 아이템을 빼앗아 어둠의 기사(DarkNite)를 소환합니다. 적들을 파괴하기 위해 어둠의 기사를 사용하려 하지만, 권위를 증명할 아이템이 없어 어둠의 기사는 대신 헤이신을 카드로 변환시킵니다. 카드로 변환된 헤이신은 이제 어둠의 기사에게 조롱당한 후 불태워집니다. 아템이 밀레니엄 아이템을 가지고 있음을 보여주자, 어둠의 기사는 그에게 결투를 도전합니다. 아템은 그를 이기고, 어둠의 기사는 다시 나타나 아템에게 도전합니다. 아템은 다시 그를 이기고, 어둠의 기사는 마지못해 원래 있던 곳으로 돌아갑니다. 아템은 그 후 왕좌에 앉아 자신의 백성을 평화롭게 이끌 수 있게 됩니다.
The game begins in ancient Egypt, with Prince Atem sneaking out of the palace to see his friends, Jono and Teana, at the dueling grounds. While there, they witness a ceremony performed by the mages, which is darker than the ceremonies that they normally perform. After the ceremony, Atem duels one of the priests, named Seto, and defeats him.
When Atem returns to the palace, he is quickly sent to bed by Simon Muran, his tutor and advisor. As Simon walks away, he is informed by a guard that the high priest Heishin has invaded the palace, using a strange magic. Muran searches for Heishin. When Muran finds him, Heishin tells Muran that he has found the Dark Power, then uses the Millennium Rod to blast Muran. When Heishin finds Atem, he threatens to kill the Egyptian king and queen if he does not hand over the Millennium Puzzle. Muran appears behind Heishin and tells Atem to smash the puzzle. Atem obeys, and Muran seals himself and Atem inside the puzzle, to wait for someone to reassemble it.
Five thousand years later, Yugi Mutou reassembles the puzzle. He speaks to Atem in the puzzle, and Atem gives Yugi six blank cards. Not sure what they are for, he carries them into a Dueling Tournament. After he defeats one of the duelists, one of the cards is filled with a Millennium item. Realizing what the cards are for, Yugi completes the tournament and fills all six cards with Millennium items. This allows Atem to return to his time.
Once in his own time, Muran tells Atem of what has happened since he was sealed away. Heishin and the mages have taken control of the kingdom with the Millennium items, and that the only way to free the kingdom is to recover the items from the mages guarding them. After passing this on, Muran dies.
After he catches up with Jono and Teana, he goes to the destroyed palace and searches it. He finds Seto, who gives him a map with the locations of the mages and the Millennium items, and asks him to defeat the mages.
After Atem recovers all of the Millennium items but one, Seto leads him to Heishin, who holds the Millennium Rod. Atem defeats Heishin, but discovers that Seto has the Millennium Rod, and merely wanted to use Atem to gather the items in one place. Atem duels Seto for the items and defeats him, but after the duel, Heishin grabs the items and uses them to summon the DarkNite. Hoping to use the DarkNite to destroy his enemies, he doesn't have the item to prove his authority and as a result, the DarkNite instead turns Heishin into a card. Heishin now turned into a playing card, DarkNite now mocks Heishin before incinerating the card. After Atem shows that he had the Millennium Items, DarkNite challenges him to a duel. Atem defeats him, and he transforms into Nitemare, who challenges Atem again. Atem defeats him again, and Nitemare begrudgingly returns from where he came. Atem then is able to take the throne and lead his people in peace.
