이 게임은 15세기 잉글랜드의 랭커스터 가문과 요크 가문 간의 갈등인 장미 전쟁을 loosely 기반으로 하고 있다. 유기 무토는 튜더 가문의 수장인 헨리 튜더 역할을 맡고, 세토 카이바는 요크 가문의 클랜 리더인 크리스찬 로젠크루츠를 연기한다. 시리즈의 다른 캐릭터들은 갈등에 연루된 인물들의 역할과 이름을 맡는다.
플레이어는 "장미 듀얼리스트"를 조종하며, 그는 랭커스터 드루이드에 의해 1485년으로 소환되어 요크 가문을 물리치고 왕좌를 되찾는 데 도움을 준다. 양측은 마법 능력을 가진 여덟 개의 "장미 카드"를 보유하고 있다. 랭커스터 측은 세토의 세력이 자신의 영토를 보호하는 장벽을 만들기 위해 요크 가문의 흰 장미 카드를 사용하고 있기 때문에 이를 원하고, 요크 측은 세토가 금지된 "장미 소환"을 시도하기 위해 모든 16개의 장미 카드가 필요하기 때문에 랭커스터의 빨간 장미 카드를 원한다. 장미 듀얼리스트 또한 자신의 적절한 시간대로 돌아가기 위해 모든 16개의 카드를 필요로 하며, 이는 플레이어가 어느 편을 선택해야 하는 상황을 만든다.
랭커스터 측에 편을 들 경우, 장미 듀얼리스트는 적대자인 맥시밀리언 페가수스, 위빌 언더우드, 렉스 랩터를 물리쳐 요크 세력을 상대하며 흰 장미 카드를 얻는다. 장미 듀얼리스트는 스톤헨지에서 세토를 물리쳐 마지막 장미 카드를 얻지만, 승리는 덧없다. 세토는 그들의 듀얼에서 방출된 힘(장미 듀얼리스트가 현장에 가져온 모든 장미 카드와 함께)이 대소환의 요건을 충족시켰다고 밝히며, 랭커스터 측이 장미 듀얼리스트를 소환하도록 강요하기 위해 요크 측에 충성을 가장했다고 말한다. 세토는 카드 수호자로 알려진 강력한 신화적 인물인 마나위단 팹 리르를 소환하고, 이를 통해 잉글랜드에 대한 자신의 지배를 확립할 계획이다. 장미 듀얼리스트는 마나위단 팹 리르를 물리치고 그를 시간대에서 추방하여 랭커스터의 승리를 보장한다. 에필로그에 따르면, 유기는 잉글랜드의 왕으로 즉위하지만, 장미 듀얼리스트가 소환된 시간대로 돌아갔는지는 알려지지 않는다.
요크 측에 편을 들 경우, 장미 듀얼리스트는 조이 휠러, 테아 가드너, 무토와 같은 유희왕 시리즈의 주인공들과 맞서게 된다. 모든 장미 카드를 모은 후, 세토는 스톤헨지에서 다시 한 번 마나위단 팹 리르를 소환한다. 그러나 이번에는 마나위단이 유희왕 금지된 기억의 나이트메어의 형제임을 드러내며, 그가 이집트에서 형제를 소환한 후 다시 가두었다는 것에 분노한다. 소환을 끝내기 위해 장미 듀얼리스트는 마나위단 팹 리르를 물리쳐야 한다. 듀얼 후, 세토는 장미 듀얼리스트에게 자신의 조상이 진정한 카드 수호자와 계약을 맺었다고 말하며(다시금 금지된 기억을 언급), 장미 듀얼리스트를 흰 장미 펜던트와 함께 버리고 자신의 세력과 함께 잉글랜드를 떠나 랭커스터 측이 왕좌를 차지하게 만든다.
The game is loosely based on the Wars of the Roses, a series of conflicts fought between the House of Lancaster and House of York for control of England in the 15th century. Yugi Mutou takes on the role of Henry Tudor, the head of the House of Tudor, while Seto Kaiba plays Christian Rosenkreuz, the leader of the Yorkist clan force. Other characters from the series take on the roles and names of those involved in the conflict.
The player controls the "Rose Duelist," who is summoned from an unknown time period to 1485 by a Lancastrian druid to help them defeat the Yorkists and reclaim the throne. Both sides have eight "rose cards" with sorcerous abilities. The Lancastrians want the Yorkists' white rose cards because Seto's forces are using their power to create a barrier that protects their territory, and the Yorkists want the Lancastrians' red rose cards because Seto needs all 16 rose cards to attempt a forbidden "rose summoning" that would give the Yorkists great power. The Rose Duelist also requires all 16 cards to conjure enough power to return to their appropriate time period, forcing the player to choose a side.
If the Lancastrians are sided with, the Rose Duelist obtains the white rose cards by defeating the Yorkist forces, which are represented by antagonists Maximillion Pegasus, Weevil Underwood, and Rex Raptor. The Rose Duelist finally defeats Seto for the final rose card at Stonehenge, but the victory is fleeting as Seto reveals that the power released from their duel (along with all of the rose cards brought to the site by the Rose Duelist) has fulfilled the requirements for the great summoning, and that he feigned allegiance to the Yorkists to force the Lancastrians to summon the Rose Duelist in the first place. Seto then summons Manawyddan fab Llyr, a powerful mythological figure known as the card guardian, whom he intends to use to establish his rule over England. The Rose Duelist defeats Manawyddan fab Llyr and banishes him from the time period, ensuring Lancastrian victory. According to the epilogue, Yugi was crowned King of England, but it is unknown whether the Rose Duelist were ever returned to the time period from which they were summoned.
If the Yorkists are sided with, the Rose Duelist will face Yu-Gi-Oh! series protagonists like Joey Wheeler, Téa Gardner, and Mutou. After collecting all of the rose cards, Seto summons Manawyddan fab Llyr once more at Stonehenge. This time, however, Manawyddan reveals himself to be Nitemare's brother from Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories, and he is furious that they summoned his brother in Egypt only to lock him away again. To end the summoning, the Rose Duelist must defeat Manawyddan fab Llyr. After the duel, Seto informs the Rose Duelist that he has been looking for a true card guardian for a long time because an ancestor of his made a pact with one (again, referencing Forbidden Memories). Seto abandons the Rose Duelist with his white rose pendant, and his forces flee England, allowing the Lancastrians to take control of the throne.
