자크와 덱스터: 선조의 유산과 마찬가지로, 게임은 사모스 하가이의 연설로 시작됩니다. 자크, 덱스터, 사모스, 그리고 키라는 선조 유산의 끝에 있는 큰 문 뒤에 숨겨진 선조 장치인 리프트 라이더와 그에 수반되는 리프트 게이트를 활성화하는 과정에 있습니다. 게이트가 활성화되자 큰 형체가 나타나고, 그에 따라 생물들이 몰려듭니다. 자크는 당황하여 리프트 라이더를 활성화하고, 그룹을 게이트를 통해 추진합니다. 그들이 리프트를 통과하는 동안, 라이더는 파괴됩니다. 그룹은 리프트에서 떨어져 분리되지만, 모두 헤이븐 시티에 도착합니다. 자크와 덱스터는 착륙하고, 크림존 경비대의 순찰대에 의해 즉시 식별됩니다. 자크는 구금되고, 덱스터는 그를 구하겠다고 약속합니다(덱스터의 사건을 참조). 2년 후, 자크는 요새에 있으며, 그는 초병 프로그램의 대상이 되어 있습니다. 그의 몸은 어두운 에코로 주입되었습니다. 에롤과 바론 프락시스가 그곳에 있습니다. 그들은 '어두운 전사 프로그램'이 실패했다고 선언합니다. 그들이 떠나자, 덱스터가 자크를 구하러 나타납니다. 덱스터가 제약을 조작하는 동안, 자크는 어두운 전사 프로그램의 궁극적인 목표인 다크 자크로 변신합니다. 그는 제약을 부수고, 첫 마디인 "프락시스를 죽이겠다!"라고 말한 후 정상으로 돌아옵니다. 두 사람은 요새에서 헤이븐 시티로 탈출합니다.
Like Jak and Daxter: The Precursor Legacy, the game's begins with a speech by Samos Hagai. Jak, Daxter, Samos and Keira are in the process of activating the rift rider, the precursor device hidden behind the large door at the end of Precursor Legacy, and its accompanying rift gate. When the gate is activated a large figure steps out, accompanied by a swarm of creatures. Jak panics and activates the rift rider, propelling the group through the gate. As they are travelling through the rift, the rider is destroyed. The group fall out of the rift and are separated, though all find themselves in Haven City. Jak and Daxter land and are immediately identified by a patrol of the Krimzon Guard, led by Captain Erol. Jak is taken into custody, as Daxter promises to rescue him (see the events of Daxter). Two years later, Jak is in the Fortress, where he has been the subject of a super soldier program. His body has been infused with dark eco. Erol and the Baron Praxis are there. They declare the 'Dark Warrior Program' a failure. They leave, just as Daxter appears to rescue Jak. As Daxter fidgets with the restraints, Jak transforms into the Dark Warrior Program's ultimate goal, Dark Jak. He breaks the binds and then returns to normal, after speaking his first words, "I'm going to kill Praxis!" The pair then escape the fortress into Haven City.