퀘스트 포 부티의 끝에서 이어지는 이야기로, 클랭크는 로봇 드. 네파리우스의 의뢰로 조니에 의해 '대시계'라는 곳으로 납치된다. 네파리우스는 클랭크에게서 시설의 비밀을 알아내려 하지만, 조니 때문에 그의 기억 저장소에 접근할 수 없다. 네파리우스는 하이퍼소닉 뇌파 스크램블러를 해제하여 조니들이 도망가고 정전이 발생한다. 전원이 복구되자 클랭크는 깨어나 탈출을 시도하지만, 네파리우스와 그의 집사 로렌스에게 붙잡혀 즉시 무력화된다.
클랭크는 나중에 시설의 주니어 관리자인 로봇 시그문드와 함께 있는 자신을 발견하고, 네파리우스와 그의 부대는 보이지 않는다. 클랭크는 기억 저장소에 연결되는 '기억실'을 통해 대시계가 조니 과학자 오르부스에 의해 우주에서 시간 여행의 과도한 남용으로 인한 피해를 치유하기 위해 건설되었다는 사실을 알게 된다. 오르부스의 일부는 클랭크의 기억 저장소에 남아 있으며, 이는 클랭크가 조니에 의해 제작될 때 넣어진 것으로, 언젠가 클랭크가 시니어 관리자의 역할을 맡을 수 있도록 돕기 위해서이다. 클랭크는 또한 그의 아버지가 자니파르의 전초 기지로 떠났다가 대시계로 돌아오지 않았다는 사실도 알게 된다.
한편, 래쳇과 쿼크는 클랭크와 네파리우스에 대한 정보를 찾기 위해 브리구스 시스템을 탐험한다. 그들은 네파리우스와 싸우고 있는 '추방자'에 대해 알게 되고, 그 존재를 또 다른 롬박스인 알리스터 아지무스 장군으로 추적한다. 클랭크와 대화하기 위해 오브시디안 아이를 찾기 위해 크렐 협곡을 탐험하는 중, 아지무스는 래쳇에게 그의 부모에 대해 알고 있으며, 황제 타키온이 권력을 잡을 수 있었던 것은 그의 잘못이라고 말한다. 롬박스들이 다른 차원으로 떠날 때 아지무스는 그의 '범죄'에 대한 처벌로 남겨지게 된다. 아지무스는 또한 대시계에 대해 이야기하며, 그곳을 사용하여 롬박스들을 이 우주로 되돌릴 수 있을지도 모른다고 한다. 오브시디안 아이를 통해 클랭크와 대화하고, 전쟁 그록 스노우볼로부터 쿼크를 구한 후, 래쳇은 자니파르의 시간 포털을 사용하여 오르부스에게 무슨 일이 있었는지 알아낸다. 네파리우스는 오르부스 챔버에 들어가려 하다가 조니를 붙잡았지만, 오르부스가 허공으로 사라지면서 실패한다. 래쳇은 탈출에 성공하고 네파리우스의 부하인 로드 보르셀론으로부터 아지무스를 구한다. (하지만 네파리우스의 과거 자아에게 오른쪽 눈에 영구적인 상처를 남기는 변화를 주기 전에는 아니다)
래쳇과 아지무스는 네파리우스의 또 다른 부하인 발키리들로부터 클랭크를 구출한다. 클랭크는 아지무스의 계획이 대시계를 사용하여 우주를 파괴할 것이라고 래쳇을 설득하고, 아지무스는 슬퍼하며 떠난다. 래쳇, 클랭크, 쿼크는 네파리우스의 기지에서 은밀한 임무를 수행하지만 결국 붙잡힌다. 래쳇과 클랭크를 소행성에 쏘아 깊은 우주로 보내기 전에, 네파리우스는 대시계를 사용하여 과거로 돌아가 우주 전역의 다양한 영웅들을 무너뜨리고 악당들이 항상 지배하는 현재를 만들 계획이라고 밝힌다. 래쳇과 클랭크의 소행성은 인근 행성(행성 모르클론)에 충돌하지만, 조니들이 그들을 보호해 주어 두 사람은 다치지 않는다. 그들은 자신들이 착륙한 세계가 파괴된 것을 본다. 살아남은 폰기오드인 유릭은 이것이 10년 전 아고리안들에 의해 일어난 일이라고 밝히며, 김릭 계곡 전투의 이야기를 전한다. 어느 날 아고리안들이 평화로운 마을을 갑자기 공격하고 많은 폰기오드 마을 사람들을 포로로 잡았다. 부족의 지도자와 군대가 싸우기 위해 모였지만, 부족의 지도자는 죽임을 당하고 아고리안들은 댐을 파괴하여 폰기오드 마을을 쓸어버린다. 그들은 자니파르에서와 유사한 시간 포털을 사용하여 10년 전 김릭 계곡 전투의 폰기오드들을 구출한다. 그들은 아고리안들과 전투를 벌이며 어린 유릭을 구하고, 유릭은 래쳇에게 포로들을 구해달라고 요청한다. 폰기오드들의 도움으로 포로들을 구출한 후, 그들은 아고리안 장군 아르고스와 대면한다. 두 사람은 그의 배를 파괴하며 댐으로 가라앉게 만든다. 폰기오드들은 승리를 축하하고, 두 사람은 현재로 돌아와 더 평화로운 김릭 계곡 마을을 본다. 그곳에서 그들은 두 사람의 기념비가 있는 거대한 생울타리를 발견하고, 두 사람이 폰기오드 마을을 구한 날의 10주년 기념일임을 알게 된다. 두 사람은 전투 중 아르고스가 사용했던 기념비 배를 빌려달라고 폰기오드에게 요청한다. 그 배는 댐에 빠진 이후 회수되어 수리되었다고 한다. 두 사람은 네파리우스에게 다시 맞서기 위해 돌아가 대시계에 도달하기 전에 그를 막는다. 그들은 그의 배에서 그를 물리치지만, 로렌스는 탈출 포드로 빠져나가 네파리우스의 기지로 향하는 배가 방향을 틀면서 도망친다. 배가 충돌하기 직전, 아지무스가 래쳇과 클랭크를 구하러 온다. 두 사람이 아지무스의 배로 달려가자, 네파리우스의 배가 그 배에 충돌하여 기지를 파괴한다.
그룹은 대시계로 돌아가고, 클랭크는 자신의 임무를 재개할 준비가 되어 있다. 그러나 래쳇과 클랭크는 아지무스에게 롬박스를 되돌리기 위해 기계를 사용할 기회를 거부한다. 아지무스는 갑자기 분노하며, 래쳇이 더 이상 자신이 원하는 것을 원하지 않는 것에 화를 낸다. 그의 야망은 타락으로 변하고, 그는 래쳇에게 무기를 발사하여 그를 플랫폼의 가장자리로 밀어내고 죽인다. 클랭크는 장군을 쫓아가지만, 시그문드는 그를 막으려 하지만 아지무스에게 제압당한다. 클랭크는 아지무스가 들어오지 못하도록 오르부스 챔버에 스스로 잠긴다. 배관공의 말을 기억하며 6분 이상 위험을 감수하지 않겠다고 다짐한 클랭크는 시간을 6분 전으로 되돌리는 시간 이동을 시작한다. 그는 아지무스의 공격을 피하기 위해 래쳇을 밀어내고 사건을 변경할 수 있다. 래쳇과 아지무스는 오르부스 챔버로 들어가기 위해 그라인드 레일을 타고 경주한다. 두 사람은 너무 늦었고, 아지무스는 롬박스를 집으로 데려오기 위해 시계를 작동시킨다.
래칫은 우주의 운명이 걸린 아지무스와 싸운다. 그들이 싸우는 동안, 시계는 거대한 변화의 압박을 견디지 못하고 무너져 내리기 시작한다. 래칫이 그에게 자신이 한 일을 멈추라고 외치자, 아지무스는 자신의 실수를 깨닫는다. 그는 래칫에게 "자신을 잘 돌보라"고 말하며, 시계가 자폭하는 것을 막기 위해 자신의 렌치를 사용해 부서진 레버를 교체하고 돌린다. 그러나 그렇게 하면서 그는 부서진 시계에서 나오는 치명적인 에너지 폭발에 맞아 죽게 된다.
조니가 방을 수리한 후, 래칫은 클랭크에게 작별 인사를 하며 그가 잘 되기를 기원한다. 클랭크는 다시 들리는 오르부스의 녹음된 말을 듣고, 자신의 가족을 찾기 전까지 래칫을 떠날 수 없다는 것을 깨닫는다. 래칫의 행동이 클랭크의 집을 찾는 데 도움을 주었기 때문이다. 클랭크는 시그문드를 수석 관리자로 승진시키고, 오르부스가 배경에서 그의 아들이 자신을 온전하게 느끼게 하는 일을 할 수 있다고 말하는 동안, 래칫을 떠나기 직전에 다시 합류한다. 그들은 함께 별들 속으로 날아가 또 다른 모험을 시작한다.
Continuing from the end of Quest for Booty, Clank has been abducted by the Zoni to a place called the Great Clock on behalf of the robot Dr. Nefarious, who is trying to discover the secret of the facility from him. Nefarious attempts to access Clank's memory banks for the key to something called the Orvus Chamber but is not allowed to do so because of the Zoni. Nefarious then sets free his Hypersonic Brainwave Scrambler, causing the Zoni to flee and a blackout to occur. When the power is restored, Clank has awoken and attempts to escape, but is caught by Nefarious and his butler, Lawrence and promptly immobilized.
Clank awakens later to find himself with a robot named Sigmund who is the Junior Caretaker of the facility, with no sign of Nefarious and his troops. Through the use of stations called mnemonic chambers that tap into his memory banks, Clank learns that the Great Clock was constructed by the Zoni scientist Orvus as a means to heal damage to the universe caused through excessive misuse of time-travel. A portion of Orvus still resides in Clank's memory banks, put there when Clank was constructed by the Zoni so that one day Clank would be able to take up the mantle of Senior Caretaker, with the help of the Zoni. Clank also learns that his father left for an outpost on Zanifar and never returned to the Clock.
Meanwhile, Ratchet and Qwark explore the Breegus System for information on Clank and Nefarious. They learn of an "exile" that is also fighting Nefarious, and trace the being down to another Lombax, General Alister Azimuth. While exploring Krell Canyon for an Obsidian Eye to talk to Clank, Azimuth tells Ratchet he knows of his parents and that it was his fault that Emperor Tachyon was able to come to power, having shared the Lombaxes' technical genius with him. When the Lombaxes left for another dimension, Azimuth was forced to stay behind as punishment for his "crimes". Azimuth also tells Ratchet about the Great Clock, and that they may be able to use it to bring back the Lombaxes to this universe. After speaking to Clank through an Obsidian Eye and saving Qwark from a war grok named Snowball, Ratchet uses a time portal on Zanifar to find out what happened to Orvus. Nefarious captured the Zoni to try and get into the Orvus Chamber, but failed after Orvus vanished into thin air. Ratchet managed to make his escape and save Azimuth from Nefarious's henchman, Lord Vorselon. (But not before altering Nefarious's appearance by giving his past self a permanent scar on his right eye)
Ratchet and Azimuth manage to free Clank from another group of Nefarious's henchwomen, the Valkyries. Clank then manages to persuade Ratchet that Azimuth's plan to use the Clock would inevitably destroy the universe, prompting Azimuth to leave sadly. Ratchet, Clank & Qwark then launch a stealth mission aboard Nefarious' base, but are eventually caught. Before launching Ratchet and Clank on an asteroid into deep space, Nefarious reveals that he plans to use the Great Clock to go back in time to foil the various heroes across the universe and create a present where villains always reign supreme. Ratchet and Clank's asteroid crashes into a nearby planet (Planet Morklon) though the two are unharmed due to the Zoni protecting them. They see the world they landed on was destroyed. A surviving fongiod named Yurik reveled this was cause by the Agorians ten years ago and told the story of the battle of Gimlick Valley. One day Agorians suddenly attacked the peaceful village and captured many Fongiod villagers. The tribe leader and an army of soldiers were put together to fight, only for the tribe leader to get killed and the Agorians destroyed the dam wiping out the Fongoid village. They use a similar time portal from Zanifar to rescue the Fongoids of the past ten years ago to the battle of Gimlick valley. They enter combat with Agorians saving child Yurik who tells Ratchet to save the prisoners. After freeing the prisoners with help from the Fongoids, they confront Commander Argos, an Agorian general who was piloting his ship. The duo destroy the ship as it sinks into the dam. Fongoids cheered in victory and then the duo returned to the present where they see a different more peaceful village of Gimlick valley. Where the duos surprise are giant hedges memorial of the duo and is the 10 year anniversary of the day the duo save the Fongiod village. The duo meet with a Fongiod who they ask to borrow the memorial ship that Argos used during the battle that apparently has been recovered and repaired since it fell into the dam. The duo return to Nefarious to face him again before he can reach the Clock. They are able to defeat him aboard his ship, but Lawrence manages to slip away in the escape pod as the ship veers off course towards Nefarious's base. Just as the ship is about to impact, Azimuth arrives to rescue Ratchet and Clank. As the duo run towards Azimuth's ship, Nefarious's ship crashes into it and destroys the base.
The group returns to the Great Clock, where Clank is ready to resume his duties. However, Ratchet & Clank both refuse Azimuth the chance to use the machine to bring back the Lombaxes. Azimuth suddenly snaps, furious that Ratchet no longer wants what he does. His ambition turns to corruption and he fires his weapon at Ratchet, knocking him over the edge of the platform and killing him. While Clank manages to give chase to the General, Sigmund tries to stop him, but Azimuth overpowers him, and then Clank locks himself in the Orvus Chamber to prevent Azimuth from getting in. Remembering the words of The Plumber that he wouldn't risk any more than 6 minutes, Clank initiates a time shift to go back in time six minutes, where he is able to push Ratchet out of way of Azimuth's blast and alter the events. Ratchet and Azimuth then race though a grind rail to get into the Orvus Chamber. The duo are too late and Azimuth activates the Clock to shift backwards to try to bring the Lombaxes home. Ratchet then fights Azimuth with the fate of the entire universe in the balance. As he and Ratchet fight, the Clock starts to fall apart around them, unable to take the strain of such a massive shift. As Ratchet shouts at him to stop what he's done, Azimuth realizes his mistake. He tells Ratchet to "take care of himself" and gives his own life to stop the Clock from self destructing by using his wrench to replace the broken lever and turning it. However, by doing it, he gets hit by a lethal energy blast from the broken Clock and dies.
After the Zoni repair the chamber, Ratchet bids Clank a farewell, wishing him well as he walks away. Clank, hearing the recorded words of Orvus again, realizes he cannot stay because he cannot leave Ratchet until he finds his family since Ratchet's actions helped find Clank's home. Clank promotes Sigmund to Senior Caretaker and, as Orvus says in the background that his son can do whatever makes him feel whole as he rejoins Ratchet just as he's about to leave. Together, they soar into the stars for another adventure.
