처음에, 데우스가 창조되었다. 이는 많은 사람들을 매우 화나게 했고, 널리 나쁜 결정으로 여겨졌다.
알려지지 않은 우주 항해 문명의 창조인 데우스는 원래 생물학적 무기로 사용될 의도였다. 데우스를 동력화하기 위해, 웨이브 익스텐스라는 존재가 다른 차원에서 소환되어 데우스의 엔진인 조하르에 갇히게 된다. 그러나 창조자들은 데우스가 너무 강력하다고 판단하고, 엘드리지라는 우주선에 실어 처분하려고 시도한다.
데우스는 지각 있는 유기체로서 자신을 제거하려는 계획을 발견하고, 이동 중인 엘드리지를 공격한다. "대피하라"는 단어가 남용된 끝에, 엘드리지는 인근 행성에 추락한다. 추락의 유일한 생존자는 어린 소년 -- 페이의 첫 번째 화신 --으로, 그는 어머니를 찾으며 울고 있다.
물리적 형태가 조하르에 갇혀 있었던 웨이브 익스텐스는 공격 중 그것을 바라본 소년에게 자신의 힘을 주입하여 데우스를 파괴하고 자신을 해방시키려 한다. 웨이브 익스텐스는 페이의 어머니의 모습으로 여성을 창조하고, 그녀에게 자신의 의지를 부여한다. 그 여성이 엘리이다.
자신을 방어하기 위해, 데우스는 자신의 일부를 사용하여 최초의 인간인 카인, 가젤, 미앙을 창조한다. 미앙은 우로보로스(다라본 교수에 따르면 유로불로스) 유전자를 지니고 있으며, 이 유전자는 그녀의 후손인 모든 여성에게 전해진다. 이 유전자는 어떤 여성이든 미앙이 될 수 있게 하여 그녀의 불사를 보장한다.
다음 번에 페이와 엘리를 보게 되면, 그들은 두 번째 화신에 있다(웨이브 익스텐스는 그들을 계속 환생시킨다); 페이는 아벨로 불리고, 엘리는 항상처럼 엘리이다. 그들은 엘리를 죽인 카인으로부터 도망치고 있다.
페이와 엘리의 세 번째 화신은 제보임 문명에서 발생한다(현재 지구로 여겨진다). 여기서 사람들은 지상 위의 떠 있는 도시에서 살며, 조하르에서 방출되는 에너지를 사용하여 작동하는 거대한 로봇인 기어와 싸운다. 그러나 유전적 결함으로 인해 많은 사람들이, 엘리를 포함하여, 아이를 가질 수 없게 되었다. 과학자로 보이는 킴(페이)은 자가 치유 나노 기계를 가진 인공 인간을 만들어 에메랄다라는 이름을 붙인다. 그때 경비원들이 난입하여 엘리와 아마 킴도 죽인다.
네 번째 화신이 돌아오면, 무너진 제보임 문명에서 남은 유일한 떠 있는 도시는 카인 황제와 가젤 부처가 지배하는 솔라리스이다. 솔라리스는 아래 세계를 지배하지만, 라칸(페이의 네 번째 화신), 소피아/엘리(그녀의 본명은 엘리인 것 같지만, 니산에서는 소피아로 알려져 있다), 크렐리안, 그리고 로니와 레네 파티마를 포함한 반란군이 그들과 싸우고 있다.
지상 거주자들은 바벨탑 위에 건설 중인 새로운 떠 있는 도시인 셰바트의 도움을 받는다(셰바트는 또한 Ft. 재스퍼 무기 시스템의 일부이다) 제퍼 여왕의 감독 하에. 셰바트에는 가스파르, 타우라 멜키오르, 발타사르라는 세 명의 구루가 있다. 타우라는 크렐리안에게 나노 기술에 대해 가르친다.
그러나 셰바트는 자신의 안전을 대가로 반란군의 위치를 솔라리스에 알리기로 결정한다. 솔라리스는 즉시 니산의 반란군 캠프를 공격하여 군대를 불시에 잡아낸다. 자신의 민족을 방어하기 위해, 소피아/엘리는 자신의 배를 격렬한 공격으로 격려한다. 그녀의 동료들은 탈출하지만, 크렐리안은 미쳐버리고 신이 없어야 한다고 외치며 스스로 신을 창조하겠다고 말하며 도망친다. 라칸 또한 미쳐버리고, 웨이브 익스텐스에 의해 두 부분으로 나뉘게 된다 -- 그의 몸은 그라프가 되고, 그의 영혼은 다음 화신으로 전해진다.
그 후 곧, 디아볼로스라는 신비로운 괴물들이 나타나 세상을 공격한다. 솔라리스와 지상 거주자들은 디아볼로스와 싸우기 위해 일시적인 휴전을 선언한다. 로니의 안드바리와 같은 옴니기어의 힘으로 인간들은 승리한다. 그러나 전투 중 가젤이 죽고, 그들의 성격은 솔라리스의 SOL-9000 컴퓨터의 데이터 뱅크에 저장된다.
전쟁의 여파로, 솔라리스는 지상 거주자들을 통제하기 위해 -에토스-라는 가짜 종교를 세우고, 유전자 실험의 시험 대상들을 식품 제품이나 웰스로 전환하기 위해 소일렌트 시스템을 사용하기 시작한다. 특별한 약물인 리미터가 음식에 첨가되어, 그것을 섭취한 모든 지상 거주자들은 솔라리스에 저항할 수 없게 된다.
전쟁의 패자로서 셰바트는 자신의 게이트 뒤에 숨어들며 은신한다. 로니와 레네는 아베를 세우고, 키슬레프는 다른 누군가에 의해 세워진다(우리는 그가 누구인지 모른다). 한편, 크렐리안은 데우스를 부활시키기 위한 임무를 수행하기 위해 솔라리스에 합류한다.
수백 년 후, 상황은 거의 변하지 않았다. 솔라리스는 지상 거주자들이 힘을 얻지 못하도록 아베와 키슬레프 간의 전쟁을 조종하고 있다. 솔라리스에서 모든 실권을 쥐고 있는 크렐리안은 웨이브 익스텐스와의 접촉을 만들기 위해 노력한다. 그는 인류의 모든 최상의 특성을 지닌 카인의 클론인 람수스를 유전적으로 조작하여 웨이브 익스텐스와 접촉할 수 있기를 희망한다. 그러나 그는 람수스가 필요 없다는 것을 곧 발견하게 되며, 진정한 접촉자는 셰바트의 요원인 왕 칸과 카렌에게 태어났다는 것을 알게 된다.
미앙은 왕 카렌의 몸을 차지하고 페이가 진정한 접촉자인지 확인하기 위해 심리 테스트를 시작한다. 페이는 여러 번 솔라리스 연구자들이 그의 마음을 탐색하려 할 때마다 그들을 파괴한다.
파괴를 추구하며 여러 몸을 거쳐온 그라프는 페이의 탄생 소식을 듣고, 새로운 라칸의 화신의 몸을 차지하기 위해 왕가의 집인 라한으로 여행한다. 그는 자신의 힘을 사용하여 페이의 내면의 힘을 끌어내고, 페이는 카렌을 죽이는 에너지를 방출한다. 그라프는 '각성된' 페이를 데리고 가 그의 오른팔이 된다.
한편, 아베에서 파티마 왕조는 솔라리스를 배경으로 한 에토스 주교 샤칸에 의해 전복된다. 에드바르트 왕은 살해되지만 그의 아들 바르트와 시구르드, 그리고 측근 메종은 아베의 주력함 이그드라실을 타고 탈출하여 니산으로 간다. 솔라리스는 제너럴 반더카움을 보내 겐블러 군대를 통제하게 한다.
하지만 시구르드는 솔라리스에 의해 납치되어 그들의 군사 아카데미 유겐트에 강제로 입학하게 된다. 그는 결국 하유가 리크도(시탄), 미앙(또 다른 새로운 몸으로), 제시아 블랙과 함께 엘리먼츠 부대에 합류한다. 하유가/시탄과 시구르드는 모두 람수스의 솔라리스 계급 체제에 대한 반란을 지지한다.
람수스는 그라프와 이드가 지표의 엘루르를 공격할 때 행동에 나선다. 이드는 혼자서 람수스의 기어 대대를 박살내고, 전체 국가는 파괴된다. 유일한 생존자는 도미니아로, 그녀는 솔라리스와 합류하고 나중에 제시아가 아내 라켈과 함께 지표에서 살기로 결심한 후 엘리먼츠의 일원이 된다.
웡 칸은 이드와 그라프를 추격하여 어떻게든 페이의 성격 중 이드 부분을 봉인하고 그 위에 새로운 페르소나를 구축한다. 그러나 이 페르소나는 자신이 한 일을 인정하지 않으며, 문제를 해결하기 위해 "정상" 페이라는 세 번째 페르소나를 만들어낸다. 이 동안, 그라프는 칸의 몸을 장악하지만 그의 통제는 완전하지 않다. 그라프의 통제가 풀리는 동안 칸은 정상적인 자신으로 돌아오고, 이러한 기간 중 하나에서 그는 페이를 라한 마을로 데려가 그곳의 리 장군에게 맡긴다.
시구르드는 지표에서의 삶에 대한 기억을 되찾고 솔라리스를 탈출하여 바르트를 돕기 위해 돌아온다. 그는 메종과 펭귄 한스와 함께 이그드라실을 이용해 아베와 키슬레브 군대를 습격하여 어느 한 쪽이 너무 강해지지 않도록 힘의 균형을 유지한다.
솔라리스에서 탈주한 또 다른 인물은 셰바트의 발타자르의 아들 니콜라이 발타사르이다. 그는 크렐리안이 자신의 기어 연구(데우스의 부활)를 위해 계획한 것을 알게 된 후 셰바트로 도망치려 하지만, 그 시도 중에 죽고 그의 정신은 아흐츠하인 기어에 이식된다. 그의 딸 마리아는 아흐츠하인의 자매 기어인 지브츠하인에서 탈출하는 데 성공한다.
시탄은 솔라리스에 남아 있지만, 나중에 케인이 페이를 감시하고 그가 위험한 존재인지 판단하기 위해 지표로 보내게 된다.
칸 모드가 아닐 때, 그라프는 페이를 다시 자신의 통제 하에 두기 위해 음모를 꾸민다. 그는 키슬레브의 황제에게 자신의 사양에 맞는 기어를 제작하게 하고, 이후 아베에서 겐블러 군대가 그것을 훔쳐 라한에 착륙하도록 조치한다. 전투가 벌어지고, 페이는 계획대로 벨탈에 탑승하여 이드의 힘을 사용해 라한을 파괴한다.
생존자들에 의해 마을에서 쫓겨난 페이는 블랙문 숲을 남쪽으로 여행하며, 그곳에서 라한을 공격한 겐블러 장교이자 그룹의 리더인 엘리의 다섯 번째 화신을 만난다. 페이가 그녀를 스스로 처치할 수 있는 약한 괴물들로부터 "구해주자", 그녀는 잠시 페이와 함께 여행한다. 그날 저녁, 시탄이 나타나 엘리에게 떠나서 솔라리스의 가족에게 돌아가라고 권한다. 그녀는 마지못해 동의한다.
시탄과 페이는 손상된 벨탈의 부품을 찾고 있을 때, 벨탈을 찾고 있던 아베 수송선에 붙잡힌다. 수송선은 이그드라실의 공격을 받고, 페이와 시탄은 그곳에 탑승하게 된다. 그들은 바르트의 마르기를 구출하는 임무를 돕기로 동의한다.
세 사람은 파티마 성에서 마르기(그리고 추추 ^_^)를 구출하고 니산으로 돌아가 다음 계획을 세운다. 한편, 람수스는 겐블러 군대의 수장으로 임명되고, 반더카움은 국경 순찰로 강등된다.
샤칸을 전복하기 위해 바르트와 시탄은 성에 몰래 들어가고, 페이는 키슬레브 국경에서 주의를 끌게 된다. 샤칸은 그들의 계획을 간파하고 바르트의 팀을 포위하지만, 메종이 시탄의 랜드 크랩으로 그들을 구출한다. 페이는 더 큰 성공을 거두어 겐블러의 주력함 케페인젤과 반더카움의 기어 도라를 파괴한다. 그러자 그라프가 나타나 반더카움에게 "힘"을 주어 페이가 이드로 변신하게 강요한다. 이드는 반더카움을, 바르트의 군대와 이그드라실을 전멸시키고 람수스의 기어에 심각한 피해를 입힌다. 시탄은 이그드라실이 추락할 때 대피시키고 페이를 찾기 위해 노르튠으로 향한다.
페이는 키슬레브 군인들에게 붙잡히고, 미앙의 요청으로 키슬레브의 수도 노르튠의 감옥 블록으로 이송된다. 그라프는 또한 배틀링 위원회가 페이를 적극적으로 모집하도록 하고, 페이가 들어올 때 벨탈을 그에게 주도록 조치한다. 페이는 벨탈이 경기 중 과열되도록 조작되어 자신이 무력화될 것이라는 사실을 알지 못한다. 의식을 잃은 동안 그는 이드로 변신하여 리코의 부하들을 죽이고 그들이 책임이 있다고 믿는다.
페이가 깨어나자 리코가 그에게 하수구 경비원의 죽음에 대한 책임을 지고 있다고 알린다. 리코, 페이, 시탄은 하수구로 가서 조사하고 레드럼이라는 괴물과 싸워 죽이며 "미스터리"를 해결한다. 그러나 레드럼과의 전투 중 리코의 팔이 부상을 입어 페이가 배틀링 토너먼트에서 그를 이기고 새로운 배틀링 챔피언이 된다.
한편, 에토스는 카이저 시그문트를 제거할 음모를 꾸미고 있다. 그는 솔라리스와 너무 독립적으로 행동하고 있기 때문이다. 그들은 리코의 기어를 미쳐 날뛰게 조작하여 카이저의 박스를 공격하게 하지만, 카이저는 가까스로 죽음을 피한다. 이 사건으로 리코는 처형당할 판결을 받지만, 결국 페이, 시탄, 해머에 의해 구출된다.
절망에 빠진 가젤은 도시 전체를 폭격하여 없애버리라고 명령한다. 엘리먼츠와 엘리의 겐블러 비행대가 이 임무를 수행하도록 배정되지만, 엘리는 페이의 편으로 돌아서 그와 리코가 헤흐트를 다른 방향으로 유도하도록 돕는다. 그라프는 마지막 순간에 엘리를 구하기 위해 나타난다.
아베에서, 바트와 일행은 기적적으로 이그드라실의 침몰에서 살아남고, 로니 시대의 또 다른 이그드라실이 있는 지하 동굴에 도착한다. 이 이그드라실은 해상 여행을 위해 설계되었기 때문에 바트의 일행은 바다로 나아가 아베로 가는 길에 있는 키슬레브의 새로운 골리앗 공중선에 공격을 가하지만, 사실 그 안에는 페이와 그의 친구들이 도망치기 위해 훔친 비행기에 탑승하고 있었다.
페이와 엘리는 "바다의 남자"가 지휘하는 떠 있는 마을인 템스에 의해 구조된다. 템스는 현재 -에토스-를 위해 일하고 있으며, 이는 솔라리스를 탈출하기 위한 기술을 얻기 위해 제보임 유적을 발굴하려 하고 있다.
바트는 이그드라실에 나타나 골리앗을 격추한 것에 대해 사과한다. 여러 차례의 실패한 공격 끝에 솔라리스의 람수스는 결국 페이를 전투에서 부상 입히는 데 성공한다. 페이의 상처가 치료가 필요하다는 것을 알고, 일행은 에토스의 치유사들의 도움을 요청한다. 여전히 템스에 있는 동안, 그들은 에토스의 사제이자 퇴마사인 빌리 리 블랙을 만나 그의 여동생 프리메라를 구해준다. 빌리는 페이를 도와주기로 하고, 그들은 그를 아쿠비의 에토스 본부로 데려가 거기서 의사들에게 치료를 받게 한다. 그는 곧바로 퇴원하고 이그드라실의 병원으로 돌아간다.
빌리의 도움에 감사하며, 일행은 그와 함께 웰스 돌연변이가 가득한 솔라리스의 배를 파괴하는 임무를 수행하기로 한다. 임무는 성공하지만, 빌리가 에토스 본부로 돌아가자 모든 사람들이 죽어 있는 것을 발견한다. 이 공격은 그의 멘토인 비숍 스톤의 소행으로, 그는 솔라리스에서 탈출하려는 모든 사람들을 죽였다. 스톤은 알칸셸 기어에 탑승해 템스를 공격하기 위해 도망친다.
전투 중, 알칸셸은 웰스를 떨어뜨리는 검은 "어항" 장치(소일렌트 시스템으로 추정됨)와 합류한다. 템스는 공격을 저지하지만 피해를 입는다. 시탄과 일행은 "어항"을 따라 솔라리스의 발굴 현장으로 가고, 그곳에서 4000년 전 생성된 튜브에 남아 있는 에메랄다를 발견한다. 그러나 그들이 그녀를 구출하기 전에 스톤이 도착해 그녀를 붙잡아 크렐리안이 그녀를 그의 나노기술 실험에 사용하도록 한다. 일행이 발굴 현장에서 스톤을 추격하는 동안, 페이가 갑자기 아이드 형태로 나타나 스톤에게 그의 딸을 풀어줄 것을 요구한다. 스톤은 도망치고, 갑자기 칸/와이즈맨이 나타나 아이드를 저지하며 일행이 탈출할 수 있도록 돕는다.
이그드라실로 돌아온 페이는 기어 독에서 자신에게 무슨 일이 일어났는지 혼란스러워한다. 그러던 중 스톤이 이제 그의 기어와 합쳐져 공격해오지만, 빌리와 제시가 협력해 그를 무력화시킨다. 일행은 솔라리스의 적과 동맹을 맺기 위해 쉐바트로 간다. 그곳에서 그들은 마리아와 제피르 여왕을 만난다. 한편, 도미니아는 도시로 몰래 들어가 방어막 생성기를 끄고 솔라리스가 공격할 수 있도록 한다.
페이와 친구들은 초기 공격을 저지하지만, 그때 아흐츠하인( Achtzehn)이 도착해 사이코 재머를 사용하여 기어를 얼린다. 그러던 중 추추가 등장해 "추란스포메이션"을 사용해 기어 크기로 변신하여 아흐츠하인을 저지한다. 니콜라이가 아흐츠하인에서 지브츠하인(Siebzehn)으로 의식을 전이하고 마리아에게 아흐츠하인을 파괴하라고 한다.
지표면으로 돌아온 샤칸의 군대가 니산을 침공한다. 바트는 니산으로 달려가 지하 자스퍼 요새에 들어가 로니의 안드바리 옴니기어를 발견한다. 자스퍼 요새가 지면에서 올라오자 샤칸이 공격하지만 퇴각할 수밖에 없다. 바트는 샤칸을 동굴로 추격해 그를 처치하고, 그 과정에서 솔라리스의 게이트 생성기 중 하나를 파괴한다. 한편, 바트의 군대는 수도를 탈환하고 바트는 왕좌에 오른다.
두 번째 게이트를 파괴하기 위해 빌리는 최근 발굴된 자스퍼 요새에서 빔을 발사한다. 이 빔은 그 목적을 위해 설계된 바벨 타워의 렌즈에 반사되어 -에토스- 본부 아래의 게이트를 파괴한다. 마지막 게이트는 사르가소 포인트의 수중에 있으므로 페이와 일행은 그것을 파괴하기 위해 잠수한다. 그 과정에서 그들은 크렐리안의 통제를 받는 에메랄다를 만난다. 게이트를 파괴한 후, 그들은 에메랄다를 이그드라실로 돌아가도록 설득한다.
세 개의 게이트가 모두 파괴되자 솔라리스가 하늘에 나타난다. 페이와 엘리는 수도 지구로 몰래 들어가고, 보안 큐브에 쫓기면서 엘리의 집으로 향한다. 그들은 엘리의 아버지의 컴퓨터를 사용하려 하지만 에리히에게 붙잡힌다. 페이는 에리히가 자신을 풀어주고 자신의 길을 따르라고 말하는 것에 놀란다.
엘리는 집에 남아 있지만 곧 솔라리스 군인들이 도착해 그녀의 부모에게 엘리를 배신자라고 넘기라고 요구한다. 에리히는 군인들을 지연시키고 엘리는 탈출한다. 그녀는 페이와 시탄이 먼지 구멍을 통해 궁전으로 들어가는 길에 그들을 잡는다.
궁전에서 엘리는 시탄에게 그가 솔라리스와 협력하고 있다는 증거를 제시하며 대면한다. 시탄이 대답하기도 전에 불이 꺼진다. 어둠 속에서 페이는 SOL-9000에 부딪혀 붙잡힌다. 한편, 시탄은 엘리와 이전에 붙잡힌 일행을 구출하고 그들의 리미터를 제거한다. 해머는 크렐리안과 대면하고, 그가 엘리를 붙잡아야 한다고 위협받는다. 크렐리안은 엘리를 부활시키기 위해 필요로 한다.
해머는 강제로 따르기로 하고, 일행이 엘리의 부모와 함께 탈출하는 동안 갑자기 엘리를 향해 총을 겨눈다. 메데나는 총의 경로로 들어가 해머에게 다가간다. 해머는 당황해 그녀를 쏘고 도망친다. 그때 그래프와 미앙이 나타나 엘리를 '깨우기' 위해 에리히를 죽인다. 그들은 성공하지 못하지만 페이는 '깨워지고' 아이드로 변한다. 그는 솔라리스를 완전히 파괴하지만, 모든 주요 악당들은 도망친다.
쉐바트는 페이가 다시 아이드의 힘을 사용하지 못하도록 탄소 냉동을 주장하지만, 엘리가 그를 풀어준다. 그들은 웰탈에 탑승해 날아가지만, 람수스가 도착한다. 람수스는 페이와 마지막으로 싸운 이후 그가 인공 접촉자로 만들어졌고 페이가 발견되자 "버려졌다"는 사실을 알게 되었으며, 이제 그를 죽이려는 집착에 사로잡혀 있다. 그는 새로운 옴니기어를 사용해 웰탈을 격추한다.
그들의 추락 후, 페이와 엘리는 외딴 곳에서 살고 있는 타우라 멜키오르에 의해 건강을 회복하게 된다. 엘리, 시탄, 에메랄다는 대포로 리미터 치료제를 발사하여 전 세계에 퍼뜨리고, 페이는 마지막 공격을 막기 위해 키슬레브로 급히 떠난다. 그는 바르트와 함께 제국 지구를 이그드라실과 결합하여 기어를 형성하고, 솔라리스를 파괴하는 허리케인 요새를 무너뜨린다.
크렐리안은 소일런트 시스템을 활성화하고 사람들을 데우스에 동화될 수 있는 형태로 변형시키기 시작한다. 니산의 자매들이 변형된 사람들을 치료하려고 하는 동안, 페이와 일행은 소일런트 시스템과 합쳐진 거대한 돌연변이 생물인 수팔 대량을 파괴한다.
페이와 일행이 기어를 강화할 수 있는 남은 아니마 유물을 찾는 동안, 크렐리안은 람수스를 설득해 카인을 죽이게 한다. 카인의 클론인 람수스는 그를 죽일 수 있는 유일한 존재이다. 크렐리안은 해머를 기어와 융합시키고 페이를 추적하게 하지만, 해머는 죽임을 당한다.
카인이 제거되자, 가젤은 가에티아 키를 사용해 엘드리지호를 바다에서 끌어올릴 수 있게 된다. 그 과정에서 크렐리안은 그들을 데이터 뱅크에서 삭제하고, 스스로 지휘권을 쥐게 된다. 페이는 엘드리지에서 크렐리안이 데우스의 껍질을 찾지 못하도록 저지하지만, 그라프에게 붙잡히고 십자가에 못 박히려 한다. 엘리는 그녀의 옴니기어로 구출하러 오지만, 결국 크렐리안과 그라프에게 붙잡힌다.
크렐리안은 "신의 방주"인 메르카바를 건설하기 시작하고, 이를 통해 파동 존재의 차원으로 돌아가려 한다. 페이와 람수스는 그를 막으려 하지만, 람수스는 크렐리안과 미앙을 모두 죽인다. 그러나 크렐리안은 이미 데우스와 융합해 있고, 미앙은 단지 엘리의 몸을 차지할 뿐이다. 분노한 페이는 다시 이드로 변하고, 다시 한번 탄소 냉동 상태가 된다.
데우스가 행성의 사람들을 동화시키기 시작하는 동안, 이드는 그의 감옥에서 탈출해 쉐바트를 파괴한다. 시탄과 다른 캐릭터들이 그를 따라가며 파동 존재와 접촉하려 한다. 칸의 도움으로 페이는 결국 그의 여러 인격을 해결하고, 그때 파동 존재가 나타나 웰탈을 제노기어스로 변화시킨다.
그라프는 다시 칸의 몸을 차지하고 페이를 죽이려 하지만, 데우스가 공격해 페이를 죽이기 전에 페이를 제거하려 한다. 그라프/라칸/칸은 페이를 유인하기 위해 자신을 희생하고, 페이와 그의 친구들은 메르카바로 돌아가 데우스를 파괴하려 한다. 그들은 코어인 조하르를 파괴하는 데 성공하여 파동 존재를 해방시킨다. 파동 존재가 방출하는 에너지가 세계를 파괴할 위협을 가하자, 엘리(이제 데우스의 일부)는 그녀의 힘을 사용해 데우스를 우주로 이동시킨다.
조하르가 파괴되면서 모든 기어가 작동을 멈추고, 페이의 기어만 작동한다(페이가 접촉했기 때문에 진화했다). 페이는 데우스를 쫓아 우주로 날아가고, 결국 어떤 초차원으로 빨려 들어가게 된다. 그곳에서 그는 엘리를 정상으로 되돌리기 위해 오로보로스 유전자와 싸워야 한다. 그는 엘리를 구출하는 데 성공하고, 페이와 엘리는 크렐리안이 죽어가는 동안 행성으로 돌아온다. 끝.
Full Story, spoils everything:
"In the beginning, Deus was created. This has made a lot of people very angry and has been widely regarded as a bad move.
The creation of an unknown spacefaring civilization, Deus was originally intended to serve as a biological weapon. To power Deus, an entity known as the Wave Existance is summoned from another dimension and trapped inside Deus's engine, Zohar. However, its creators deem Deus too powerful to use, and they attempt to dispose of it by shipping it away on a spaceship called the Eldridge.
Deus, being a sentient organism, discovers the plan to eliminate it and attacks the Eldridge in transit. After much gratuitous usage of the word "evacuate", the Eldrige crashes on a nearby planet. The sole survivor of the crash is a young boy -- the first incarnation of Fei -- who was left crying for his mother.
Although its physical form was trapped inside Zohar, the Wave Existance is able to instill its power in the boy, who had looked upon it during the attack, in an effort to destroy Deus and free itself. The Wave Existance than creates a woman -- Elly -- in the image of Fei's mother and gave her its will.
In order to defend itself, Deus used part of itself to create the first humans -- Cain, the Gazel, and Miang. Miang possesses the Ouroborous (or Urobulos according to Professor Daravon ^_^) Gene, which is passed on to all the women in the world, as they were all descended from her. This gene allowed any woman to become Miang, thus guaranteeing her immortatilty.
The next time we see Fei and Elly, they are in their second incarnation (the Wave Existance keeps reincarnated them); Fei is called Abel, and Elly is Elly as always. They are running from Cain, who kills Elly.
Fei and Elly's third incarnation occurs in the Zeboim civilization (which I think is supposed to be present-day Earth). Here, people live in flying cities above the ground and fight with giant robots called Gears, which use the energy emitted from Zohar to function. However, genetic flaws have rendered many people, including Elly, unable to have children. Kim (Fei), who seems to be a scientist, creates an articial human with self-healing nanomachines, whom he names Emeralda. Just then, guards burst in and kill Elly, and presumably Kim as well.
When the fourth incarnation rolls around, only one flying city remains from the collapsed Zeboim civilization: Solaris, ruled by Emperor Cain and the Gazel Ministry. Solaris rules the world below, but a band of rebels, including Lacan (Fei's fourth incarnation), Sophia/Elly (her real name seems to be Elly, but she is known as Sophia in Nisan), Krelian, and Roni and Rene Fatima are fighting against them.
The land-dwellers are aided by Shevat, a new flying city being constructed atop the Tower of Babel (which is also part of the Ft. Jasper weapons system) under the supervision of Queen Zephyr. Shevat is also home to three Gurus -- Gaspar, Taura Melchior, and Balthasar. Taura teaches Krelian about nanotechnology.
Shevat, however, decides to reveal the position of the rebels to Solaris in exchange for their own safety. Solaris promptly attacks the rebel camp in Nisan, catching the troops off guard. To defend her people, Sophia/Elly sends her ship on a suicide run at the Gebler forces. Her comrades escape, but Krelian goes postal and runs off saying that if there must be no god and he will create god himself. Lacan also goes berserk, and is transformed by the Wave Existance into two parts -- his body becomes Grahf, while his soul is passed on to the next incarnation.
Soon thereafter, a bunch of mysterious monsters called the Diabolos appear and attack the world. Solaris and the land-dwellers call a temporary truce to their fighting to fight the Diabolos. With the power of the Omnigears, such as Roni's Andvari, the humans win. During the conflict, however, the Gazel are killed, and their personalities are stored in the data banks of Solaris's SOL-9000 computer.
In the aftermath of the war, Solaris sets up the -Ethos-, a faux religion with which they control the earth-dwellers, and begins using its Soylent System to turn the test subjects of its genetic experiments into food products or Wels. A special drug, the Limiter, is placed in the food, which renders those who consume it -- all the land-dwellers -- unable to resist Solaris.
As the loser of the war, Shevat goes into hiding by concealing itself behind its Gate. Roni and Rene found Aveh, and Kislev is also founded by some other guy (we don't know who). Meanwhile, Krelian has joined Solaris to pursue his mission of resurrecting Deus.
Several hundred years later, things have changed little. Solaris has been manipulating a war between Aveh and Kislev on the surface to prevent the earth-dwellers from gaining in power. Krelian, who is pulling all the strings in Solaris, attempts to create a Contact for the Wave Existance. He genetically engineers a clone of Cain that features all the best traits of humanity -- Ramsus -- in hopes that he will be able to contact the Wave Existance. He soon discovers that Ramsus is not needed, as the real Contact has been born to Wong Khan and Karen, agents of Shevat.
Miang takes over the body of Wong Karen and begins subjecting Fei to psychological tests to determine if he is really the Contact. Time again and time again Fei destroys the Solaris researchers who try to probe his mind.
Grahf, who has gone through several bodies in his quest for destruction, hears of Fei's birth and journeys to the Wongs' home in Lahan in order to claim the body of the new incarnation of Lacan. He uses his powers to draw out Fei's inner power, and he (Fei) unleashes a blast of energy that kills Karen. Grahf then spirits the 'awakened' Fei away and makes him his right-hand man.
Meanwhile, in Aveh, the Fatima Dynasty is overthrown by Shakhan, an Ethos bishop who has the backing of Solaris behind him. King Edbart is killed, but his sons Bart and Sigurd, and retainer Maison, escape in the Yggdrasil, the Aveh flagship, and go to live in Nisan. Solaris sends General Vanderkaum to control the Gebler forces.
Sigurd, however, is abducted by Solaris and forced to join Jugend, their military academy. He eventually joins the Elements force, along with Hyuga Ricdeau (Citan), Miang (in yet another new body), and Jessiah Black. Hyuga/Citan and Sigurd are both supporters of Ramsus's rebellion against the Solaris class system.
Ramsus is called into action when Grahf and Id attack Elru on the surface. Id single-handedly trashes Ramsus's Gear battalion, and the entire country is destroyed. The only survivor is Dominia, who joins with Solaris and later becomes part of the Elements after Jessiah quits to live on the surface with his wife Racquel.
Wong Khan catches up with Id and Grahf and somehow seals the Id part of Fei's personality inside and constructs a new persona over it. This persona, the Coward, refuses to acknowledge what he has done, however, and creates a third persona -- the "normal" Fei -- to deal with his problems while the Coward relives the memories of his childhood. Meanwhile, Grahf takes over Khan's body, but his control is incomplete -- during lapses of Grahf's control, Khan returns to his normal self, and, during one of these periods, he brings Fei to Lahan Village and leaves him there in the care of Chief Lee.
Sigurd regains his memories of his life on the surface and escapes Solaris to return to aid Bart. He, Maison, and Hans the penguin use the Yggdrasil to prey on Aveh and Kislev troops, thereby keeping either side from becoming too strong and keeping the balance of power.
Also defecting from Solaris is Nikolai Balthasar, son of Shevat's Balthazar. He attempts to flee to Shevat after finding out what Krelian had planned for his Gear research (Deus's revival), but is killed in the attempt and has his mind implanted into the Achtzehn Gear. His daughter Maria manages to escape in the Achtzehn's sister Gear, Siebzehn.
Citan remains behind in Solaris, but is later send to the surface by Cain on a mission to spy on Fei and determine whether he poses a danger.
While not in Khan mode, Grahf is scheming to get Fei back under his control. He has the Kaiser of Kislev manufacture a Gear to his specifications, then arranges for a Gebler force from Aveh to steal it and land in Lahan. A battle ensues, during which Fei hops on board the Weltall, as planned, and uses Id's power to destroy Lahan.
Forced out of the village by the survivors, Fei journeys south through the Blackmoon Forest, where he meets the fifth incarnation of Elly, a Gebler officer and the leader of the group that attacked Lahan. After Fei "saves" her from some really wimpy monsters that she could have beaten on her own, she travels with Fei for a short while. That evening, Citan shows up and recommends that Elly leave and return to her family in Solaris. She reluctantly agree.
Citan and Fei are hunting for parts for the damaged Weltall when they are captured by an Aveh transport that was seeking the Weltall. The transport is in turn attacked by the Yggdrasil, and Fei and Citan are brought aboard. They agree to help Bart in his mission to rescue Margie, who has been captured by Shakhan.
The trio frees Margie (and Chu-Chu ^_^) from Fatima Castle and escapes back to Nisan to plan their next move. Meanwhile, Ramsus is appointed head of the Gebler forces, and Vanderkaum is demoted to border patrol.
To overthrow Shakhan, Bart and Citan sneak into the castle, while Fei causes a distraction at the Kislev border. Shakhan sees through their plan and surrounds Bart's team, and they are saved only when Maison rescues them in Citan's Land Crab. Fei meets with more success, as he destroys the Gebler flagship Kefeinzel and Vanderkaum's Gear, the Dora. Grahf then shows up and gives Vanderkaum "the power", forcing Fei to transform into Id. Id then annihilates Vanderkaum, Bart's troops, and the Yggdrasil, and severely damages Ramsus's Gear. Citan evacuates the Yggdrasil as it goes down and heads to Nortune to find Fei.
Fei is picked up by some Kislev soldiers and, at Miang's request, is transferred to the prison block of Nortune, the capital of Kislev. Grahf also has the Battling committee actively recruit Fei, and then arranges for the Weltall to be given to him when he enters. Little does Fei know that the Weltall has been rigged to overheat during the match, thus putting Fei out of comission. While unconscious, he changes into Id and kills Rico's men, believing them to be responsible.
After Fei wakes up, he is confronted by Rico, who informs that he is being held responsible for the death of the sewer guards. Rico, Fei, and Citan go to the sewers to investigate and fight and kill a monster called Redrum (actually one of the Wels), thus "solving" the mystery. Rico's arm is wounded during the battle with Redrum, however, thus allowing Fei to defeat him in the Battling tournament and become the new Battling champion.
Meanwhile, the Ethos is plotting to eliminate Kaiser Sigmund, as he has been acting too independtly from Solaris. They rig Rico's Gear to go berserk and attack the Kaiser's box, but the Kaiser narrowly escapes death. For this incident, Rico is sentenced to be executed, but he ends up being rescued by Fei, Citan, and Hammer.
Growing desperate, the Gazel order the entire city bombed into oblivion. The Elements and Elly's Gebler squadron are assigned to carry out the mission, but Elly defects to Fei's side and aids him and Rico in directing the Hecht off course. Grahf shows up at the last minute to save Elly.
Back in Aveh, Bart and co. miraculously survive the sinking of the Yggdrasil when they end up in an underground cave containing another Yggdrasil, dating back to Roni's era. This one is designed for sea travel, so Bart's band hits the seas and shoots down Kislev's new Goliath airship on its way to Aveh... only to discover that it was actually Fei and his friends, trying to escape from Kislev in the stolen plane.
Fei and Elly are rescued by the Thames, a floating town commanded by the "Man of the Sea". The Thames is currently working for the -Ethos-, which is trying to excavate some Zeboim ruins in order to acquire technology that would allow them to break away from Solaris.
Bart shows up in the Yggdrasil and apologizes for shooting down the Goliath. After a number of failed attacks by Solaris, Ramsus eventually manages to succeed in injuring Fei in combat. Seeing that Fei's wounds require medical attention, the party seeks the help of the healers at the Ethos. While still on the Thames, they meet Billy Lee Black, a priest/exorcist from the -Ethos-, when they save his sister Primera. Billy agrees to help Fei, so they take him to the -Ethos- Headquarters, elsewhere in Aquvy, and have him treated by the doctors there. He is promptly released and taken back to the Yggdrasil sick bay.
In gratitude for Billy's help, the party agrees to accompany him on a mission to destroy a Solaris ship infested with Wels mutants. The mission is a success, but when Billy returns to the Ethos HQ, he finds everyone dead. The attack is the work of his mentor Bishop Stone, who killed all those who were attempting to break away from Solaris. Stone escapes in his Alkanshel (I think that's supposed to be "Archangel") Gear to attack the Thames.
During the battle, the Alkanshel is joined by a black "fishbowl" device (I believe it's the Soylent System) that drops out Wels. The Thames manages to fend off the attack, but not without being damaged. Citan and the gang follow the "fishbowl" to a supposedly-abandoned Solaris dig site, where they discover Emeralda, still left in the tube that she had been created in 4000 years ago. But before they can free her, Stone arrives and captures her, so that Krelian can use her in his nanotechnology experiments. While the party is pursuing Stone out of the dig site, Fei suddenly shows up in Id form and demands that Stone release his daughter. Stone escapes, and suddenly Khan/Wiseman shows up to hold off Id while the party escapes.
Back on the Yggdrasil, Fei turns up at the Gear Dock at loss as to what happened to him. Then Stone, now merged with his Gear, attacks, but Billy and Jessie team up to put him out of commission. The party then goes to Shevat to ally with Solaris's rival. There they meet Maria and Queen Zephyr. Meanwhile, Dominia sneaks into the city and shuts off the shield generators, allowing Solaris to attack.
Fei and friends fend off the initial assault, but then the Achtzehn arrives and uses its Psycho Jammer to freeze the Gears. Enter Chu-Chu, who uses her "Churansformation" to assume the size of a Gear and fend off the Achtzehn. Nikolai then transfers his consciousness from Achtzehn to Siebzehn, and has Maria destroy Achtzehn.
Back on the surface, Shakhan's forces invade Nisan. Bart rushes to Nisan and enters the underground Ft. Jasper, where he discovers Roni's Andvari Omnigear. As Ft. Jasper is raised from the ground, Shakhan attacks it, but is forced to retreat. Bart chases Shakhan to a cave and finishes him off, also destroying one of Solaris's Gate generators in the process. Meanwhile, Bart's soldiers retake the capital, and Bart assumes the throne.
To destroy the second Gate, Billy fires a beam from the recently-excavated Ft. Jasper. It bounces off the lens on Babel Tower, designed for just that purpose, and demolishes the Gate under the -Ethos- HQ. The last Gate lies underwater at Sargasso Point, so Fei and co. dive down to destroy it. Along the way, they encounter Emeralda, who is under Krelian's control. After destroying the Gate, they convince Emeralda to come back with them to the Yggdrasil.
With all three Gates destroyed, Solaris appears in the sky. Fei and Elly sneak into the capital district, and after being chased by some Security Cubes, make their way to Elly's house. They attempt to use Elly's father's computer, but are caught by Erich. To Fei's surprise, Erich lets him go and tells him to follow his own path.
Elly stays behind at her house, but soon some Solaris soldiers arrive and demand that her parents turn over Elly for her traitorous acts. Erich stalls the soldiers while Elly escapes. She catches Fei and Citan on their way into the palace via a dust chute.
In the palace, Elly confronts Citan with the accumulated evidence that he is working for Solaris. Before Citan can reply, the lights go out. In the dark, Fei stumbles into the SOL-9000, and is captured. Meanwhile, Citan frees Elly and the rest of the party, who was captured earlier, and removes their Limiters. Hammer is confronted by Krelian, who threatens to mutate him unless he carries out his orders: To capture Elly, whom Krelian needs to resurrect Deus.
Hammer is forced to comply, and while the party is making their escape with Elly's parents, he suddenly points a gun at Elly. Medena forces her way into the path of the gun and advances on Hammer. Hammer panics, shoots her, and runs off. Just then, Grahf and Miang show up and kill Erich in an effort to 'awaken' Elly. They meet with no success, but Fei is 'awakened' and turns into Id. He then destroys Solaris completely, though all of the major villains escape.
Shevat insists on carbon-freezing Fei to prevent him from using his Id power again, but Elly frees him. They fly away in Weltall, but Ramsus arrives. Since he last fought Fei, Ramsus has learned that he was an artificial Contact created and was "discarded" once Fei was discovered, and now is obsessed killing him. Using his new Omnigear, he shoots down Weltall.
After their crash landing, Fei and Elly are nursed back to health by Taura Melchior, who lives in seclusion on the surface. Elly, Citan, and Emeralda fire the Limiter cure out of a cannon to spread it across the world, while Fei hurries off to Kislev to stop a last-ditch attack by Solaris. He and Bart combine the Imperial District with the Yggdrasil to form a Gear and destroy Solaris's Fort Hurricane.
Krelian activates the Soylent System and starts mutating people into forms in which they will be able to be assimilated by Deus. While the sisters of Nisan try to cure the mutated people, Fei and company destroy the Soylent System and the Sufal Mass, a huge creature formed of amalgamated mutants.
While Fei and co. search for the remaining Anima Relics that they can use to enhance their Gears, Krelian convinces Ramsus to kill Cain -- as a clone of Cain, Ramsus is the only one who can kill him. Krelian also melds Hammer with a Gear and sends him after Fei, but Hammer is killed.
With Cain out of the way, the Gazel are able to use the Gaetia Key to raise the Eldridge from the sea -- and, in turn, Krelian summarily erases them from the data banks, leaving him in command. Fei shows up in the Eldridge to prevent Krelian from locating Deus's shell, but Grahf takes him captive and tries to crucify him. Elly comes to the rescue in her Omnigear and succeeds in rescuing Fei, but then she is captured by Krelian and Grahf.
Krelian begins construction of Merkava, the "ark of god", which he will use to return to the dimension the Wave Existance is from. Fei and Ramsus attempt to stop him; Ramsus kills both Krelian and Miang, but Krelian has already merged with Deus, and Miang merely assumes the body of Elly. Enraged, Fei turns into Id again and is once again carbon-frozen.
While Deus starts assimilating the people of the planet, Id breaks out of his prison and destroys Shevat. Citan and the other characters catch up with him on his way to Contact the Wave Existance. With the aid of Khan, Fei eventually resolves all his multiple personalities, then the Wave Existance appears and changes the Weltall into the Xenogears.
Grahf takes over Khan's body again and tries to kill Fei. Then Deus strikes, however, attempting to destroy Fei before Fei does the same to Deus. Grahf/Lacan/Khan sacrifices himself as a decoy Fei, while Fei and his friends return to Merkava to destroy Deus. They succeed in destroying Zohar, the core, thus freeing the Wave Existance. The energy emitted by the Wave Existance threatens to destroy the world, so Elly (now part of Deus) uses her powers to move Deus out into space.
With the destruction of Zohar, all the Gears have stopped working, except Fei's (which has evolved due to his Contact). Fei blasts out into space after Deus and ends up being sucked into some super-duper dimension, where he must battle the Ouroborous gene itself to return Elly to normal. He succeeds in rescuing Elly, and he and Elly return to the planet as Krelian dies. The end."
